MethylKit

呜呜呜我哭出声来

（哭兴高采烈地把原来的BEDRRBS文件变成满足methylkit输入格式的txt格式文件特意把后缀名去掉了昨天特意学习了sedgawk等文件编辑工具，今天又从头做人学习如何将获取文件名并且去掉后缀输出到另外一个文件夹
蓬举举·2023-09-20 03:05

methylKit 统计方法

methylKit可以用来寻找DMR/DMC，其统计方法如下：logisticregressionFisherexacttest有重复时methylKit调用logisticregression，无重复时调用
horsefish·2023-06-17 21:16

DMR分析完以后用哪个包来进行注释？

用完methylkit做完下游分析后，我们经常会得到一下几种数据Snipaste_2020-05-10_14-53-08.png那么，对于这个genomicregions，我们如何对应到相应的genes
桁_COLA·2023-03-10 13:10

复盘总结（二）

接复盘总结（一）methylkitR包上游处理对甲基化位点进行注释、导出SPM分析上游文件setwd("D:/DMP_mk_")rm(list=ls())library(methylKit)load(file
蓬举举·2021-01-02 11:06

methylkit差异甲基化分析

文件格式可以是最基本的甲基化调用文件也可以是bismark下游的BAM/SAM文件。在这里使用的是经过处理得到的文本文件。典型的文件应该是这样的##chrBasechrbasestrandcoveragefreqCfreqT##1chr21.9764539chr219764539R1225.0075.00##2chr21.9764513chr219764513R120.00100.00##3chr
蓬举举·2020-11-27 10:44

RRBS差异甲基化分析流程（更新版）

本文接bismark上游分析：https://www.jianshu.com/p/9f6939d1588a下文主要是：1、找到差异甲基化区域；2、注释差异甲基化区域library(methylKit)library
桁_COLA·2020-03-23 20:26

methylKit 进行差异甲基化分析

methylKit是一个用于分析甲基化测序数据的R包，不仅支持WGBS，RRBS和目的区域甲基化测序，还支持oxBS-sq,TAB-seq等分析5hmc的数据。
生信修炼手册·2020-03-14 10:47

RRBS甲基化分析流程

【基本流程】Bismark—Methylkit—Genomation—GO/KEGG只求自己记得如果有人搜到了这个请你只看上面的四个基本流程然后分别搜索他们的用法比较坑的地方在于用Genomation包
桁_COLA·2020-01-31 21:50
上一页 1 下一页
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他