由于各家主板的BIOS不尽相同，但是设置原理都是基本一致的，在此只介绍几种比较典型的BIOS设置，相信读者都能够根据自己主板BIOS的实际情况参考本文解决问题。
1.南桥为ICH5的主板
先以华硕的P4C800为例，这款主板芯片组为i865PE，南桥为ICH5/ICH5R。进到BIOS后，选择Main下的IDE Configuration Menu，在Onboard IDE Operate Mode下面可以选择两种IDE操作模式：兼容模式和增强模式(Compatible Mode和Enhanced Mode)。其中兼容模式Compatible Mode，可以理解为把SATA硬盘端口映射到并口IDE通道的相应端口，当你选择这种模式时在下面的IDE Port Settings中会有三个选项：
Primary P-ATA+S-ATA：并行IDE硬盘占据IDE0+1的主通道(Primary IDE Channel)，串行SATA硬盘占据IDE2+3的从通道(Secondary IDE Channel)。也就是说这时主板上的第二个并行IDE接口对应的端口不可用。
Secondary P-ATA+S-ATA：与上面正相反，此时主板第一个并行IDE接口(Primary P-ATA)上对应的端口不可用，因为给SATA硬盘占用了。
P-ATA Ports Only：屏蔽了串行SATA硬盘接口，只能使用并行接口设备。
注：前两种模式中，主板上的SATA1接口自动对应IDE通道中的主盘位置，SATA2接口自动对应IDE通道中的从盘位置。
当选择模式为增强模式Enhanced Mode时，其下的端口设置的字样变为Enhanced Mode Supports On，其中也有三个选项：
P-ATA+S-ATA：并行和串行硬盘并存模式，此时SATA和PATA通道都相互独立互不干扰，理论上4个P-ATA和2个S-ATA可同时接6个设备，实际上得根据不同主板而定，有的南桥芯片就只支持4个ATA设备。此时SATA1口硬盘对应Third IDE Master(第三IDE通道主盘)，SATA2口硬盘对应Fourth IDE Master(第四IDE通道主盘)。
S-ATA：串行硬盘增强模式，此时理论上支持4个串行硬盘，但还得看主板的支持情况(如果是ICH5R芯片组如P4P800，想组RAID模式，则必须要选择此项，并将Configure S-ATA as RAID项设为Yes，S-ATA BOOTROM项设为Enable，设置后BIOS自动检测的时候按“Ctrl+I”进行RAID设置)。
P-ATA：其实还是一种映射模式，SATA硬盘占据的是第一个IDE通道，SATA1口对应第一个通道的主盘，SATA2口对应第一个通道的从盘。
当你使用的是Win98/Win NT/Win2000/MS-DOS等传统的操作系统时，由于它们只支持4个IDE设备，所以请选择兼容模式Compatible Mode，并根据你的实际硬盘数量和位置选择IDE Port Settings中的对应选项；当你使用的是WinXP/Win2003等新型的操作系统时，可以选择增强模式Enhanced Mode来支持更多的设备。当然如果你安装Win98+Win XP双系统的话，也只好选择Compatible Mode了。另外，有的主板BIOS有BUG，致使在单个SATA硬盘上安装Windows 98SE系统时不能正确安装SATA硬盘(如：华擎P4VT8)，只需要升级BIOS版本到最新版就可以解决了。
注：虽然SATA硬盘本身并没有主从之分，但是如果使用了端口映射的模式，当你想要并行硬盘和串行硬盘共存时，还是得注意硬盘所占的位置不要冲突了，而且启动顺序也需要在BIOS中根据实际情况进行相应调整。
2.南桥为Intel ICH5R的主板
下面以GA-8KNXP Ultra为例，简要说一下技嘉主板的BIOS中SATA的设置：
这款主板的芯片组是i875P，南桥为ICH5R，其SATA部分的设置选项在Main主菜单下的Integrated Peripherals(整合周边设备)里：有关启动设备的选项在Advanced BIOS Features(进阶BIOS功能设定)中，相应的设置参见上文。
通过上面的两个例子可以看出ICH5/ICH5R南桥的主板，都是通过端口映射和独立SATA通道两种途径来设置识别SATA硬盘的。至于应该选择哪种模式和设置值，请参考上文并根据S-ATA硬盘和P-ATA硬盘的数量，安装的操作系统以及哪一个作为系统启动盘等实际情况来自行设定。
3.南桥为VIA的VT8237的主板
相对于ICH5/ICH5R芯片组，VT8237的SATA设置部分就简单得多了。下面以硕泰克的SL-KT890系列为例，其SATA部分的设置选项也是在Main主菜单下的Integrated Peripherals(整合周边设备)里：
Onboard PATA IDE(主板内建并行IDE口设定)
此项设定允许用户配置主板内建并行IDE口功能。
Disabled：关闭主板的并行IDE口功能。
Enabled：允许使用并行IDE口功能(预设值)。
Onboard IDES operate mode(主板内建IDE优先设定)
PATA is Pri IDE：PATA口上的设备优先(预设值)。
SATA is Pri IDE：SATA口上的设备优先。
Onboard SATA- IDE(主板内建SATA口功能设定)
Disabled：关闭主板上SATA口。
SATA：主板上SATA口当做一般的SATA口使用。
