记录一则Spark读写和Lost Excutor错误的分析和解决过程
一、概述
上篇blog记录了些在用spark-sql时遇到的一些问题，今天继续记录用Spark提供的RDD转化方法开发公司第一期标签分析系统（一部分scala作业逻辑代码后面blog再给大家分享）遇到的一些SPARK作业错误信息。其中有些问题可能一些数据量或者shuffle量比较小的作业时不会遇到的，我们整套标签系统的初级输入数据大概是8T左右，这里也是个参考。(下面的Spark部署模式为spark on yarn)
二、问题
1、大规模数据往HDFS中写时候，报了HDFS读写超时，具体日志看下面。
（1）具体到某个Excutor的错误日志:
（2）具体到各个数据节点DataNode的日志:
分析：
从这两个错误信息首先可以将错误定位到整个HDFS的读写过程中，其中对于读写超时可以定位到2个参数：dfs.client.socket-timeout(默认60s)、dfs.datanode.socket.write.timeout(默认80s)。在spark的程序中按照自己的实际情况设置这两个值，问题可以解决。给个例子：
val dwd_new_pc_list_patch = "/user/hive/warehouse/pc.db/dwd_new_pc_list/2015-01-*/action=play"
val sparkConf = new SparkConf().setAppName("TagSystem_compositeTag")
.set("spark.kryoserializer.buffer.max.mb", "128").set("spark.rdd.compress","true")
val sc = new SparkContext(sparkConf)
//hdfs客户端的读写超时时间
//默认60000
sc.hadoopConfiguration.set("dfs.client.socket-timeout", "180000")
//默认80000
sc.hadoopConfiguration.set("dfs.datanode.socket.write.timeout", "180000")
val sqlContext = new org.apache.spark.sql.SQLContext(sc)
val hiveSqlContext = new org.apache.spark.sql.hive.HiveContext(sc)
//(user_id,fo,fo_2,sty,fs)
val source = sc.textFile(dwd_new_pc_list_patch).filter(p => (p.trim != "" && p.split("\\|").length >= 105)).mapPartitions({ it =>
for {
line <- it
} yield (line.split("\\|")(21), line.split("\\|")(9), line.split("\\|")(104), line.split("\\|")(40), line.split("\\|")(7))
}).persist(StorageLevel.MEMORY_AND_DISK_SER)
.
.
.
另外相似问题：https://jira.spring.io/si/jira.issueviews:issue-html/SHDP-404/SHDP-404.html
2、由spark.reducer.maxMbInFlight引起的Lost Excutor问题。
这个错误主要是发生在shuffle中的fetch阶段，由于Excutor 已经lost掉了，由于容错机制另外重新启动一个Excutor，但是在之前lost掉的Excutor中保存的blockManager已经完全丢失，所以之前的stage需要重新计算。具体在dirver或者CoarseGrainedExecutorBackend的日志主要提示超时和读写文件失败，截了下超时的错误提示：
解决方法：
处理Lost Excutor问题还是花了比较长的时间，调整了很多参数都不行。最后将spark.reducer.maxMbInFlight调小或者将spark.shuffle.copier.threads调小问题解决。在家里还是详细的研究了下spark.reducer.maxMbInFlight这个参数的具体机制含义。spark.reducer.maxMbInFlight官方的配置文档的说明有些笼统：大概的意思是同事从reduce task中取出的ShuffleTask输出最大值（默认48MB）。这个从字面上理解还是不怎么容易的，从源码上search这个参数，定位到org.apache.spark.storage.BlockFetcherIterator.BasicBlockFetcherIterator#splitLocalRemoteBlocks
protected def splitLocalRemoteBlocks(): ArrayBuffer[FetchRequest] = {
// Make remote requests at most maxBytesInFlight / 5 in length; the reason to keep them
// smaller than maxBytesInFlight is to allow multiple, parallel fetches from up to 5
// nodes, rather than blocking on reading output from one node.
//每个fetch线程获取的数据量大小（默认5个fetch线程）
val targetRequestSize = math.max(maxBytesInFlight / 5, 1L)
logInfo("maxBytesInFlight: " + maxBytesInFlight + ", targetRequestSize: " + targetRequestSize)
// Split local and remote blocks. Remote blocks are further split into FetchRequests of size
// at most maxBytesInFlight in order to limit the amount of data in flight.
val remoteRequests = new ArrayBuffer[FetchRequest]
var totalBlocks = 0
for ((address, blockInfos) <- blocksByAddress) { // address实际上是executor_id
totalBlocks += blockInfos.size
if (address == blockManagerId) {
// Filter out zero-sized blocks
localBlocksToFetch ++= blockInfos.filter(_._2 != 0).map(_._1)
_numBlocksToFetch += localBlocksToFetch.size
} else {
val iterator = blockInfos.iterator
var curRequestSize = 0L
var curBlocks = new ArrayBuffer[(BlockId, Long)]
while (iterator.hasNext) {
// blockId 是org.apache.spark.storage.ShuffleBlockId，
// 格式："shuffle_" + shuffleId + "_" + mapId + "_" + reduceId
val (blockId, size) = iterator.next()
// Skip empty blocks
if (size > 0) {
curBlocks += ((blockId, size))
remoteBlocksToFetch += blockId
_numBlocksToFetch += 1
curRequestSize += size
} else if (size < 0) {
throw new BlockException(blockId, "Negative block size " + size)
}
// 避免一次请求的数据量过大
if (curRequestSize >= targetRequestSize) {
// Add this FetchRequest
remoteRequests += new FetchRequest(address, curBlocks)
curBlocks = new ArrayBuffer[(BlockId, Long)]
logDebug(s"Creating fetch request of $curRequestSize at $address")
curRequestSize = 0
}
}
// Add in the final request
// 将剩余的请求放到最后一个request中。
if (!curBlocks.isEmpty) {
remoteRequests += new FetchRequest(address, curBlocks)
}
}
}
logInfo("Getting " + _numBlocksToFetch + " non-empty blocks out of " +
totalBlocks + " blocks")
remoteRequests
}
从代码上看我的个人理解是在shuffle节点每个reduce task会启动5个fetch线程（可以由spark.shuffle.copier.threads配置）去最多spark.reducer.maxMbInFlight个(默认5)其他Excuctor中获取文件位置，然后去fetch它们，并且每次fetch的抓取量不会超过spark.reducer.maxMbInFlight（默认值为48MB)/5。这种机制我个人理解，第一：可以减少单个fetch连接的网络IO、第二：这种将fetch数据并行执行有助于抓取速度提高，减少请求数据的抓取时间总和。
回来结合我现在的问题分析，我将spark.reducer.maxMbInFlight调小，从而减少了每个reduce task中的每个fetch线程的抓取数据量，进而减少了每个fetch连接的持续连接时间，降低了由于reduce task过多导致每个Excutor中存在的fetch线程太多而导致的fetch超时，另外降低内存的占用。
上述分析为个人理解，如有更深入的想法欢迎交流。