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- PyVCF 变异基因数据处理
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- 云上弹性高性能计算,支持生命科学产业高速发展、降本增效
阿里云开发者
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程序员
简介:生命科学的研究早已离不开高性能计算(HighPerformanceComputing,HPC)的辅助。从计算机辅助药物设计、疫苗研发,到基因数据处理与分析,再到提供精准医疗服务于肿瘤治疗、产前筛查等医疗技术,高性能计算HPC在生命科学研究中扮演着十分重要的角色。而云,又能如何助力产业发展,帮助产业降本增效呢?image.png随着云计算技术服务及实践的日趋成熟,越来越多的行业通过上云实现了整
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- 相似度融合网络:用于聚合不同的基因数据类型:Similarity network fusion for aggregating data types on a genomic scale
Ice-iron
论文笔记机器学习神经网络深度学习
论文标题:Similaritynetworkfusionforaggregatingdatatypesonagenomicscale.论文下载地址论文总结论文以计算机视觉多视图方式为启发,设计了一种图融合网络用于解决基因数据不能综合处理的困难。现有的基因数据非常丰富,有各种类型的基因数据可以利用。但现有的基因数据处理方式大多数是只利用一种基因数据,例如只使用DNA或者是只使用mRNA,不能综合所有
- 基因数据处理80之disease的DataProcessing
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基因数据处理
1.代码:/***@authorxubo*morecode:https://github.com/xubo245/SparkLearning*moreblog:http://blog.csdn.net/xubo245*/packageorg.gcdss.cli.diseaseimportjava.text.SimpleDateFormatimportjava.util.Dateimportorg.
- 基因数据处理85之adam-0.18.2无法读取0.14.0使用adamSave存储的数据
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基因数据处理
1.介绍:cs-bwamem依赖的是adam-0.14.0里面的adamSave存储之后无法用adam-0.18.2的结果读取:2.adam-0.18.2adamsave可以用loadParquetAlignments读取。但无法用loadParquetAlignments读取adam-0.14.23.代码:packageorg.gcdss.cli.testimportjava.nio.file.
- 基因数据处理73之从HDFS读取fasta文件存为Adam的parquet文件
KeepLearningBigData
基因数据处理
1.GRCH38chr14:hadoop@Master:~/xubo/project/load$./load.shstart:1SLF4J:Failedtoloadclass"org.slf4j.impl.StaticLoggerBinder".SLF4J:Defaultingtono-operation(NOP)loggerimplementationSLF4J:Seehttp://www.sl
- 基因数据处理94之使用kmer分析SRR003161数据的kmer分布
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基因数据处理
1.分两组(1)kmer长度为:5to21(2)kmer长度为:5to55by102.代码:packageorg.gcdss.cliimportjava.text.SimpleDateFormatimportjava.util._importorg.apache.spark._importorg.bdgenomics.adam.projections.{AlignmentRecordField,P
- 基因数据处理57之BWA-MEM运行single-end(1千万条100bp的reads)
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基因数据处理
```hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$bwamemGRCH38BWAindex/GRCH38chr1L3556522.fastag38L100c10000000Nhs20.fq>g38L100c10000000Nhs20.bwamem.sam[M::bwa_idx_load_from_disk]read0ALTcon
- 基因数据处理75之从HDFS读取vcf文件存为Adam的parquet文件(成功)
KeepLearningBigData
基因数据处理
1.参考:packageorg.bdgenomics.adam.cliclassFlattenSuiteextendsADAMFunSuite{valloader=Thread.currentThread().getContextClassLoadervalinputPath=loader.getResource("small.vcf").getPathvaloutputFile=File.cre
- 基因数据处理74之从HDFS读取vcf文件存为Adam的parquet文件(有问题)
KeepLearningBigData
基因数据处理spark基因数据处理adam
1.small.vcf:没记录2.读取:5loadtime:3287ms{"variant":{"variantErrorProbability":139,"contig":{"contigName":"1","contigLength":null,"contigMD5":null,"referenceURL":null,"assembly":null,"species":null,"refere
- 基因数据处理2之ftp数据快速查找
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基因数据处理
基因数据处理2之ftp数据快速查找linux下可以用grep:curl-s"ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/current.tree"|grepNA12878运行结果:hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/testAdam34/TestBaiBas$curl-s"ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.
