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Mendeley 一款不错的整理论文的软件

在做学术研究的时候，想发表论文的时候，大多数的引用文章，整理起来很麻烦，有时候自己看过的文章也会忘记，如果只按照论文的名字排列，很难整理好，尤其是在看过成百上千篇paper以后，会经常弄乱文档，找不到那些是那些，那些看过，那些没看过，尤其是是按照名字存储的文档。

在boss的见一下，再比对了 各种列列举的类似的文档整理软件的，要么收费，要么界面不友好。

从wiki上比对了此类软件：http://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_reference_management_software

General

In the "notes" section, there is a difference between:

  • web-based, referring to applications that may be installed on a web server (usually requiring MySQL or another database and PHP, Perl, Python, or some other language for web applications)
  • centrally-hosted website
Software Developer First public release Latest stable version Cost (USD) Open source License Notes
Aigaion Aigaion developers 2005-01 2012-01-18 (2.2) Free Yes GPL web-based
Bebop ALaRI Institute 2007-11-08 2009-11-10 (1.1) Free Yes BSD web-based BibTeX front-end
BibDesk BibDesk developers 2002-04 2012-02 (1.5.7) Free Yes BSD BibTeX front-end + repository
Biblioscape CG Information 1997 2012-04-01 (9.0.8.8) US$79-299[1] No proprietary ODBC; web access in Pro ed; optional client/server
BibSonomy University of Kassel 2006-01 ? Free No proprietary centrally-hosted website
Bibus Bibus developers 2004-06-03 2009–10 (1.5.0) Free Yes GPL  
Bookends Sonny Software 1988 (Mac) / 1983 (Apple II+) 2012-1-14 (11.2.4) US$99[1] No proprietary integrated web search, pdf download, auto-completion
Citavi Swiss Academic Software 2006-02-13 2012-01-03 (3.2) US$79-219 / Free for projects up to 100 references No proprietary search databases from interface [4]
CiteULike Oversity Limited 2004-11 ? Free No proprietary[2] centrally-hosted website
Connotea Nature Publishing Group 2004-12 2006-02-01 (1.7.1) Free Yes GPL centrally-hosted website, web-based
Docear Otto-von-Guericke University Magdeburg and University of California, Berkeley 2009-05-11 2012-02-21 (1.0) Free Yes GPL Java BibTeX manager that integrates Mind mapping software
EndNote Thomson Reuters 1988 2011 (X5) US$299.95[1] No proprietary Includes EndNote Web account
JabRef JabRef developers 2003-11-29 2012-05-14 (2.8) Free Yes GPL Java BibTeX manager
Jumper 2.0 Jumper Networks 2009-3 2009-3-26 (2.0.1.1) Free Yes GPL web-based
KBibTeX KBibTeX developers 2005-08 2011-06-02 (0.3.0) Free Yes GPL BibTeX front-end, using the KDE Software Compilation
Mendeley Mendeley 2008-08 July 28, 2011; 10 months ago(1.0) US$4.99-9.99 per month[1] / Free "Earth" account No (proprietary OS API clients exist) Desktop & Web components, iPhone and iPad
Papers Mekentosj 2007 2011-03-08 (2.0.0) US$79[1] No proprietary search repositories from interface; supports plug-ins, Universal iOS app
Pybliographer pybliographer developers 0.2 (1998-10-30) 2010-10-14 (1.2.14) Free Yes GPL Python/GTK2
Qiqqa Qiqqa 2010 2012 Free No proprietary Desktop; centrally hosted website
refbase refbase developers 2003-06-03 2008-11-19 (0.9.5) Free Yes GPL web-based for institutional repositories/self-archiving[3]
RefDB refdb developers 2001-04-25 2007-11-05 (0.9.9) Free Yes GPL network-transparent; XML/SGML bibliographies
Reference Manager Thomson Reuters 1984 12.0.3 US$239.95[1] No proprietary network version available; built-in web publishing tool
Referencer Referencer developers  ? 2009-08-02 (1.1.6) Free Yes GPL BibTeX front-end
RefWorks RefWorks 2001 2010-05 US$100 per year No proprietary centrally-hosted website
Scholar's Aid Scholar's Aid, Inc. 1998 2012-3-1 (6.0) US$300[1] / Free Lite version No proprietary  
Sente Third Street Software, Inc. 2004 2011 (6.5.0) US$129.95[1] No proprietary Desktop and iPad, centralized backup/synching
Wikindx Mark Grimshaw 2004-02 2008-02-06 (3.8.2) Free Yes GPL web-based
WizFolio WizPatent 2008-06 2010-07-05 (DragonBall) US$25 / Free Basic version No proprietary centrally-hosted website
Zotero Center for History and New Media at GMU 2006-10-05 3.0.7  (May 4, 2012; 50 days ago) free (100 MB storage) / Additional storage space available ($20/year -> 1 GB) Yes AGPL Firefox extension or stand-alone with connectors for Chromeand Safari

[edit]Operating system support

In the case of web applications, this describes the server OS. For centrally-hosted websites that are proprietary, this is not applicable. Any client OS can connect to a web service unless stated otherwise in a footnote.

