swuteresa
swuteresa

R Packages for GWAS and GS

rrBLUP(rrBLUPMethod6: re-parametrization of RR-BLUP to allow a fixed residual variance)

BLR(功能加强BGLR，目前不支持R 3.0版本)

synbreed(synbreedData)

randomForest

lme4：基本线性模型

genetics

QTLRel

GenABEL

snpStats(在bioconductor中)

GeneticsPed(在bioconductor中): calculation of genetic relatedness/relationship between individuals in the pedigree

SNPassoc

hglm

MCMCglmm

pedigree

pedantics

pedigreemm

multic(没有Windows版)

gwerAM

doBy：基本统计量（分组计算）

ipred：error rate estimation, a unified interface to several re-sampling based estimators.

e1071：SVM


 

mlr：machine learning in R

GEMMA：Genome-wide Efficient Mixed Model Association

Machine Learning & Statistical Learning



 

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