- 基因数据处理83之移动GRCH38Index到每个节点
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基因数据处理
1.从cloud/adam移出到xubo/ref:hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310$mkdir-p~/xubo/ref/GRCH38Index/hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310$mvGCA_000001405.15_GRCh38/*~/xubo/ref/GRCH38I
- 基因数据处理54之bwa-mem运行paird-end(1千万条100bp的reads)
KeepLearningBigData
基因数据处理Spark问题
指令:```hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$bwamemGRCH38BWAindex/GRCH38chr1L3556522.fastag38L100c10000000Nhs20Paired1.fqg38L100c10000000Nhs20Paired2.fq>g38L100c10000000Nhs20Paired12
- 基因数据处理1之mapping_to_cram
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基因数据处理
基因数据处理1之mapping_to_cram参考资料:AWorkedExampleObtainsomepublicdataWewillusethefirst100,000read-pairsfromayeastdataset.curlftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR507/SRR507778/SRR507778_1.fastq.gz|gzip-d|he
- 基因数据处理72之GATK安装成功
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基因数据处理
1.下载:gitclonehttps://github.com/broadgsa/gatk-protected.git2.安装:gitcheckout3.5mvncleanpackage-DskipTests3.安装成功:[INFO]ReactorSummary:[INFO][INFO]GATKRoot..........................................SUCCES
- 基因数据处理77之从vcf文件中提取某条染色体的数据
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基因数据处理
1.代码:/***@authorxubo*/packageorg.gcdss.cli.vcfimportorg.apache.spark.{SparkConf,SparkContext}/***Createdbyxuboon2016/5/23.*/objectextractGRCH38chr20vcf{defmain(args:Array[String]){valconf=newSparkConf
- 基因数据处理34之使用samtools和bcftools进行变异分析
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基因数据处理
1.指令:(1)samtoolsmpileup-vfHomo_sapiens_assembly19chr20.fastaNA12878_snp_A2G_chr20_225058.sorted.bam>NA12878_snp_A2G_chr20_225058.variants或者:samtoolsmpileup-vfHomo_sapiens_assembly19chr20.fastaNA12878_
- 基因数据处理116之重新运行SparkBWA Yarn集群模式
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基因数据处理
更多代码请见:https://github.com/xubo245基因数据处理系列1.解释很久没运行SparkBWA了,系统文件有点多,重新运行。2.代码:endhadoop@Master:~/disk2/xubo/project/alignment/sparkBWA$vig38L100c100000Nhs20Paired12SparkBWAYarnPartition0.shecho"start"
- 基因数据处理117之重新多次运行SparkBWA Yarn集群
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更多代码请见:https://github.com/xubo245基因数据处理系列1.解释重新运行,跟换了文件地址后来终端,需要运行其他的2.代码:hadoop@Master:~/disk2/xubo/project/alignment/sparkBWA$visparkBWA.shforjin10000100000100000010000000doforiin50100doecho$iecho$j
- 基因数据处理112之运行gcdss的avocado编译识别报错getRecordGroupSample空指针异常解决办法
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基因数据处理
前面一片已经讲了遇到的问题,之前也遇到过:基因数据处理31之avocado运行avocado-cli中的avocado问题3-变异识别找不到RecordGroupSample(null)http://blog.csdn.net/xubo245/article/details/51525241解决办法:在读入的sam/bam/adam数据进行判定,如果RecordGroup等数据为空,则加上默认值在
- 基因数据处理110之批量测试SparkBWA和CS-bwamem算法
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基因数据处理
1.总的脚本hadoop@Master:~/xubo/project/alignment$catrunSparkBWAAndCsbwamem.shecho"startsparkBWA"./sparkBWA/sparkBWA.shecho"startCsbwamemalgin"./cs-bwamem/csbwamemAlign.shecho"startCsbwamemmerge"./cs-bwame
