首先说说他们的功能。
他们的功能都是实验交换机之间传输多个vlan信息的。
举个例子:

假如这个时候Sw1上销售部的一个名员工与Sw2上的销售部员工发了个消息hello.而同一时间Sw1上研发部的一个名员工与Sw2上的研发部员工也发了个消息hello. 交换机1和交换机2怎么区分哪句hello是销售部,哪句是研发部的呢?在中间链路上默认是不能支持传输多个vlan信息的.现在启用了Trunk或者ISL封装,就相当于打了个标记.比如 vlan10| hello  或者 vlan20 |hello 就可以区分了.802.1Q和ISL就是做这个操作.
下面说说他们的区别:

1.  ISL是Cisco的一个私有协议，与EIGRP一样，只有Cisco的设备才能够使用，与其他厂商不兼容。
802.1Q是工业标准。所有的厂商都能够使用，比如H 3C ，Cisco，Juniper，爱立信等。

2.  他们的封装方式不一样。802.1Q是在不破坏原数据帧的情况下在中间插入了区分Vlan的信息；而ISL相当于在外面再打了一层包.在原数据帧的头尾都加了东西。

3.  因为封装的形式不同，导致ISL与没有做ISL封装的普通数据帧无法识别，无法通信；而802.1Q没有破坏原数据帧结构，所以802.1Q可以与没有做Trunk封装的标准数据帧兼容，正常通信。

结论：802.1Q比ISL好用。所以尽可能的使用802.1Q封装。而且ISL的私有性也决定了它使用的会比标准少。