multiSNV的安装

   multiSNV这个软件和mutect、varscan等一样，是用来calling SNV的，它的特色应该是针对来自同一病人不同部位的癌-正常配对样本，和其它软件一样，multiSNV也是利用bam文件，并且结果也是输出vcf格式。以前从来没有用过这个，所以也是处于慢慢摸索的状态，网上能查到的信息不多，应该也不算主流的软件。能找到的信息主要来自一篇文献：

https://academic.oup.com/nar/article/43/9/e61/1113203/multiSNV-a-probabilistic-approach-for-improving
然后在这篇文献里交代了这个软件的下载地址以及其它安装信息：
https://www.compbio.group.cam.ac.uk/software/multisnv
首先，multiSNV的使用依赖于R的"Rcpp","RInside","inline"这三个包，以及Boost这个软件，因此需要先安装好这些。R包的安装很简单：

install.packages(c("Rcpp","RInside","inline"))

而下载好Boost后，首先是解压：

tar -zxvf /public/home/tools/multiSNV/boost_1_65_1.tar.gz -C ./

解压完后会产生这些东西：

1.PNG

输入./bootstrap.sh -help可以得到一些参数信息，以及安装命令：

help.PNG

接下来就是安装，执行

 ./bootstrap.sh --prefix=/public/home/tools/BOOST

执行完这一步并没有完全安装，最后一步是执行：

./b2 install

这一步比较慢，要多等一段时间。安装好以后要先设置环境变量：

export BOOST_ROOT=/PATH/TO/boost
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:${BOOST_ROOT}/lib

multiSNV的压缩包是zip格式的，还是先解压：

 unzip joseph07-multisnv-ba74fb010a44.zip

然后找到install.sh，运行./install.sh，报错了。。。。。。

3.PNG

经过多方排查，由于该软件将安装bamtools，而bamtools的安装又要求系统里cmake的版本必须大于3.0，很遗憾我的是2.8，这个软件真的是很麻烦啊。。。。。。