ubuntu server 10.04 搭建mpich2并行计算平台

1.安装mpich2

在每台主机中执行如下指令：

sudo apt-get install mpich2

 

2.安装nfs

在所有主机中选一台当控制端，其他主机为被控制端。当执行mpi程序时，由控制端协调所有主机完成任务。

在控制端安装nfs服务器，在其他主机安装nfs客户端，控制端将某一目录共享给其他主机，控制端需改变共享的目录的权限，可执行chmod 777 -R  共享的目录。共享目录用来存放mpi程序和mpd.hosts文件，以保证每台主机都执行相同的文件。

请参考：http://yaodh.blog.51cto.com/1462667/336427    http://yaodh.blog.51cto.com/1462667/336439

3.安装ssh

应保证控制端主机能够自动ssh登录到其他主机

在控制端主机安装ssh客户端，在其他主机安装ssh服务器端。

请参考：http://yaodh.blog.51cto.com/1462667/336484

配置ssh公私钥认证，实现控制端主机可自动登录其他主机

请参考：http://http://yaodh.blog.51cto.com/1462667/336536

4.配置mpi

对每台主机，在/etc/hosts中增加各主机名与IP地址的对应。
如server1的IP为192.168.0.1
则在/etc/hosts中增加：192.168.0.1  server1

对每台主机，在用户目录下建立配置 .mpd.conf文件

cd $HOME
touch .mpd.conf
chmod 600 .mpd.conf

在.,mpd.conf文件中增加

控制端主机在共享目录中建立mpd.hosts文件，文件中添加所有主机的主机名（一行一个主机名）。

5.测试

在控制端主机ssh 除自己以外的每一台主机，看能否不输密码直接登录。

如有不能自动登录的，检查ssh的配置。

 

在每一台主机做  mpd & ，如有不成功的做第6步查错。

mpdtrace查看启动的主机

mpdcleanup 和 mpdallexit 可以退出。

 

确保每一台主机都没有mpd在运行，在控制端主机的共享目录下执行

mpdboot -n number  //number是要启动的主机数目
或 mpdboot -n number -f mpd.hosts 指定mpd.hosts文件

如有错误做第6步查错。

mpdtrace 查看启动的主机

mpdallexit全部退出

6.查错

确保没有mpd正在运行

通过mpdcheck获得帮助信息

mpdcheck -pc

  查错

mpdcheck -l

  通过mpd.hosts文件查错

mpdcheck -f mpd.hosts  如果无错误
mpdcheck -f mpd.hosts  -ssh

  如果上述无错误，可略过此步
  对任意两台机器进行查错

主机A: mpdcheck -s  //输出主机名host和端口port
主机B: mpdcheck -c A中输出的host A中输出的port

  mpd查错

主机A: mpd -e & //返回使用的端口
主机B: mpd -h 主机A的名称  -p 主机A中输出的端口号 &

有时mpdboot -n number 时无法成功启动，server1为控制端主机，出现如下错误

可以把主机server1当成主机A，server3当成主机B，做上面的mpd查错，如果server1和server3可以成功连起来，执行mpdallexit后再执行mpdboot -n number就可以成功。