Ubuntu环境下安装FastQc及java环境配置

java下载地址：https://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk12-downloads-5295953.html

1.下载后解压

tar -zxvf jdk-12.0.2_linux-x64_bin.tar.gz

2.解压得到JDK文件，用如下命令将该文件夹移动到/usr/local目录下

sudo mv jdk-12.0.2/usr/local

3.配置环境变量

终端输入

gedit ~/.bashrc

在文档末尾加上

#Java
export JAVA_HOME=/usr/local/jdk1.8.0_144
export JRE_HOME=${JAVA_HOME}/jre
export CLASSPATH=.:${JAVA_HOME}/lib:${JRE_HOME}/lib
export PATH=${JAVA_HOME}/bin:$PATH

使用source命令使之生效

source ~/.bashrc

4.测试环境

java -version

Fastqc下载地址：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

1.进入FastQc文件夹,打开终端

2.chmod 755 fastqc(使fastqc成为可执行程序)

3../fastqc即可运行fastqc程序（缺少Java环境，无法执行）。