Software Windows Mac OS X Linux BSD Unix
Aigaion Yes Yes Yes Yes Yes
Bebop Yes Yes Yes Yes Yes
BibDesk No Yes No No No
Biblioscape Yes No No No No
BibSonomy N/A N/A N/A N/A N/A
Bibus Yes Experimental Yes Yes Yes
Bookends No Yes No No No
Citavi Yes No No No No
CiteULike N/A N/A N/A N/A N/A
Connotea Yes Yes Yes Yes Yes
Docear Yes Yes Yes Yes Yes
EndNote Yes Yes No No No
JabRef Yes Yes Yes Yes Yes
Jumper 2.0 Yes Yes Yes Yes Yes
KBibTeX Experimental Experimental Yes Yes Yes
Mendeley Yes Yes Yes No No
Papers Yes [4] Yes No No No
Pybliographer Partial[5] Partial[5] Yes Yes Yes
Qiqqa Yes No No No No
refbase Yes Yes Yes Yes Yes
RefDB Yes Yes Yes Yes Yes
Reference Manager Yes[6] No No No No
Referencer No No Yes No No
RefWorks[7] Yes Yes N/A N/A N/A
Scholar's Aid Yes No No No No
Sente No Yes No No No
Wikindx Yes Yes Yes Yes Yes
WizFolio Yes Yes Yes Yes Yes
Zotero Yes Yes Yes Yes Yes

[edit]Export file formats

This table lists the machine-readable file formats that can be exported from reference managers. These are typically used to share data with other reference managers or with other people who use a reference manager. To exchange data from one program to another, the first program must be able to export to a format that the second program may import. Import file formats are in a table below this one.

Software BibTeX Endnote/Refer/BibIX Medline MODS XML RIS Other
Aigaion Yes No No No Yes none
Bebop Yes No No No No unAPI
BibDesk Yes No Yes Yes Yes Endnote XML, user customizable
Biblioscape Yes Yes Yes No Yes none
BibSonomy Yes Yes No No Yes various [5]
Bibus Yes Yes Yes No Yes SQLite
Bookends Yes Yes Yes No Yes various user-customizable
Citavi Yes Yes Yes No Yes various
CiteULike Yes No No No Yes COinS, Delicious
Connotea Yes Yes No Yes Yes RDF
Docear Yes Yes No Yes Yes BibTeXML, DocBook, OpenDocument for OO.o, SQL database, user-customizable
EndNote Yes Yes Yes No Yes various [6]
JabRef Yes Yes No Yes Depends[7] BibTeXML, DocBook, OpenDocument for OO.o, SQL database, user-customizable
Jumper 2.0 Yes Yes No Yes Yes various [8], user-customizable
KBibTeX Yes Yes No Depends[8] Yes PDF, PostScript, HTML, XML, RTF
Mendeley Yes Yes No No Yes Endnote XML
Papers Yes Yes No No Yes Bookends, CSV, Endnote XML, PDF
Pybliographer Yes Yes Yes No No Ovid
Qiqqa Yes No No No No none
refbase Yes Yes No Yes Yes COinS, OpenDocument for OO.o, SRW XML via SRU, unAPI, Word XML
RefDB Yes Yes No Yes Yes SRW XML via SRU web service, DocBook, TEI
Reference Manager No No No No Yes MEDLARS, TSV, CSV, Reference Manager XML, user-customizable
Referencer Yes ? ? ? ? ?
RefWorks Yes No No No Yes various [9]
Scholar's Aid Yes Yes Yes No Yes user-customizable
Sente Yes Yes No No Yes user-customizable
Wikindx Yes Yes No No Yes COinS
WizFolio No No No No Yes No
Zotero Yes Yes No Yes Yes RDF, TEI, Wikipedia citation templates

[edit]Import file formats

This table lists the file formats which may be manually imported into the reference managers without needing to connect to one particular database. Many of these database companies use the same name for their file format as they do for their database (including Copac, CSA, ISI, Medline, Ovid, PubMed, and SciFinder). For the ability to retrieve citations from the particular databases (rather than the file format), please refer to the database connectivity table that is below this table.