RAID：主板上SATA口上的硬盘可以建立磁盘阵列(预设值)。
这里你只需要根据实际情况调整一下串、并行口的优先级就可以正常使用SATA硬盘了。(通过上面的选项能看出，在这里S-ATA硬盘还是可以理解为映射到P-ATA端口上来识别的。)
注：RAID的组建还需要在开机时按“Tab”键进入VIA科技RAID控制器的BIOS设置画面另行设置，请参见相关的说明手册。
4.NF4主板
在此我们以磐正的9NPA+Ultra为例。开机，按DEL键进入主板的BIOS设置页面。
首先，我们进行硬盘的相关设置。选择Integrated Peripherals进入，这一项中包含有硬盘的相关设置选项，其中有SATA Mode、Secondary Master UDMA、Secondary Slave UDMA、SATA1/2、SATA3/4、RAID Enable等几个选项。在每个选项中，均有Enabled和Disabled两个选项可供选择，这里我们只要将“SATA1/2”、“SATA3/4” 设置为[Enabled]，以激活SATA，其它的选项保持不变。
另外，如果你的机器机只安装了一块硬盘，不需要组建RAID，那么你把“RAID Enable”选项设置为[Disabled]，也就是关闭这项功能。反之，如果你需要组RAID模式，则需要设置成[Enabled]，以便打开项功能。另外Delay For HDD(Secs)选项中提供了0，1两种模式供大家选择。
完成硬盘的设置后，我们还要对系统的启动顺利进行一下简单的设置。按ESC键，退出硬盘设置项，选择Aduanced BIOS Features项进入基本的BIOS设置选项，在这一项中，我们可以看到First Boot Device、Second Boot Device、Third Boot Device三个设置项，每项中又包括Removable、Hard Disk、CDROM三个可选项，其中第一个为系统自动寻找可启动磁盘、第二、三项为硬盘启动和光驱启动。那么我们将First Boot Device设置为Hard Disk，系统便会默认将硬盘做为第一启动盘。
另外，在使用SATA硬盘时，如果你的机器中没有安装软驱，我们还要将软驱这一项给关闭。方法是首先选择Aduanced BIOS Features项进入基本的BIOS设置选项，选择BOOT UP Floppy Seek回车，选择[Disabled]即可。
SATA硬盘的分区
现在一般都是用Win98/Me启动程序启动后用FDISK、DM、PQ等工具来对硬盘进行分区的。那么只要在BIOS中设置正确并能在启动后识别出SATA硬盘，这时SATA硬盘的分区就和传统的并口硬盘的分区方法完全一样了。
如果你用的是Win2000/XP/2003等启动光盘来启动并分区的，如果你的SATA硬盘不能识别，那么需要在屏幕提示“Press F6 if you need to install a third party SCSI or RAID driver...”时按F6，用软驱加载驱动程序，当硬盘被正确识别后就和传统的并口硬盘分区方法完全一样了。
注：有些主板不附带驱动软盘(如华擎K7S8XE+，采用SiS748+SiS964芯片组)，并且其驱动程序并不能直接从光盘目录下拷贝到软驱，而是要用主板光碟启动时安装制作的，请仔细阅读主板说明手册。
操作系统的安装
1.Win98/Me
不论你使用的是什么芯片组，只要在BIOS中设置正确并让主板识别出S-ATA硬盘，那么就可以正常地安装使用了。(注：当然还得注意，Win98/Me等系统最大只能支持4个设备。)
2.Win2000/XP/2003等NT核心的系统
这里由于ICH5不需要加载RAID模块，所以直接安装就可(其实就是将S-ATA映射到P-ATA端口使用，自然就和并口硬盘一样了)。而ICH5R南桥控制器则分两种情况，一种是在BIOS中完全屏蔽了RAID模块，那么就和ICH5的情况一样了，直接安装即可；二是开启了RAID(BIOS中默认都是开启的)，则这时需要在启动时按F6用软驱加载驱动。对于VT8237理论上应与ICH5R一样，其大多数主板说明书上也指明只作为普通SATA硬盘使用时不需要加载驱动，但是实际上不论使不使用RAID功能都需要加载驱动。
注：目前除南桥自带的S-ATA控制器以外，其它的第三方S-ATA控制器基本都需要外加驱动，有些主板除了本身南桥支持S-ATA外，还板载Promise等第三方的S-ATA及RAID控制器，请注意区分。
操作系统下驱动的安装
当安装完操作系统，还需要进一步安装对应的驱动程序。
1.ICH5只需要加载Intel提供的INF驱动。
2.ICH5R除了INF驱动，还要加载IAA3.0或以上版本驱动。
3.VT8237需要安装VIA Hyperion 4-IN-1补丁。
如果你还使用有并行硬盘的话，最好慎用VIA独立发布的VIA IDE Miniport Driver驱动程序，很可能会使并行硬盘的突发传输速率下降，但对串行硬盘性能无太大影响。
注：如果你使用的是第三方SATA控制芯片和RAID模块，那么你还需要添加相应的驱动程序。
总结
通过上文可看出，S-ATA硬盘的使用关键在于正确设置BIOS中的识别方式，而由于各家主板厂商的BIOS菜单都不相同以及主板手册的语焉不详，才造成了S-ATA硬盘在使用中的种种问题。由于研发能力的不同，要想让主板厂商把这部分统一起来，现阶段是不现实的，所以笔者仅希望读者能够通过参考本文，根据自己的实际情况来举一反三地解决问题。