预测蛋白活性口袋的在线网页 （POCASA）

网址：http://altair.sci.hokudai.ac.jp/g6/service/pocasa/

 

预测过程所需要知道的参数有：

parameters:

          1. Grid Size(晶格的大小): 这个参数决定了三维的晶格的大小。 推荐使用的值为1埃。

 

          2.Probe radius(探针半径) : 这个输入的参数值应该是一个非负的整数值，经验的取值范围为1-4埃。在大多数情况下建议使用探针的大小为2埃。当然，你也可以任意的更改探针的大小，原则上配体分子比较大的话可以用大的探针，配体分子比较小的话用小的探针。

 

         3. Single Point Flag (SPF)  单独点的参数：

                 SPF用于移除搜索结果中的噪声，这个参数的值是一个非负值，取值范围为0-28埃。当晶格的取值大小为1埃或者0.5埃时，建议的取值大小为16或者9埃。

 

        4. Protein Depth Flag(PDF) 蛋白深度的参数：

                     PDF用于回复那些被SPF去除的点中的有用的口袋中的点，输入的值的取值范围为0-28埃.对于晶格大小为1埃或者0.5埃的取值时，PDF的建议的取值分别为18和10埃。

 

        5. Top-N

                  通常情况下，对于一个给定的目标蛋白会发现多于1个的口袋，这个参数定义了输出的前N个的口袋和孔洞，大多数情况下建议使用的参数值是N=5.并且，如果指定了vale的值为0，所有的口袋和孔洞将会被输出。

       

         6. Chain ID

                         默认的参数值为NULL, 将使用PDB文件中的的第一条链，Chain ID用户可以自己指定"A","a,b","1,2" 或者“ABC”（输入时不用加引号）

 

程序输出：

XXXX_simple.pdb

这个文件包含了部分的输入文件用于POCASA来检测口袋和活性中心，如果结果并不是你想要的，你可以检查这个文件来确保是不是使用了正确的部分。

 

XXXX_Parameters.txt

这个文件存储了用户的输入参数，从POCASA中获得的口袋和活性中心的信息也存在这个文件中，包括体积，VD值和平均的VD值，预测的所有的口袋的排名也存在于这个文件中。

 

XXXX_TopN_pockets.pdb

这个文件保存了前N个口袋的原子坐标。原子坐标的格式与标准的PDB文件相同。口袋的数量应用残基的数量来表示，口袋中的每一个点用一个氢原子来代表。

 

XXXX_PocketCenters.pdb

这个文件指定了前N个口袋中的几何中心。

 

 

注意：如果程序没有找到任何的口袋/活性中心,可以把探针的半径一次增大1埃再重新做一次.