Software BibTeX Copac CSA Endnote/Refer/BibIX ISI Medline MODS XML Ovid PubMed RIS SciFinder Other
Aigaion Yes No No No No No No No No Yes No none
Bebop Yes No No No No No No No No No No none
BibDesk Yes Yes No Yes Yes Yes Yes No Yes Yes Yes MARC, JSTOR, Reference Miner
Biblioscape Yes Yes Yes Yes Yes Yes No Yes Yes Yes Yes  ?
BibSonomy Yes No No Yes No No No No No No No Firefox bookmarks
Bibus Yes No No Yes Yes Yes No No No Yes No none
Bookends Yes Yes Yes Yes Yes Yes No Yes Yes Yes Yes various [10]; user-customizable
Citavi Yes Yes Yes Yes Yes Yes Yes Yes Yes Yes Yes various
CiteULike Yes No No No No No No No No Yes No none
Connotea Yes No No Yes Yes No Yes No No Yes No Firefox bookmarks
Docear Yes Yes Yes Yes Yes Yes No Yes Yes Yes Yes BibTexML, Biblioscape, Biomail, Inspec, JSTOR, MSBib, PDF widh XMP annotations, REPEC (NEP), SilverPlatter, SixPack
EndNote No[9] No Yes Yes Yes Yes No Yes Yes Yes Yes various [11]
JabRef Yes Yes Yes Yes Yes Yes No Yes Yes Yes Yes BibTexML, Biblioscape, Biomail, Inspec, JSTOR, MSBib, PDF widh XMP annotations, REPEC (NEP), SilverPlatter, SixPack
Jumper 2.0 Yes No No Yes Yes Yes Yes No Yes No No Firefox bookmarks
KBibTeX Yes No No Yes No No Depends[8] No Yes Yes No none
Mendeley Yes No No Yes No No No No No Yes No Browser bookmarks
Papers Yes No No No No No No No No Yes No Endnote ENW, Endnote XML, CHM eBook, PDF
Pybliographer Yes No No Yes Yes Yes No Yes No No No none
Qiqqa Yes No No Yes No No No No Yes No No none
refbase Yes Yes Yes Yes Yes Yes Yes No Yes Yes Yes RefWorks
RefDB Yes Yes[8] No Yes[8] Yes[8] Yes Yes No Yes Yes Yes[8] MARC, risx
Reference Manager Yes No Yes Yes Yes Yes No Yes Yes Yes Yes various [12]; user-customizable
Referencer Yes No No Yes No No Yes No No Yes No none
RefWorks Yes Yes Yes Yes Yes Yes No Yes Yes Yes Yes various [13]
Scholar's Aid Yes Yes Yes Yes Yes Yes No No Yes Yes No  ?
Sente Yes No Yes Yes Yes No No Yes Yes Yes Yes Dublin Core, Marc21 SUTRS, JSTOR, SilverPlatter
Wikindx Yes Depends[8] No Yes[citation needed] Depends[8] No Depends[8] No Yes[citation needed] Yes[citation needed] No User plug-ins[citation needed]
WizFolio No No No No No No No No No Yes No Internet Browser bookmarks [14]
Zotero Yes No[10] No[10] Yes Yes[11] No Yes Partial[12] Yes Yes No COinS, MARC, RDF, unAPI, Browser bookmarks

