HiC-Pro: Hi-C数据预处理高效工具

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HiC-Pro是一个高效率的Hi-C数据预处理工具，能够应用于dilution Hi-C, in situ Hi-C, DNase Hi-C, Micro-C, capture-C, capture Hi-C 和 HiChip 这些数据。

HiC-Pro的工作流程如下, 简单的说就是先双端测序各自比对，然后进行合并，根据合并的结果筛选有效配对。之后有效配对用于构建contact maps.

安装方法

HiC-Pro依赖于如下的软件

• Bowtie2(>2.2.2), 用于序列比对
• Python2.7, 并安装 Pysam, bx-python, numpy, scipy
• R, RColorBrewer + ggplot2
• samtools > 1.1
• GNU sort, 支持 -V， 按照version进行排序

为了保证环境的干净，我用conda进行了一个环境进行安装

conda create -y -n hic-pro python=2.7 pysam bx-python numpy scipy samtools bowtie2
conda activate hic-pro

以2.11.1版本为例进行介绍，最新的版本在https://github.com/nservant/HiC-Pro/releases检查

wget https://github.com/nservant/HiC-Pro/archive/v2.11.1.tar.gz
tar -zxvf v2.11.1.tar.gz
cd HiC-Pro-2.11.1

因为我希望把HiC-Pro安装到~/opt/bisofot下，所以我需要修改当前目录下的config-install.txt中的PREFIX部分，

PREFIX =  /home/xzg/opt/bisofot

如果服务器支持任务投递，可以修改CLUSTER_SYS部分, 设置为TORQUE, SGE, SLURM 或 LSF，

我的miniconda的安装目录是~/miniconda3, 所以hic-pro环境的实际路径是~/miniconda3/envs/hic-pro

make configure
make install

安装结束之后，/home/xzg/opt/bisofot文件夹下就出现了HiC-Pro_2.11.1，之后的软件调用方式为

~/opt/biosfot/HiC-Pro_2.11.1/bin/HiC-Pro -h

如果没有出现Error 就说明安装成功了。

处理流程