- 基因数据处理106之bwa-mem运行paird-end(1千万条100bp的reads g38L100c10000000Nhs20Paired12)
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基因数据处理
脚本:hadoop@Master:~/xubo/project/alignment/sparkBWA$catg38L100c10000000Nhs20Paired12Bwamem.shecho"start"startTime4=`date+"%s.%N"`time4=`date+"%Y%m%d%H%M%S"`#spark-submit--classorg.apache.spark.examples
- 基因数据处理113之对avocado识别的SparkBWA变异数据进行疾病分析_
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基因数据处理
(一)问题问题1:avocado数据读取:avocado存到磁盘是:RDD[Genotype]valprocessedGenotypes:RDD[Genotype]=postProcessVariants(calledVariants,stats).flatMap(variantContext=>variantContext.genotypes)//savevariantstooutputfile
- 基因数据处理109之SparkBWA运行成功的部分log
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基因数据处理
数据来自:http://219.219.220.149:18080/history/application_1466866953605_0001/executors/http://219.219.220.248:8042/node/containerlogs/container_1466866953605_0001_01_000003/hadoop/stderr/?start=0SLF4J:Cla
- Spark问题14之Spark stage retry问题
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Spark问题
更多代码请见:https://github.com/xubo245基因数据处理系列之SparkBWA1.解释1.1简述当partitions超过节点数量的时候Lostexecutor的问题,已经提交到SparkBWA中,https://github.com/citiususc/SparkBWA/issues/35另外发现,tmp里面有临时文件没有删除,而且stageretry未解决2.记录完整报错
- 基因数据处理102之SparkBWA本地运行100万条paired-reads实例
KeepLearningBigData
基因数据处理
脚本:spark-submit--classSparkBWA\--masterlocal\--archivesbwa.zip\SparkBWA.jar\-algorithmmem-readspaired\-index/home/hadoop/xubo/ref/GRCH38L1Index/GRCH38chr1L3556522.fasta\-partitions3\/xubo/alignment/sp
- 基因数据处理101之SparkBWA本地运行配置和实例
KeepLearningBigData
基因数据处理
1.修改Makefile.common:将LIBBWA_LIBS=-lrt改为LIBBWA_LIBS=-lrt-lz不然会报错误【5】2.make之后修改java.library.path步骤:vi/etc/profile加入exportLD_LIBRARY_PATH=/home/hadoop/xubo/tools/SparkBWA/build:$LD_LIBRARY_PATH使生效:source
- apache ftpserver-CentOS config
gengzg
apache
<server xmlns="http://mina.apache.org/ftpserver/spring/v1"
xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
xsi:schemaLocation="
http://mina.apache.o
- 优化MySQL数据库性能的八种方法
AILIKES
sqlmysql
1、选取最适用的字段属性 MySQL可以很好的支持大数据量的存取,但是一般说来,数据库中的表越小,在它上面执行的查询也就会越快。因此,在创建表的时候,为了获得更好的 性能,我们可以将表中字段的宽度设得尽可能小。例如,在定义邮政编码这个字段时,如果将其设置为CHAR(255),显然给数据库增加了不必要的空间,甚至使用VARCHAR这种类型也是多余的,因为CHAR(6)就可以很
- JeeSite 企业信息化快速开发平台
Kai_Ge
JeeSite
JeeSite 企业信息化快速开发平台
平台简介
JeeSite是基于多个优秀的开源项目,高度整合封装而成的高效,高性能,强安全性的开源Java EE快速开发平台。
JeeSite本身是以Spring Framework为核心容器,Spring MVC为模型视图控制器,MyBatis为数据访问层, Apache Shiro为权限授权层,Ehcahe对常用数据进行缓存,Activit为工作流
- 通过Spring Mail Api发送邮件
120153216
邮件main
原文地址:http://www.open-open.com/lib/view/open1346857871615.html
使用Java Mail API来发送邮件也很容易实现,但是最近公司一个同事封装的邮件API实在让我无法接受,于是便打算改用Spring Mail API来发送邮件,顺便记录下这篇文章。 【Spring Mail API】
Spring Mail API都在org.spri
- Pysvn 程序员使用指南
2002wmj
SVN
源文件:http://ju.outofmemory.cn/entry/35762
这是一篇关于pysvn模块的指南.
完整和详细的API请参考 http://pysvn.tigris.org/docs/pysvn_prog_ref.html.
pysvn是操作Subversion版本控制的Python接口模块. 这个API接口可以管理一个工作副本, 查询档案库, 和同步两个.
