无损压缩是在保证不损失源文件所有码率的前提下，将音频文件压缩的更小，也就是说这两种音频格式都能保证源文件码率的无损。但两种压缩格式毕竟为两种压缩算法，下面列举一下两种压缩格式的异同点：
相同点：
一、压缩比决定无损压缩文件所占存储空间
FLAC与AEP的压缩比基本相同，FLAC的压缩比为58.70%，而APE的压缩比则要更高一些，为55.50%，都能压缩到接近源文件一半大小。
二、编码速度考验用户的耐心，速度快者优
非常值得赞扬的是，FLAC与APE的编码速度都相差无几，这是因为两者的压缩技术是开源的，开发者可以借鉴两者在编码上的不同优势进行开发，不过目前编码速度最快的是WavPack和Shorten两种无损压缩格式，但这两种格式的非开源性限制了其普及。
三、平台的支持决定普及度
音频压缩不但需要硬件的支持，也需要的软件的支持，因此能够被更广泛的平台支持，也就意味着被更多用户使用。FLAC与APE在这方面做的都非常出色，能够兼容所有系统平台，现在无论您是Windows用户还是众多版本的Linux用户，哪怕您是Mac OS的忠实FANS，都无需担心无法使用FLAC或APE。
四、两者的开源特性，完全免费的技术
两者的开源特性，意味着任何组织或个人都可以免费使用这两种压缩技术，任何组织或个人都可以修改和发布基于这两种技术的新产品，这给众多MP3厂商降低成本提供了有力保障，且消费者也能够以相对低廉的价格购买到只有世界级MP3（例如：iPod支持ALAC）才支持的无损压缩音频、CD级的音质表现！
不同点：
一、自我纠错能力，谁更人性化
很多消费者都经历过MP3的爆音问题，然后归咎于MP3质量有问题，其实，很大一部分爆音是因为音频压缩过程中，编码的微小损坏，造成在解码时，处理出来的数据与音频不一致，导致爆音现象。无损格式压缩的不好也会导致编码损坏，而在处理这种问题时，FLAC的会以静音方式代替有损部分，而APE的处理则与常见的有损压缩格式处理的方式相同，以爆音方式代替有损部分。这一点FLAC设计的更人性化！
二、优化的编码结构，决定了解码的速度
由于编码方式的不同，将影响两种无损压缩格式的解码速度，通常FLAC的解码速度比APE快30%，这是因为，FLAC只需执行整数运算，而无需执行占用系统更高频率和更大数据处理量的浮点运算。基于这一点，一般硬件均可完美实现实时解码。
三、方便的资源获取，意味着能够得到更广泛的应用与支持
无论FLAC还是APE，在资源获取上，两者都能通过网络搜索轻松获得！
通过以上的对比，相信很多用户对FLAC和APE的认识更加深了一些，单从技术角度讲，FLAC要明显比APE优秀，原因在于，FLAC是第一个开源的且被世界公认的无损压缩格式，有来自世界各地的顶尖级开发高手对FLAC进行免费的开发与技术完善，同时，FLAC有广泛的硬件平台的支持，几乎所有采用便携式设计的高端解码芯片都能够支持FLAC格式的音乐，FLAC第三个优势在于：优秀的编码使得硬件在解码时只需采用简单的整数运算即可，这将大大降低所占用的硬件资源！不过两种公开的技术具有极强的互补性，任何一方都不可能全面超越另一方！
ape，flac哪个好？
要回答这个问题之前，咋们先来说说ape和flac是怎么来的。（你别跟我说你的ape和flac是用MP3转换过来的）要得到无损音乐，首先是把CD抓轨到电脑里，变成WAV。那么有人会问，抓轨变成WAV，相比原来的CD，音质会不会有损失呢？答案是：很有可能有损失，但是也可以做到完全没有任何损失。
说到底，CD就是一张记录一堆010101的塑料片，只要你能把010101都读对了，那你得到的WAV就和原来的CD音质一模一样。可惜的是，一般情况下，都会由于各种各样的原因，导致不能完全读对。（比如光驱的质量，CD碟片用久了读错几率变高等等）为了增加你读到的010101完全正确的几率，需要使用EAC等专业抓轨软件来抓轨，而不是用foobar直接转换甚至是用WMP之类的。（虽然用EAC也不能保证绝对正确，但是完全正确的几率已经非常高了）。
好了，假设你现在得到了一个完全没有读错的WAV。然后你通过格式的转换，就可以得到ape和flac。WAV是1411KBPS，而ape一般只有几百KBPS，有的人以为，文件小了这么多，里面肯定是损失了些什么了吧。好了，现在大家一起来看看，转换格式的时候到底发生了什么？为什么好好的一个WAV文件，转换成ape和flac会小了这么多？具体的情况相当的复杂，咋们用一个简单的例子来说明一下。格式转换实际上是编码的转换。
编码是什么？你可以理解成记录信息的方式。假设一个柜子，里面有5*5这么多个抽屉，里面放了A和B两样东西。
A B A B A
B A B A B
A B A B A
B A B A B
A B A B A
WAV就相当于是以这种列表的方式来记录A和B的排列。
而ape和flac呢，是怎么记录这个排列的？让我们来看看。设两个量N和M，以N来代表行数，以M来代表列数。N可以取15，M也可以取15。在这个范围内，当N+M为偶数的时候，抽屉里的是A，当N+M为奇数的时候，抽屉里是B。
记录的信息就变成了： N=15，M=15
当（N+M）/2取余数等于0时，抽屉（N，M）里的东西是A，不等于0时，抽屉（N，M）里的东西是B。
