Ubuntu10.04配置MPICH（单台多核）

1.    安装基本软件包

安装必要的软件包。

l         #aptitude install libncurses5-dev binutils bin86 gcc g++ make modutils perl bzip2

2.    SSH 

安装SSH服务在终端窗口输入如下命令：

sudo apt-get install openssh-server openssh-client

安装完成之后，我们需要做一些配置使得这些节点之间用ssh登陆的时候不在需要密码。按如下操作：

mkdir ~/.ssh                           

cd   ~/.ssh                              

ssh-keygen –t dsa                     

系统会提示:

Generating public/private dsa key pair.    

Enter file in which ti save the          

key(/home/user/.ssh/id_dsa):             

#直接按Enter                           

Enter passphrase (empty for no passphrase):

#直接按Enter，不使用密码

Enter same passphrase again:             

#直接按Enter                           

Your identification has been saved in    

/home/user/.ssh/id_dsa.               

Your public key has been saved in      

/home/usrer/.ssh/id_dsa.pub.            

The key fingerprint is :               

至此，私钥id_dsa和公钥id_dsa.pub已经被成功的生成。接下来要使用该密钥进行访问授权。将id_dsa.pub拷贝到远程机器,并且将id_dsa.pub的内容添加到~/.ssh/authorized_keys中.

cat id_dsa.pub >>authorized_keys

之后，检查是否可以直接（不需要密码登陆到其他的节点）：

ssh localhost     

如果不需要密码直接登陆其他节点，则表明配置成功。

3.    MPI 

安装MPICH软件包。

l         #aptitude install mpich-bin mpich-mpd-bin libmpich2-dev meep-mpi

下来配置下面的文件，在该文件中添加上允许信息交换的节点。

l         #vi /etc/mpich/machines.LINUX

#IP address

localhost

4.    测试

到现在我们的cluster已经组建结束，现在来测试一下。测试步骤如下。

l         $ cp /usr/share/doc/libmpich1.0-dev/examples/cpi.c  /home/user

l         $ cd /home/user

l         $ mpicc cpi.c

l         $ mpirun -np 4 a.out

如果要安装meep或mpi，则运行如下命令：

l         #apt-get install mpb h5utils hdf5-tools libhdf5-mpich-dev mpb-mpi meep meep-mpi