基因数据处理

基因数据处理50之cs-bwamem、bwa、snap、bwa-mem与art比较

直接看结果：（1）art仿真数据：hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$catG38L100c50Nhs20.aln##ART_Illuminaread_length100@CMart_illumina-ssHS20-iGRCH38chr1L3556522.fna-l100-c50-oG38L100c50Nhs20-rs1
KeepLearningBigData·2020-07-09 07:39

基因数据处理48之ART使用实例

相关参数请见上一篇1.使用实例1：hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$art_illumina-ssHS20-iGRCH38chr1L3556522.fna-l100-f20-oG38L100F20Nhs20====================ART====================ART_Illumina(2
KeepLearningBigData·2020-07-09 07:38

基因数据处理44之cloud-scale-bwamem安装

cloud-scale-bwamem是在spark等云环境上实现bwa-mem算法，加速对全基因组匹配的处理1.下载：gitclonehttps://github.com/ytchen0323/cloud-scale-bwamem.git2.编译：mvncleanpackage3.编译成功：[INFO]------------------------------------------------
KeepLearningBigData·2020-07-01 18:45

基因数据处理的Pipeline框架

关注微信公众号容器魔方关注我基因数据处理科学中的分析工具昨天我从学校回家经过高速公路时，Sapugaskanda公司的炼油厂引起了我的注意，看到炼油厂的塔楼在运行时会向天空发出巨大的火焰。
云容器大师·2020-06-26 00:58

基因数据处理与可视化

基因数据处理与可视化流程步骤：第一步：数据预处理第二步：数据分析第三步：数据可视化第一步：数据预处理importre#正则表达库importos#文件目录操作importtimeimportdatetime
面狐·2020-06-21 06:29

基因数据处理43之mango之503错误

HTTPERROR:503Problemaccessing/.Reason:ServiceUnavailablePoweredbyJetty://更详细请见：https://github.com/bigdatagenomics/mango/issues/181
KeepLearningBigData·2016-05-30 20:02

基因数据处理41之mango使用失败

hadoop@Master:~/xubo/tools/adam-2.10-0.19-git/bin$mango-submit/xubo/mango/snap/datatest.fa.adam-read_files/xubo/mango/snap/datatest2.sort.bam.adam-var_files/xubo/mango/snap/datatest2.flt.vcf.adam-feat
KeepLearningBigData·2016-05-30 13:58

基因数据处理39之mango安装记录

更多代码请见：https://github.com/xubo245/AdamLearning1解释mango安装记录mango主要是在adam上实现可视化平台Ascalablegenomebrowser2.代码：gitclonehttps://github.com/bigdatagenomics/mango.gitcdmangomvncleanpackage-DskipTests需要设置maven
KeepLearningBigData·2016-05-30 10:57

基因数据处理27之FastQC在linux下安装运行

FastQC是评价基因数据质量的软件。1.下载：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc2.解压配置：unzip配置：ln-s/path/to/FastQC/fastqc/usr/local/bin/fastqc参考【1】3.运行：xubo@xubo:~/cloud/FastQC$sudoln-s~
KeepLearningBigData·2016-05-26 21:02

基因数据处理25之avocado安装

基因数据处理25之avocado安装下载：gitclonehttps://github.com/bigdatagenomics/avocado.git安装第一次失败，第二次成功hadoop@Master
bob601450868·2016-04-23 02:00
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