stringtie

生物信息学习 之 Perl 脚本 -- 提取 lncRNA

脚本功能如说明所示：可以根据参考gtf文件对stringtie--merge的结果文件进行过滤筛选新的lncRNA。#!
正踪大米饭儿·2020-02-11 04:50

HISAT+StringTie+Ballgown转录组分析流程介绍

一、软件介绍该分析流程主要根据2016年发表在NatureProtocols上的一篇名为Transcript-levelexpressionanalysisofRNA-seqexperimentswithHISAT,StringTieandBallgown的文章撰写的，主要用到以下三个软件：HISAT(http://ccb.jhu.edu/software/hisat/index.shtml)利用
tianzhanlan·2020-02-06 16:33

RNAseq分析流程-Hisat2+Samtools+Stringtie

首先，分析RNAseq要对整个分析流程有个整体的了解：参考https://tiramisutes.github.io/2018/12/04/ref-RNA-seq.html详细介绍了主要用到的分析工具和流程。这里我主要介绍一下我常用的分析流程拿到原始数据首先需要对文件完整性进行检查md5sumfile#输出的MD5和测序公司给的进行对比，一样则说明文件完整#或者，如果公司给出了md5.txt，md
生信编程日常·2020-01-01 16:58

stringtie转录本有参组装

转录组数据：SRR8002919.0_PE.1.clean.dup.fq.gzSRR8002928.0_PE.1.clean.dup.fq.gzSRR8002944.0_PE.1.clean.dup.fq.gzSRR8002959.0_PE.1.clean.dup.fq.gzSRR8002963.0_PE.1.clean.dup.fq.gzSRR8002919.0_PE.2.clean.dup.f
秦涛_bioinfor·2019-11-15 16:54

使用TransDecoder寻找转录本中的编码区

这些转录本序列可以来自于Trinity的从头组装，或者来自于Cufflinks或者StringTie的组装结果。
徐洲更hoptop·2019-08-28 22:02

使用TransDecoder寻找转录本中的编码区

这些转录本序列可以来自于Trinity的从头组装，或者来自于Cufflinks或者StringTie的组装结果。
徐洲更hoptop·2019-08-28 22:02

docker-alpine 安装Miniconda--stringtie

docker-alpine安装Miniconda解决的问题安装Glibc安装Miniconda解决的问题conda是非常好的一款软件管理工具，用它管理安装各种软件非常的方便，比如二代测序的转录本组装软件stringtie
尧小飞·2019-04-02 17:11

豆豆文献阅读第二天

文章题目：Transcript-levelexpressionanalysisofRNA-seqexperimentswithHISAT,StringTieandBallgown利用Hisat、Stringtie
刘小泽·2018-07-09 20:37

hisat2+stringtie+deseq2分析RNA-SEQ数据

hisat2+stringtiefor((i=2064449;i1,]nrow(dds)dds<-DESeq(dds,parallel=T)res<-results(dds)summary(res)count_r<-counts(dds,normalized=T)table(res$padj<0.01)res<-res[order(res$padj),]resdata<-merge(as.data
547可是贼帅的547·2018-05-16 13:29
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