getfasta

bedtools获得基因组指定范围的序列

·#getfasta../..
M78_a·2024-02-11 19:27

bedtools getfasta提取基因序列实战

由gtf文件得到含CDS坐标的bed文件，并提取CDS序列首先要注意，gtf文件的序列起始坐标减一，才是bed文件的起始坐标！！！因为gtf的第一个碱基记为1，但是bed文件的第一个碱基记为0。比如我提取的含有起始密码子的序列应该是这样的含起始密码子序列gtf文件中显示该段CDS的起始位置为23519，直接用该坐标检索出来的序列为直接检索出的CDS很显然，该序列少了个A碱基。gtf或gff文件可以
嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀·2022-03-05 21:27

bedtools----getfasta

getfasta可以根据BED/GFF/VCF文件提供的feature在染色体上的位置信息，从fasta中提取feature的碱基序列bedtoolsgetfasta[OPTIONS]-fi-bed-foTipTheheadersintheinputFASTAfilemustexactlymatchthechromosomecolumnintheBEDfile
_eason_·2021-06-15 05:06

How To Use Coordinates To Extract Sequences In Fasta File

bedtools (https://github.com/arq5x/bedtools2) here is also bedtools (https://github.com/arq5x/bedtools2) getfasta
·2015-06-14 15:00
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