lmer函数的结果为一个mer类的对象
mer类:描述线性、通用线性或非线性混合效应模型,包含稀疏的模型矩阵(随机效应的)以及相应的稀疏Cholesky因子。
summary.mer类描述这些对象的summary。
用法:
deviance(object,REML=NULL,...)
expand(x,sparse=TRUE,...)
logLik(object,REML=NULL,...)
print(x,digits,corrlation,symbolic.cor,signif.stars,...)
mer类的slots(用@操作符访问):
env:为非线性模型函数创建的环境
nlmodel:将非线性模型函数作为类call的一个对象
(以上两个slots只对nlmer方法)
frame:模型框架
call:与创建对象匹配的函数调用
flist:随机效应的模型矩阵
X:固定效应的模型矩阵。在一个nlmer拟合的模型中有n*s行,其中n是观测数量,s是非线性模型中的参数个数
Zt:随机效应的转置矩阵,存储为压缩的稀疏矩阵dqCMatrix。
pWt:数值的优先权值向量prior weights vector。可能长度为0,表示单位优先权值。
offset:数值的偏移向量。可能长度为0,表示没有偏移。
y:响应向量(数值类型)
Gp:随机效应向量内的group pointer整数向量。Gp中的元素是索引基于0(地1个元素的位序)的,对每个随机效应项,因此第一个元素总是0,最后一个元素是随机效应向量的总长度。
dims:命名的维度整数向量。一些维数为n:观测数量;p:固定效应数量;q:随机效应总数量;s:非线性模型函数中参数数量;nt:模型中随机效应项的数量。
ST:和每个随机效应项相关联的随机效应的相对方差矩阵的TSST` Cholesky因数分解中的S和T因子的列表。
V:非线性模型函数的数值的梯度矩阵gradient matrix(只在nlmer中使用)。
A:单位的正交随机效应U的scaled sparse model matrix。
Cm:单位的正交随机效应U的reduced weighted sparse model matrix(只在nlmer中使用)。
Cx:单位的正交随机效应U(通用线性混合模型中)的加权稀疏模型矩阵中的“x" slot。
对这些模型,矩阵A和C具有相同的稀疏模式,而只需要存储C中的”x“ slot。
L:deviance
fixef:固定效应的数值向量。
ranef:随机效应的数值向量(on the original scale)。
u:正交、常数方差,随机效应的数值向量。
eta:在参数和随机效应的当前取值下,线性预测结果(响应变量)。
mu:在当前参数下的响应均值。
muEta:mu对eta的Jacobian行列式的对角线(只对glmer有用)。
var:在给定随机效应下,Y的条件方差的对角线,由prior weights决定。在通用混合模型中,是glm family的方差函数的值。
resid:残余,y-mu,用sqrtrWt slot加权(若它的长度>0)。
sqrtXWt:应用于模型矩阵X和Z的权值的平方根,可能长度为0,表示单位权值。
sqrtrWt:应用于为了获得平方值的加权残差和的残余的权值的平方根。
RZX:RZX=ST`Z`X=AX,为L的dense solution。
RX:downdated X`X的upper Cholesky factor。
summary.mer类(summary(merX)的结果类型)包含mer类,以及更多的slots:
methTitle:表明方法title的字符串。
logLik
ngrps:flist slot中每个分组因子中的水平数量。
sigma:方差-协方差估计的scale factor。
coefs:固定效应系数的估计值、标准误、t-value等。
vcov
REmat:格式化了的随机效应矩阵。
AICtab:AIC、BIC、log-likelihood、deviance和REMLdev的值的命名向量。
可用于mer类的方法
summary
varCorr:抽取出方差和关联组分。
anova:单参数时,返回固定效应项的contribution的sequential decomposition。多个参数时,返回模型比较的统计值。
coef、coerce、deviance、expand、fitted、fixef、formula、logLik、mcmcsamp、model.frame、model.matrix、print、ranef、resid、residuals、show、terms、update、vcov、with