RDKit安装和使用

写在前面的话

Rdkit 是干个什么呢，RDkit 是一款开源化学信息学与机器学习工具包，提供C++ 和python 的API 接口。

为什么要玩这个呢，你猜猜～

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不正经的正文

具体地安装的方式都在这里https://github.com/rdkit/rdkit/blob/master/Docs/Book/Install.md

英文OK的话就直接安装吧，一路畅到底。

安装RDKit 的时候可以使用Conda 安装

$ conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit

之后你要激活它才可以使用

激活的方法：

$ conda activate my-rdkit-env

如果不行的话就用下面的几招解决：

    $ echo ". /home/chicho/tools/miniconda2/etc/profile.d/conda.sh" >> ~/.bashrc

or, for all users, enable conda with

    $ sudo ln -s /home/chicho/tools/miniconda2/etc/profile.d/conda.sh /etc/profile.d/conda.sh

The options above will permanently enable the 'conda' command, but they do NOT
put conda's base (root) environment on PATH.  To do so, run

    $ conda activate

in your terminal, or to put the base environment on PATH permanently, run

    $ echo "conda activate" >> ~/.bashrc

Previous to conda 4.4, the recommended way to activate conda was to modify PATH in
your ~/.bashrc file.  You should manually remove the line that looks like

    export PATH="/home/chicho/tools/miniconda2/bin:$PATH"

当然了，还有官方的解决办法

$ cd [anaconda folder]/bin
$ source activate my-rdkit-env

激活还是没有激活成功，这个时候我们可以看终端，终端是下面这个样子的，就是表示我们已经成功激活成功了

这个时候我们可以测试一下我们的这个工具
都说了是化学工具，我们就来画个图：

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
smi = 'CCCc1nn(C)c2C(=O)NC(=Nc12)c3cc(ccc3OCC)S(=O)(=O)N4CCN(C)CC4'
m = Chem.MolFromSmiles(smi)
Draw.MolToImageFile(m,"mol.jpg")

这样我们就可以在当前的文件夹下找到我们一个图片就是mol.jpg

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写在后面的话

各位帅哥美女，行行好吧，行行好吧，爱护一个可爱的我～～～

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