[edit]Citation styles

Software APA Chicago/Turabian Harvard MLA Other Extension method
Aigaion Yes Yes Yes Yes BMJ, IEEE OSBIB
Bebop No No No No none none
BibDesk Yes No No No various BibDesk export templates
Biblioscape Yes Yes Yes Yes 2000+ styles[citation needed] GUI style editor
BibSonomy Yes No Yes No none none
Bibus Yes No No No user-contributed bibus format (through GUI)
Bookends Yes Yes Yes Yes various[citation needed] ?
Citavi Yes Yes Yes Yes 1200+ styles Citavi format (through GUI)
CiteULike Yes Yes Yes Yes various[citation needed] none
Connotea ? ? ? ? ? ?
Docear Yes Yes Yes Yes any BibTeX style BibTeX
EndNote Yes Yes Yes Yes 5316 EndNote format (through GUI)
JabRef Yes Yes Yes Yes any BibTeX style BibTeX
Jumper 2.0 No No No No none none
KBibTeX Yes Yes Yes Yes any BibTeX style BibTeX
Mendeley Yes Yes Yes Yes 1600+ styles CSL
Papers Yes Yes Yes Yes 1600+ styles CSL
Pybliographer Yes No No No none Pybliographer XML
Qiqqa Yes Yes Yes Yes any BibTeX style and 1600+ styles BibTeX and CSL
refbase Yes Yes Yes Yes various polar & marine journals PHP
RefDB Yes Yes Yes Yes Various biomedical & law journals XML (citestylex.dtd), interactive script
Reference Manager Yes Yes Yes Yes various Template:GUI style editor
Referencer ? ? ? ? ? ?
RefWorks Yes Yes Yes Yes various RefWorks format through GUI
Scholar's Aid Yes Yes Yes Yes 1500+ styles SA format through GUI
Sente Yes Yes Yes Yes various[citation needed] Sente format through GUI
Wikindx Yes Yes Yes Yes BMJ, IEEE OSBIB
WizFolio Yes Yes Yes Yes various WizFolio format (through GUI)
Zotero Yes Yes Yes Yes 1600+ styles CSL

[edit]Reference list file formats

Software HTML LaTeX[13] RTF Plain text RSS Other
Aigaion Yes No Yes Yes ? No
Bebop Yes No No No Yes unAPI
BibDesk Yes Yes Yes Yes Yes Atom, DOC, PDF, XML,
Biblioscape Yes No Yes Yes No No
BibSonomy Yes No Yes Yes Yes OpenOffice-CSV
Bibus Yes No No No No No
Bookends Yes No Yes Yes No clipboard
Citavi Yes Yes Yes Yes No clipboard, DOC, ODT, PDF, HTML
CiteULike Yes No Yes Yes Yes PDF
Connotea N/A N/A N/A N/A Yes N/A
Docear Yes ? Yes Yes No clipboard
EndNote Yes No Yes Yes No clipboard, XML
JabRef Yes ? Depends Yes No clipboard
Jumper 2.0 Yes No Yes Yes Yes XML, PDF
KBibTeX Yes No Yes No No PDF, PS
Mendeley Yes No Yes Yes Yes clipboard, embeddable HTML widget, RSS
Papers ? ? ? ? ? ?
Pybliographer Yes ? No Yes No No
refbase Yes Yes Yes Yes Yes Markdown, PDF, unAPI
RefDB Yes ? Yes Yes No DocBook, TEI
Reference Manager Yes No Yes Yes No clipboard
Referencer ? ? ? ? ? ?
RefWorks Partial[14] No Yes Yes Yes DOC, ODT
Scholar's Aid No No Yes Yes No [[Doc][Hwp][Others]]
Sente Yes No Yes Yes No clipboard
Wikindx Yes No Yes No Yes No
WizFolio Yes No Yes Yes No clipboard, DOC
Zotero Yes No Yes No Yes clipboard

[edit]Word processor integration

Most reference management software supports copy/paste or drag-and-drop of references into any editor. Some reference management software includes further support for automatic embedding and (re)formatting of references in some programs. This table lists support for the latter forMicrosoft Word and OpenOffice.org Writer and the LaTeX editors Kile and LyX. Other programs are able to scan RTF or other textual formats to insert references.

Software Microsoft Word OpenOffice.org / LibreOffice Kile/LyX RTF scan[15] Other
Aigaion No No No No none
Bebop No No No No none
BibDesk No No Yes ? ?
Biblioscape Yes No No ? WordPerfect
BibSonomy No No No No none
Bibus Yes Yes No ? none
Bookends Yes No No Yes Mellel, Nisus
Citavi Yes Yes Yes Yes OpenDocument Text scan, LEd, TeXnicCenter, TeXMaker, WinEdt, WinShell, WinTeX
CiteULike No No No No none
Connotea No No No No none
Docear Yes Yes Yes ? Emacs, Vim, WinEdt
EndNote Yes Yes No Yes Apple Pages '09
JabRef Depends[16] Yes Yes ? Emacs, Vim, WinEdt
Jumper 2.0 Yes Yes No ? WordPerfect
KBibTeX No No Yes ? none
Mendeley Yes Yes No ? NeoOffice
Papers Yes Yes ? ? Pages, Mellel, TextEdit; HTML
Pybliographer No Yes Yes ? none
Qiqqa Yes No Yes No none
refbase No Yes[17] No Yes PIRA, MediaWiki, SPIP
RefDB No No No No none
Reference Manager Yes No No ? none
Referencer ? ? ? ? ?
RefWorks Yes No No Yes none
Scholar's Aid Yes Yes No ? WordPro, WordPerfect, HWP
Sente Yes No No Yes Pages, Mellel, Nisus, TextEdit; HTML and plain text scan
Wikindx No No No Yes Integrated WYSIWYG word processor
WizFolio Yes Yes No ? Google Docs, Zoho Writer
Zotero Yes Yes (with LyZ)[18] Yes NeoOffice, LibreOffice, Google Docs, Pages

[edit]Database connectivity

This table lists the academic databases and search engines which reference managers can import from. In some cases, a search and retrieval can be conducted directly in the reference manager. In others, a bookmarklet or Firefox extension will allow a site to be scraped.