该
- 在SQLSERVER中查找被阻塞和正在被阻塞的SQL
357029540
SQL Server
SELECT R.session_id AS BlockedSessionID ,
S.session_id AS BlockingSessionID ,
Q1.text AS Block
- Intent 常用的用法备忘
7454103
.netandroidGoogleBlogF#
Intent
应该算是Android中特有的东西。你可以在Intent中指定程序 要执行的动作(比如:view,edit,dial),以及程序执行到该动作时所需要的资料 。都指定好后,只要调用startActivity(),Android系统 会自动寻找最符合你指定要求的应用 程序,并执行该程序。
下面列出几种Intent 的用法
显示网页:
- Spring定时器时间配置
adminjun
spring时间配置定时器
红圈中的值由6个数字组成,中间用空格分隔。第一个数字表示定时任务执行时间的秒,第二个数字表示分钟,第三个数字表示小时,后面三个数字表示日,月,年,< xmlnamespace prefix ="o" ns ="urn:schemas-microsoft-com:office:office" />
测试的时候,由于是每天定时执行,所以后面三个数
- POJ 2421 Constructing Roads 最小生成树
aijuans
最小生成树
来源:http://poj.org/problem?id=2421
题意:还是给你n个点,然后求最小生成树。特殊之处在于有一些点之间已经连上了边。
思路:对于已经有边的点,特殊标记一下,加边的时候把这些边的权值赋值为0即可。这样就可以既保证这些边一定存在,又保证了所求的结果正确。
代码:
#include <iostream>
#include <cstdio>
- 重构笔记——提取方法(Extract Method)
ayaoxinchao
java重构提炼函数局部变量提取方法
提取方法(Extract Method)是最常用的重构手法之一。当看到一个方法过长或者方法很难让人理解其意图的时候,这时候就可以用提取方法这种重构手法。
下面是我学习这个重构手法的笔记:
提取方法看起来好像仅仅是将被提取方法中的一段代码,放到目标方法中。其实,当方法足够复杂的时候,提取方法也会变得复杂。当然,如果提取方法这种重构手法无法进行时,就可能需要选择其他
- 为UILabel添加点击事件
bewithme
UILabel
默认情况下UILabel是不支持点击事件的,网上查了查居然没有一个是完整的答案,现在我提供一个完整的代码。
UILabel *l = [[UILabel alloc] initWithFrame:CGRectMake(60, 0, listV.frame.size.width - 60, listV.frame.size.height)]
- NoSQL数据库之Redis数据库管理(PHP-REDIS实例)
bijian1013
redis数据库NoSQL
一.redis.php
<?php
//实例化
$redis = new Redis();
//连接服务器
$redis->connect("localhost");
//授权
$redis->auth("lamplijie");
//相关操
- SecureCRT使用备注
bingyingao
secureCRT每页行数
SecureCRT日志和卷屏行数设置
一、使用securecrt时,设置自动日志记录功能。
1、在C:\Program Files\SecureCRT\下新建一个文件夹(也就是你的CRT可执行文件的路径),命名为Logs;
2、点击Options -> Global Options -> Default Session -> Edite Default Sett
- 【Scala九】Scala核心三:泛型
bit1129
scala
泛型类
package spark.examples.scala.generics
class GenericClass[K, V](val k: K, val v: V) {
def print() {
println(k + "," + v)
}
}
object GenericClass {
def main(args: Arr
- 素数与音乐
bookjovi
素数数学haskell
由于一直在看haskell,不可避免的接触到了很多数学知识,其中数论最多,如素数,斐波那契数列等,很多在学生时代无法理解的数学现在似乎也能领悟到那么一点。
闲暇之余,从图书馆找了<<The music of primes>>和<<世界数学通史>>读了几遍。其中素数的音乐这本书与软件界熟知的&l
- Java-Collections Framework学习与总结-IdentityHashMap
BrokenDreams
Collections
这篇总结一下java.util.IdentityHashMap。从类名上可以猜到,这个类本质应该还是一个散列表,只是前面有Identity修饰,是一种特殊的HashMap。
简单的说,IdentityHashMap和HashM
- 读《研磨设计模式》-代码笔记-享元模式-Flyweight
bylijinnan
java设计模式
声明: 本文只为方便我个人查阅和理解,详细的分析以及源代码请移步 原作者的博客http://chjavach.iteye.com/
import java.util.ArrayList;
import java.util.Collection;
import java.util.HashMap;
import java.util.List;
import java
- PS人像润饰&调色教程集锦
