仿GWAS曼哈顿图

1. 根据vcf文件获取一个类似曼哈顿图的input文件，只是第4列的p value 值变为了区间的snp number

如下：

SNP     CHR     BP      P
1       chr1    100000  1362
2       chr1    110000  1319
3       chr1    120000  1321
4       chr1    130000  1426
5       chr1    140000  1500
6       chr1    150000  1512
7       chr1    160000  1387
8       chr1    170000  1235
9       chr1    180000  1244
10      chr1    190000  1221
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2. 使用R进行绘图，注意使用facet_grid 

library(ggplot2)
library("RColorBrewer")
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dat <- read.table("snp_manhattan.txt",header = TRUE, sep="\t")

pdf("snp.pdf")
ggplot(dat,aes(x=BP,y=P,colour=CHR)) + facet_grid(.~CHR,scales="free_x",space="free_x") +
  geom_point() + xlab("Position") + ylab("Number")+
  theme(axis.text.x = element_text(size = 5))
dev.off()

 

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3.  如下图