看起来好像是后面的方法更复杂嘛，那是因为抽屉只有5*5这么少。当抽屉变成500*500呢，500W*500W呢？用前面的方法记录是不是需要非常大的空间？ape和flac记录的方法是不是简单了很多呢？（记录的文件当然就变小了）但是大家来看看，它们记录的东西有没有变？有没有损失？答案是：没有的。当然，音频信息的记录比这个复杂多了，所以压缩比率只能做到一半左右，还是无数人想破脑袋才想出来的。
好了，现在大家知道了，ape和flac是两种比WAV更先进的音频记录方式，那到底哪一个好点？ape和flac的区别就是算法（用数学方法优化记录方式）不同，其实是差不多的两样东西。现在大家知道了，同一个WAV文件转换成ape和flac，里面都并没有损失掉什么，但是呢，flac有一个特点：消除爆音。或者说可以这样说：flac会用静音代替由于某些特定原因造成的爆音。（所以flac还是会有爆音的）还有个区别：ape压缩率比flac高一点，所以ape文件体积较小，但是对随身听来说，由于ape算法比flac复杂，所以要更加耗电。
总结：
1、很多人误以为无损的音质比不上CD，实际上，最烂的硬盘里面装的无损，也比天价转盘读原版CD要好。原因无它，转盘即使再好，也有读错的时候，但是硬盘是不可能读错的。关键是你要弄到一个完全没有抓轨出错的无损。
2、ape和WAV之间的相互转换并不会有任何的损失，同一个WAV转换出来的ape，可能存在不同的比特率，但是各个不同比特率的ape音质是一样的。Flac也是一样，别以为L10的flac声音会比L0的flac声音好，L10的flac只是体积更小，更耗电而已。
补充：
硬盘绝对不出错，就因为它有CRC校验，出错了就是硬盘坏了，而且会有相应的报错或很容易校验出来。一个没坏的硬盘，不管硬盘底层的结构是否有读错或屏蔽错误，最后返回到软件层的数据，必然是一字节也不差的，绝对不存在错了还无法发现的情况，否则你的系统早就崩溃了。而CD跟硬盘不一样，它没有校验，读对读错谁也不知道，所以才不可靠，这一点跟硬盘是有本质的不同的。
再谈APE和FLAC，这两种格式是由WAV压缩而产生，FLAC在运算上某些方面优于APE，这也是为什么国外喜欢选用这种格式，但总体上FLAC和APE没区别，在WAV格式压缩成APE和FLAC过程中会影响到音质这点不可否认，最简单和直观的就是频谱被破坏了，21KHz以上被认为人耳听不到的声音完全删除，从而在中档音响上音质听起来显得干涩偏硬，声场明显收缩，但在普通电脑设备和普通耳机上很难分辨出来，这主要是受设备影响，但事实的存在不能以低端的普通电脑设备做为判定的标准的器械而加于否认。
再一点，某些人不熟悉音频流在转换、压缩时的损耗，而是简单的认为把APE或FLAC还原成WAV在文件上没损耗，理论依据是RAR压缩原理，把APE或FLAC转换成WAV再把文件改成TXT后，再一个字节一个字节的去对照，然后如哥伦布发现新大陆一般宣布还原后的文件大小一模一样，我真的很佩服这些人的“求知”精神，接着再浪费一大把时间，在普通的电脑设备上听后得出的结论是“都一样”。不知道这些人是否认真查考过频谱的损耗？是否掩耳盗铃的认为21KHz以上的声音听不到就可以不需要？是否将来你在攒到自己的中档音响设备后，在如此这般的转换后自己听出问题后，你是否会为今日的错误结论而脸红？也许你还会坚持你的论点说为什么APE或FLAC还原成WAV后和原来未经过压缩的WAV文件一样？这要归功于CRC码的校验，在软件无法修复你的文件时，它就利用大量的静音来填充，彻底的山寨一把来完成你交给的不得不完成的任务，因为你家的电脑完全接受你的指挥。写到这里我真要吐血，我得诅咒那MZY7213以后买方便面时袋里没面块。
频谱的损坏在没有专用软件编辑下无法修复，而这软件具有专利权而无法成为免费的软件。频谱是记载声波文件的一种十六进制运算法的直观图谱，频谱的缺失已经彻底肯定了音频的耗损，所以盲目认为没有损耗的观念是错误的。
再接着继续讨论压缩问题，曾有人问过，WAV经过压缩后再解压是否有耗损，我个人感觉有点吹毛求疵了。WAV的精度已经限定在16Bit/44.1KHz，4位立体声的参数上，不管你家的CD是18 Bit、20 Bit、24 Bit或是SACD、XRCD，K2、HD，音频采样也不管你是44.1KHz直到192KHz，从双声道到多声道，通通纳入到16Bit/44.1KHz，4位立体声成为普通CD格式，那你还在追求什么好音质？在此时所有的18 Bit、20 Bit、24 Bit或是SACD、XRCD，K2、HD，或是音频采样44.1KHz直到192KHz全部瞬间成为标题党而不存在于WAV文件里，要想达到封面上的音质要求？那你掏银子买碟整设备去。
WAV是PCM运算法，RAR压缩软件开发是用于文档资料的加密管理，是两种完全不一样的运算方式，很不幸它们都能植入到WINDOS系统上，（我个人感觉是很万幸）所以才会给那么多人产生那么多不必要的问题。我想简单的问个问题，在压缩574M的WAV经过RAR压缩后成为356M体积明显缩小，损失了？APE，FLAC文件的压缩你发现了什么？压缩后的包要嘛等于或略小于原文件的体积大小，要嘛大于原文件的体积。那么多出来的是增强了？还是损失了？其实多出来的是压缩文件的导引头。上面提到WAV是运用“0”和“1”码来控制转换，那么已经是数码化了，只要你不利用专项工具破坏它的音频码，RAR压缩对其不产生破坏性。