使用SnpEff 对SNP结果进行分析

SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants on genes

详细的说明请阅读：

http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_manual.html

一， 安装：

首先在家目录下， 下载安装包

wget http://sourceforge.net/projects/snpeff/files/snpEff_latest_core.zip

然后进行解压

unzip snpEff_latest_core.zip

会产生一个snpEff目录 所有的程序都在这里面

二， 配置自己的基因组和注释文件

使用IWGSCv1.0参考基因组，命名为IWGSCv1.0.fa

基因组注释文件使用IWGSCv1.0释放的：

iwgsc_refseqv1.0_HighConf_2017Mar13.gff3

iwgsc_refseqv1.0_LowConf_2017Mar13.gff3

将上述两个文件合并成名为genes.gff 的文件。注意一定要是这个名字！！！

准备好上述文件之后

首先编辑配置文件，加入新基因组的entry。配置文件在snpEff目录下， 配置文件名为snpEff.config。用vi进行编辑（或其他文本编辑器） 加入如下两行：

#wheat genome, version IWGSCv1.0

IWGSCv1.0.genome : wheat

然后保存退出。

还是在snpEff文件下， 创建目录data

mkdir data

cd data

在data目录下，创建 IWGSCv1.0 和 genomes目录

mkdir IWGSCv1.0

mkdir genoems

将你的gff3注释文件放在IWGSCv1.0目录下

将你的参考序列文件放在genomes目录下。

完成后回到 snpEff 目录， 执行命令：

java -jar snpEff.jar build -gff3 -v Osativa_204

三， 开始统计执行：

先将vcf文件copy到data目录下

这里以我们常用的90K SNP芯片为例，已经转换成VCF格式。

#CHROM POS     ID        REF ALT    QUAL FILTER
chr1A   798845  BobWhite_c1859_469  T   C   1000    PASS
chr1A   1145448 BS00000713_51   A   G   1000    PASS
chr1A   1145499 BS00023176_51   C   T   1000    PASS
chr1A   1159689 IACX7339    A   G   1000    PASS

然后在snpEff目录下执行命令：

java -Xmx8g -jar snpEff.jar IWGSCv1.0 data/90k_snp.vcf > 90k_snp.eff.vcf

命令执行完后在snpEff目录下会产生三个文件

snpEff_genes.txt

snpEff_summary.html

90k_snp.eff.vcf

四，结果的说明:

snpEff_genes.txt 和snpEff_summary.html比较简单，打开就能明白。

每个SNP的信息都保存在90k_snp.eff.vcf里，打开之后可能有点蒙，参考下边的网址就好理解了。

http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_manual.html#input

这么多SNP还需要进一步筛选，以后有机会在介绍。

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