结论
MyISAM 和 InnoDB的适用场景
MyISAM适合：(1)做很多count 的计算；(2)插入不频繁，查询非常频繁；(3)没有事务。
MyISAM适合OLAP场景
InnoDB适合：(1)可靠性要求比较高，或者要求事务；(2)表更新和查询都相当的频繁，并且表锁定的机会比较大的情况。
InnoDB适合OLTP场景
MyISAM 和 InnoDB的区别
1)MyISAM类型不支持事务处理等高级处理，而InnoDB类型支持
2)mysiam表不支持外键
3)在执行数据库写入的操作（insert,update,delete）的时候，mysiam表会锁表，而innodb表会锁行
4)当你的数据库有大量的写入、更新操作而查询比较少或者数据完整性要求比较高的时候就选择innodb表。
5)当你的数据库主要以查询为主，相比较而言更新和写入比较少，并且业务方面数据完整性要求不那么严格，就选择mysiam表。因为mysiam表的查询操作效率和速度都比innodb要快。
存储结构
MyISAM
每张表被存放在三个文件：
frm-表格定义
MYD(MYData)-数据文件
MYI(MYIndex)-索引文件
MyISAM是堆InnoDB
所有的表都保存在同一个数据文件中（也可能是多个文件，或者是独立的表空间文件），InnoDB表的大小只受限于操作系统文件的大小，一般为2GB
存储空间
MyISAM
可被压缩，存储空间较小InnoDB
需要更多的内存和存储，它会在主内存中建立其专用的缓冲池用于高速缓冲数据和索引
可移植性、备份及恢复
MyISAM
由于MyISAM的数据是以文件的形式存储，所以在跨平台的数据转移中会很方便。在备份和恢复时可单独针对某个表进行操作InnoDB
免费的方案可以是拷贝数据文件、备份 binlog，或者用 mysqldump，在数据量达到几十G的时候就相对痛苦了事务安全
MyISAM
不支持 每次查询具有原子性InnoDB
支持 具有事务(commit)、回滚(rollback)和崩溃修复能力(crash recovery capabilities)的事务安全(transaction-safe (ACID compliant))型表
AUTO_INCREMENT
MyISAM
MyISAM表可以和其他字段一起建立联合索引InnoDB
InnoDB中必须包含只有该字段的索引
SELECT
MyISAM更优
INSERT
InnoDB更优
UPDATE
InnoDB更优
DELETE
InnoDB更优 它不会重新建立表，而是一行一行的删除
COUNT without WHERE
MyISAM更优。因为MyISAM保存了表的具体行数
InnoDB没有保存表的具体行数，需要逐行扫描统计，就很慢了
COUNT with WHERE
一样
一样，InnoDB也会锁表
锁
只支持表锁
支持表锁、行锁 行锁大幅度提高了多用户并发操作的新能。但是InnoDB的行锁，只是在WHERE的主键是有效的，非主键的WHERE都会锁全表的
外键
不支持
支持
FULLTEXT全文索引
支持
不支持 可以通过使用Sphinx从InnoDB中获得全文索引，会慢一点
frm-表格定义
MYD(MYData)-数据文件
MYI(MYIndex)-索引文件
所有的表都保存在同一个数据文件中（也可能是多个文件，或者是独立的表空间文件），InnoDB表的大小只受限于操作系统文件的大小，一般为2GB 存储空间 MyISAM可被压缩，存储空间较小 InnoDB的表需要更多的内存和存储，它会在主内存中建立其专用的缓冲池用于高速缓冲数据和索引 可移植性、备份及恢复 由于MyISAM的数据是以文件的形式存储，所以在跨平台的数据转移中会很方便。在备份和恢复时可单独针对某个表进行操作 免费的方案可以是拷贝数据文件、备份 binlog，或者用 mysqldump，在数据量达到几十G的时候就相对痛苦了 事务安全 不支持 每次查询具有原子性 支持 具有事务(commit)、回滚(rollback)和崩溃修复能力(crash recovery capabilities)的事务安全(transaction-safe (ACID compliant))型表 AUTO_INCREMENT MyISAM表可以和其他字段一起建立联合索引 InnoDB中必须包含只有该字段的索引 SELECT MyISAM更优 INSERT InnoDB更优 UPDATE InnoDB更优 DELETE InnoDB更优 它不会重新建立表，而是一行一行的删除 COUNT without WHERE MyISAM更优。因为MyISAM保存了表的具体行数 InnoDB没有保存表的具体行数，需要逐行扫描统计，就很慢了 COUNT with WHERE 一样 一样，InnoDB也会锁表 锁 只支持表锁 支持表锁、行锁 行锁大幅度提高了多用户并发操作的新能。但是InnoDB的行锁，只是在WHERE的主键是有效的，非主键的WHERE都会锁全表的 外键 不支持 支持 FULLTEXT全文索引 支持 不支持 可以通过使用Sphinx从InnoDB中获得全文索引，会慢一点
总的来说，MyISAM和InnoDB各有优劣，各有各的使用环境。
但是InnoDB的设计目标是处理大容量数据库系统，它的CPU利用率是其它基于磁盘的关系数据库引擎所不能比的。
我觉得使用InnoDB可以应对更为复杂的情况，特别是对并发的处理要比MyISAM高效。同时结合memcache也可以缓存SELECT来减少SELECT查询，从而提高整体性能。
参考来源
- mysql中innodb和myisam的区别