GTDB-tk

GTDB-Tk v2: memory friendly classification with the Genome Taxonomy Database, 物种注释和进化树构建工具使用及介绍

资源介绍：GTDB-Tkv2:memoryfriendlyclassificationwiththegenometaxonomydatabase|Bioinformatics|OxfordAcademic(oup.com)GTDB-GenomeTaxonomyDatabase(ecogenomic.org)大家自己看吧，不在解释了，直接上安装和配置，然后再使用。github地址：GitHub-Ec
小果运维·2024-01-24 07:59

Megahit, metaSPAdes, metabat2, GTDB-tk, checkM

参考https://zhuanlan.zhihu.com/p/470457258、德布鲁因图和OLC组装基因组-简书(jianshu.com)、[算法学习1]基因组组装算法DeBruijnGraph-知乎(zhihu.com)、https://nmdc.cn/感谢国家微生物科学数据中心和互联网。Megahit（宏基因组组装工具）原理基于kmer迭代的DBG算法。kmer：kmer指将reads切碎
苦中作乐613·2024-01-07 12:48

GTDB-tk:完成微生物物种注释

GTDB官网：GTDB-GenomeTaxonomyDatabase(ecogenomic.org)Github:https://github.com/Ecogenomics/GTDBTk我们今天用docker安装参照：Docker—GTDB-Tk2.2.6documentation(ecogenomics.github.io)##下载数据库wgethttps://data.gtdb.ecogen
CAAS_IFR_zp·2024-01-07 12:14

微生物基因组分类数据库GTDB和软件GTDB-Tk

数据库主页：http://gtdb.ecogenomic.org/我们可以使用工具GTDB-Tk来基于该数据库对未知
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:24
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