cherishLC
PS
1、仿制图章沿轮廓润饰——柔化图像,凸显轮廓
http://www.howzhi.com/course/retouching/
新建一个透明图层,使用仿制图章不断Alt+鼠标左键选点,设置透明度为21%,大小为修饰区域的1/3左右(比如胳膊宽度的1/3),再沿纹理方向(比如胳膊方向)进行修饰。
所有修饰完成后,对该润饰图层添加噪声,噪声大小应该和
- 更新多个字段的UPDATE语句
crabdave
update
更新多个字段的UPDATE语句
update tableA a
set (a.v1, a.v2, a.v3, a.v4) = --使用括号确定更新的字段范围
- hive实例讲解实现in和not in子句
daizj
hivenot inin
本文转自:http://www.cnblogs.com/ggjucheng/archive/2013/01/03/2842855.html
当前hive不支持 in或not in 中包含查询子句的语法,所以只能通过left join实现。
假设有一个登陆表login(当天登陆记录,只有一个uid),和一个用户注册表regusers(当天注册用户,字段只有一个uid),这两个表都包含
- 一道24点的10+种非人类解法(2,3,10,10)
dsjt
算法
这是人类算24点的方法?!!!
事件缘由:今天晚上突然看到一条24点状态,当时惊为天人,这NM叫人啊?以下是那条状态
朱明西 : 24点,算2 3 10 10,我LX炮狗等面对四张牌痛不欲生,结果跑跑同学扫了一眼说,算出来了,2的10次方减10的3次方。。我草这是人类的算24点啊。。
然后么。。。我就在深夜很得瑟的问室友求室友算
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5秒后
- 关于YII的菜单插件 CMenu和面包末breadcrumbs路径管理插件的一些使用问题
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在使用 YIi的路径管理工具时,发现了一个问题。 <?php  
- 对象与关系之间的矛盾:“阻抗失配”效应[转]
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概述
“阻抗失配”这一词组通常用来描述面向对象应用向传统的关系数据库(RDBMS)存放数据时所遇到的数据表述不一致问题。C++程序员已经被这个问题困扰了好多年,而现在的Java程序员和其它面向对象开发人员也对这个问题深感头痛。
“阻抗失配”产生的原因是因为对象模型与关系模型之间缺乏固有的亲合力。“阻抗失配”所带来的问题包括:类的层次关系必须绑定为关系模式(将对象
- 学习编程那点事
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编程互联网
一年前的夏天,我还在纠结要不要改行,要不要去学php?能学到真本事吗?改行能成功吗?太多的问题,我终于不顾一切,下定决心,辞去了工作,来到传说中的帝都。老师给的乘车方式还算有效,很顺利的就到了学校,赶巧了,正好学校搬到了新校区。先安顿了下来,过了个轻松的周末,第一次到帝都,逛逛吧!
接下来的周一,是我噩梦的开始,学习内容对我这个零基础的人来说,除了勉强完成老师布置的作业外,我已经没有时间和精力去
- Reverse Linked List II
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Reverse a linked list from position m to n. Do it in-place and in one-pass.
For example:Given 1->2->3->4->5->NULL, m = 2 and n = 4,
return 
- Spring4.1新特性——页面自动化测试框架Spring MVC Test HtmlUnit简介
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- Hadoop集群工具distcp
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1. 环境描述
两个集群:rock 和 stone
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1. 从rock复制到stone,采用hdfs
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- 一个备份MySQL数据库的简单Shell脚本
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1. 分别建立目录“backup”和“oldbackup” #mkdir /backup #mkdir /oldbackup
- 300个涵盖IT各方面的免费资源(中)——设计与编码篇
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Dribbble:Dribbble上“免费”的搜索结果——这是巨大的宝藏。
Graphic Burger:每个像素点都做得很细的绝佳的设计资源。
Pixel Buddha:免费和优质资源的专业社区。
Premium Pixels:为那些有创意的人提供免费的素材。
- thrift总结 - 跨语言服务开发
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POM:
<dependency>
<groupId>org.apache.thrift</groupId>