Human Gene Functions[1080@pku]

Human Gene Functions[1080@pku]

// @pku DY问题，最重要的是要找到最优子结构
// 最优子结构为TAG标记处
// 本题反映的就是子结构的最终边界返回出来不是很自然
#include<iostream>
#include< string>
#include<algorithm>
using  namespace std;

#define N 120
#define MAX 10000 // 考虑到串最长不会超过100，全部匹配也只有500
int flag[N][N];

int dp( int pos1, int pos2);
int getVal( char ch1,  char ch2);
int M[5][5]={{5,-1,-2,-1,-3},
             {-1,5,-3,-2,-4},
             {-2,-3,5,-2,-2},
             {-1,-2,-2,5,-1},
             {-3,-4,-2,-1,-10000}};
string s1,s2;
int main()
{
     int n;
     while(cin>>n){
         for( int i=0;i<n;i++)
        {
             int len1,len2;
            cin>>len1>>s1;
            cin>>len2>>s2;

             int cn=0;
             for( int i=0;i<N;i++)
                 for( int j=0;j<N;j++)
                    flag[i][j]=MAX;
            cn=dp(s1.size()-1,s2.size()-1);
            cout<<cn<<endl;
        }
    } // end while
}


int dp( int pos1, int pos2)
{
     if(pos1==-1 && pos2 ==-1)
         return 0;
     if(pos1==-1)
    {
         return getVal('-',s2[pos2])+dp(-1,pos2-1);
    }
     if(pos2==-1)
    {
         return getVal(s1[pos1],'-')+dp(pos1-1,-1);
    }
     else
    {
         if(flag[pos1+1][pos2+1]!=MAX)
             return flag[pos1+1][pos2+1];
         else
        {
             int val1=getVal(s1[pos1],s2[pos2])+dp(pos1-1,pos2-1);
             int val2=getVal(s1[pos1],'-')+dp(pos1-1,pos2);
             int val3=getVal('-',s2[pos2])+dp(pos1,pos2-1);

             return flag[pos1+1][pos2+1]=max(val1,max(val2,val3)); // TAG
        }
    }
}

int getVal( char ch1,  char ch2)
{
     if(ch1==ch2)
         return 5;
     int pos1,pos2;
     switch(ch1){
         case 'A':{pos1=0; break;}
         case 'C':{pos1=1; break;}
         case 'G':{pos1=2; break;}
         case 'T':{pos1=3; break;}
         case '-':{pos1=4; break;}
    } // end switch
     switch(ch2){
         case 'A':{pos2=0; break;}
         case 'C':{pos2=1; break;}
         case 'G':{pos2=2; break;}
         case 'T':{pos2=3; break;}
         case '-':{pos2=4; break;}
    } // end switch
    
     return M[pos1][pos2];
}