Circos入门教程

Circos入门教程

d:

cd circos-0.64

perl .\bin\circos -conf .\Circos_for_Yeast\circos.conf

一定要第一时间将看到的东西，放在自己随时能找到的范围，自己的博客，空间内，以便于随时查阅

2011年12月18日  ⁄ Bioinformatics  ⁄ 评论数 2 ⁄ 被围观 1,697 views+

安装前的一些准备

• Config::General
• File::Basename
• File::Spec::Functions
• GD
• GD::Polyline
• Getopt::Long
• IO::File
• List::Util
• Math::Bezier
• Math::BigFloat
• Math::Round
• Math::VecStat
• Memoize
• Params::Validate
• Pod::Usage
• Readonly
• Set::IntSpan
• Regexp::Common

首先，Circos是基于perl的，所以无论是linux还是windows都要求先装上perl，由于我通常工作都是在win下面进行，所以这次以在win下面安装为例。

我选择Strawberry Perl：http://strawberryperl.com/

在win下面安装可以少一些痛苦。一切默认安装进行，OK。

比较痛苦的是为Perl安装各种模块，官方要求的模块就包括以下：

安装过程中发现还要再安装

不幸中的万幸，Strawberry提供了一个CPAN Client的命令行界面，可以在线下载并安装，具体命令就是三步曲：

get Config::General

make Config::General

install Config::General

Anyway，把以上的都装好之后，就可以进入下一步了。

Circos的安装

首先将Circos的安装包(circos-0.54.tgz)下载下来: http://mkweb.bcgsc.ca/circos/software/download/

所谓的安装其实很简单，就是把压缩包直接解压到你想要安装的路径即可。

Circos的基本工作流程

在画图之前有必要先介绍一下Circos的基本工作流程。Circos的配置文件circos.conf对程序的运行有着决定性的作用，里面定义着Circos工作的各种参数，主要包括画图的类型，颜色，字体，IO File的路径等等。

当然，data对于Circos也非常重要，Circos读入的data都是文本文件，格式是每行：

chr start end value [options]

value一般是颜色，也可能是文字（作为标签），详细定义请参见 : http://mkweb.bcgsc.ca/circos/tutorials/lessons/2d_tracks/connectors/configuration

另外，Circos的安装包里的data目录下有各种data文件可供测试。

用Circos来画出你的第一个基因组图谱

首先命令行cd到Circos的安装目录下：

cd circus-x.xx

下面采用tutorials里面的一个例子来作图：

perl .\bin\circos -conf .\tutorials\5\1\circos.conf

如果界面在一阵数据刷屏之后显示：

created image at D:/Software/circos-0.54/circos-tutorial.png

created image at D:/Software/circos-0.54/circos-tutorial.svg

那么你的作图就成功了，当然你也可以打开.\tutorials\5\1\circos.conf去修改里面的参数。

最后希望你能够通过上面简单的介绍，对Circos能有个轻松的入门。如果你还想深入学习，那么就要仔细的自己去看tutorial了。

    如果您还有其他问题，请到生物信息问答社区 www.BioAsk.net来问问吧，这里有来自中科院、国内外高校、公司的生物科研人员以及技术人员，大家一起在线交流。