Ubuntu安装xgboost

实验室集群上需要安装xgboost，先把它连同submodule一起clone下来

git clone --recursive https://github.com/dmlc/xgboost

然后 cd xgboost，执行make，若想加快编译速度，对于多核CPU，可以make -j4，

编译后会在xgboost/lib目录生成libxgboost.a和.so文件

随后是安装python的模块，主要看这么两种方式：

cd python-package; sudo python setup.py install

这种方式是将python模块加载到系统路径上

另外一种方式是

export PYTHONPATH=~/xgboost/python-package

这样是将当前python包的路径加到PYTHONPATH中，系统以后能找到

对于开发者，推荐第二种方式，因为第一种方式当你改变了代码后，又得install一遍。这里我们也用的export的方式

然后

python -c "import xgboost as xgb"

提示说缺少scipy的模块，说明当前系统还没安装scipy

下面是安装scipy：

git clone git://github.com/scipy/scipy.git scipy

cd scipy, 执行

python setup.py install

提示说

ImportError: No module named Cython.Compiler.Main
Exception: Cython either isn't installed or it failed.
Traceback (most recent call last):
  File "setup.py", line 415, in 
    setup_package()
  File "setup.py", line 399, in setup_package
    generate_cython()
  File "setup.py", line 205, in generate_cython
    raise RuntimeError("Running cythonize failed!")
RuntimeError: Running cythonize failed!

即 要先安装Cpython

看网上的文档说，scipy依赖lapack, nose, atlas等包，安装一套流程下来确实比较繁琐，我不确定自己的集群上是否已经安装好了可以被scipy用的atlas，正在观望时，到scipy的官网上看了一下介绍，对于ubuntu&debian系统，可以用安装好一套scipy stack：

sudo apt-get install python-numpy python-scipy python-matplotlib ipython ipython-notebook python-pandas python-sympy python-nose

安装完成后，确实能用了。

这里看貌似也并没有安装atlas和lapack，不知道是不是系统自带了的缘故，并且apt-get install的方式不会出现安装numpy时找不到gfortran的错误，可以说是“一键”解决，这里mark下。