Software ArXiv CiteSeer IEEE Xplore PubMed Other
Aigaion No No No No none
Bebop No No No No No
BibDesk Yes Yes No Yes ACM portal, Jstor, DBLP, Google Scholar, Web of Science, any Z39.50 or Entrez, and others
Biblioscape No No No Yes Import from integrated web browser
BibSonomy Yes Yes Yes Yes various [15]
Bibus No No No Yes none
Bookends Yes No No Yes Web of Science, Amazon, Google Scholar, Z39.50
Citavi No No Yes Yes WorldCat/OCLC, Ovid, EBSCO, ProQuest, Web of Science, Z39.50 (4000+ online resources)
CiteULike Yes Yes Yes Yes various [16]
Connotea Yes Yes No Yes various [17]
Docear ? ? ? ? ?
EndNote Yes No Yes Yes various [18] any Z39.50
JabRef Yes Yes Yes Yes ACM portal, Jstor, SPIRES
Jumper 2.0 Yes Yes Yes Yes various [19]
KBibTeX Yes Yes Yes Yes BibSonomy, CiteBase, CSB, DBLP, Google Scholar, ScienceDirect, SPIRES, Z MATH, Z39.50
Mendeley Yes Yes Yes Yes various [20]
Papers Yes Yes Yes Yes ACM, ADS, Google Books, Google Scholar, JSTOR, MathSciNet, Project Muse, Scopus, Web of Science
Pybliographer No No No Yes none
Qiqqa Yes No Yes Yes GoogleScholar, JSTOR
refbase Yes No No Yes DOI lookup
RefDB Yes No No Yes any Z39.50
Reference Manager No No No Yes various [21]
Referencer ? ? ? ? ?
RefWorks No No No Yes various
Scholar's Aid No No No Yes Z39.50
Sente No No No Yes Z39.50, SRU, Web of Knowledge
Wikindx No No No Yes none
WizFolio Yes No Yes Yes various [22]
Zotero Yes Yes Yes Yes various [23]

[edit]Password "protection" and network versions

Some reference managers provide network functionality. (N/A means the product has no networking, while "no" indicates it does (but lacks an implemented feature).)


Software Passworded Networking
User-specific permissions[19] Simultaneous write access
Aigaion Yes Yes Yes
Bebop No N/A N/A
BibDesk Yes No No
Biblioscape Yes Yes Yes
BibSonomy Yes Yes Yes
Bibus ? ? ?
Bookends ? ? ?
Citavi Yes Yes Yes
CiteULike Yes No Yes
Connotea Yes ? Yes
Docear No N/A N/A
EndNote[20] Yes Yes Yes
JabRef No N/A N/A
Jumper 2.0 Yes Yes Yes
KBibTeX No N/A N/A
Mendeley Yes[21] Yes Yes
Papers ? ? ?
Pybliographer ? ? ?
Qiqqa Yes Yes Yes
refbase Yes Yes Yes
RefDB Yes Yes Yes
Reference Manager Yes No Yes
Referencer ? ? ?
RefWorks Yes ? Yes
Scholar's Aid Yes Yes Yes
Sente No No No
Wikindx Yes Yes Yes
WizFolio Yes Yes Yes
Zotero Yes[22] Yes Yes

最终选定了mendeley。

免费，可以支持云存储，可以组建group，可以方便的网络自动按照论文的名字搜索相应的信息。


不过有一些缺点；

1.不能跟dropbox很好的结合

2.文件夹不能自动同步

3.不能按照以有的文件夹的目录生成相应的目录


现在的办法是用dropbox 存储文档，然后用mendeley来管理文档连接，这样就可以方便的维护。

在写论文的时候，可以直接下word里面插入mendeley的插件，可以直接插入引用，尤其好用。ps 不过windows 64bit的 word支持不好，现在还不能直接插入引用。

不过可以拷贝过来，也还可以。


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