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GSEA-学习笔记

首先是下载软件，安装，并且还要有java环境。

需要准备的文件有：

样本分组文件：后缀是cls（这个很好写，把芯片信号数据的那个文件（后缀gct ）分成两类即可

基因集文件：这个有在线的基因功能集，就是每个基因名对应有啥功能的文件，后缀是gmt

芯片信号数据文件，后缀gct，每一列是一个样本，然后每一行对应一个基因

芯片文件：后缀是chip，就是每个基因简称与他们的全名，自己创建的话，需要与gmt那个文件对应


附件：

简单的入门手册http://software.broadinstitute.org/gsea/doc/desktop_tutorial.jsp

超详细的英文手册http://software.broadinstitute.org/gsea/doc/GSEAUserGuideFrame.html

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