走进脑计划（三）linux下安装freesurfer

两天以安装软件为主。今天是ubuntu19.04下安装freesurfer

申明：我自己也是刚入这个领域，我的经验都是在网上搜的，我只是把我的过程记录下来，我自己是小白，我都能安装成功，所以你们肯定行，我会列出我自己踩过的坑。但是，以下知识点属于网上别人的，不属于我的，我只是在别人的基础上加了点自己的经验，且禁止用于商业途径。

一、下载安装包
搜索freesurfer，去官网下载linux版本的压缩包，我下载的版本是stable v6.0.0，4.6G，我用的寝室校园网，花了我3个小时。
另外还要在官网注册一下邮箱，然后会给邮箱发一条邮件，附件里有license文件。
二、开始安装
因为安装包名字太长，我先右键rename成freesurfer.gz（可以不用重命名，我只是为了图方便）。因为我的安装文件在Downloads下，所以下一步是:

sudo cd /home/clancy/Downloads

当然如果你的安装包不是在Downloads下，你就换成你自己的目录就行了。然后：

sudo cp freesurfer.gz /usr/local

接着直接解压：

sudo tar -zxvf /usr/local/freesurfer.gz

然后下载tcsh:

sudo apt-get install tcsh

三、设置环境配置
打开终端输入：

sudo gedit  /etc/profile

在文档的最后，点回车，输入：

export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer

然后输入：

sudo gedit  /etc/bash.bashrc 

在文档的最后（PS：如果你跟我一样安装过fsl，你会发现熟悉的fsl的环境变量，哈哈）点回车换行，然后输入：

export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

然后点右上角SAVE后关闭。
最后，把注册时给的license文件复制到/usr/local/freesurfer里面

sudo cp /home/liuzb/software/license.txt  /usr/local/freesurfer/

四、重新打开终端，输入：

tkregister2
tkmedit
tksurfer 
recon-all --help

看到每个comand都被执行了，就说明安装成功了。

Tips：如果报错，说command not find啊，或者说找不到directory啊，你就跳到上面的某个步骤，再重复走一遍。比如我自己报错后，我重新解压了freesurfer安装包后，就不报错了。