汇总纳税是我们整个所得税汇算清缴里面一个比较难的。平时大家对这个问题的疑惑也比较多，本人将对常见问题以问答的形式来进行解读。
一、汇总纳税和合并纳税是一回事儿吗？
汇总纳税跟合并纳税它是完全不同的两个概念。
合并纳税：它是不同法人之间的，通常是母子公司之间，它是不同的法人合并起来一起纳税。但是请注意，合并纳税现在无论是增值税还是所得税都已经取消了合并纳税这种方式。
汇总纳税：它指的是同一法人的内部，主要指的是总分公司之间。因为分公司是不具备法人资格的，那么我们把它汇总到一起纳税。企业所得税汇总纳税是应汇总纳税，不是你选不选择的问题，而是你必须要汇总纳税。而增值税总分公司之间要汇总纳税是需要批准的。
出现这种状况的原因是两个税的原理不一样。企业所得税它是法人税制，增值税不是法人税制，总分机构分别是不同纳税人。
相关法律法规：
1、企业所得税法第五十二条 ，除国务院另有规定外，企业之间不得合并缴纳企业所得税。
2、财税[2008]119号 关于试点企业集团缴纳企业所得税有关问题的通知，为确保《中华人民共和国企业所得税法》（以下简称新税法）的平稳实施，根据新税法第五十二条规定，经国务院批准，对2007年12月31日前经国务院批准或按国务院规定条件批准实行合并缴纳企业所得税的企业集团（具体名单见附件），在2008年度继续按原规定执行。从2009年1月1日起，上述企业集团一律停止执行合并缴纳企业所得税政策。
3、 《营业税改征增值税试点实施办法》（财税2016 36号）第七
条两个或者两个以上的纳税人，经财政部和国家税务总局批准可以视为一个纳税人合并纳税。具体办法由财政部和国家税务总局另行制定。
（财税2017 58号，2017年7月1日起废止）
4、企业所得税法第五十条第二款，居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。
5、中华人民共和国增值税暂行条例第二十二条，增值税纳税地点： 固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税；经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。
6、财税[2012]9号 财政部、国家税务总局关于固定业户总分支机构增值税汇总纳税有关政策的通知，固定业户的总分支机构不在同一县（市），但在同一省（区、市）范围内的，经省（区、市）财政厅（局）、国家税务局审批同意，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报缴纳增值税。省（区、市）财政厅（局）、国家税务局应将审批同意的结果，上报财政部、国家税务总局备案。
二、谁需要进行企业所得税汇总纳税？
居民企业：
1、总分机构都在境内（跨省）必须汇总纳税;
2、境外分支机构不参与汇总纳税;
3、企业所得税全额上缴中央国库不适用汇总纳税;（一是从2011年1月1日起，中石油、中石化下属不具有法人资格的二级分支机构，按照年度应纳所得税额50%的比例，就地预缴企业所得税。国税函[2011]211号;二是除中石油和中石化外，其他16类企业下属二级分支机构均应按照企业所得税的有关规定向当地主管税务机关报送企业所得税预缴申报表或其他相关资料，但其税款由总机构统一汇总计算后向总机构所在地主管税务机关缴纳。国税函2010 184号）
4、仅在同一地区内设立分支机构，省级财政税务机关确定是否汇总。
非居民企业：
1、有机构场所的，经批准可汇总纳税;
2、没有机构场所，源泉扣缴。
三、总分机构三因素计算的问题。
我们要搞懂什么是“汇总纳税”，就要厘清“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”这几个词语的含义。
《财政部 国家税务总局中国人民银行关于印发<跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理办法>的通知》（财预[2012]40号）对以上概念作了明确规定：
1、统一计算：是指居民企业应统一计算包括各个不具有法人资格营业机构在内的企业全部应纳税所得额、应纳税额。总机构和分支机构适用税率不一致的，应分别按适用税率计算应纳所得税额。这就是所谓的汇总纳税。
2、分级管理：是指居民企业总机构、分支机构，分别由所在地主管税务机关属地进行监督和管理。这就是税收属地管理原则。
3、就地预缴：是指居民企业总机构、分支机构，应按规定的比例分别就地按月或者按季向所在地主管税务机关申报、预缴企业所得税。这样做的目的是保障地方税源，维护属地利益。
4、汇总清算：是指在年度终了后，总分机构企业根据统一计算的年度应纳税所得额、应纳所得税额，抵减总机构、分支机构当年已就地分期预缴的企业所得税款后，多退少补。汇总清算是为了对各机构预缴的税款清算总账，各机构按照各自统一计算后实际分摊的税金与当年度各自预缴的税款进行对比，多退少补。
5、财政调库：是指财政部定期将缴入中央总金库的跨省市总分机构企业所得税待分配收入，按照核定的系数调整至地方国库。
总分机构分摊税款计算方法：
（1）总机构按以下公式计算分摊税款：
总机构分摊税款=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50％
（2）分支机构按以下公式计算分摊税款：
所有分支机构分摊税款总额=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50％
某分支机构分摊税款=所有分支机构分摊税款总额×该分支机构分摊比例
总机构应按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各分支机构分摊所得税款的比例；三级及以下分支机构，其营业收入、职工薪酬和资产总额统一计入二级分支机构；三因素的权重依次为0.35、0.35、0.30。
计算公式如下：
某分支机构分摊比例=（该分支机构营业收入／各分支机构营业收入之和）×0.35+（该分支机构职工薪酬／各分支机构职工薪酬之和）×0.35+（该分支机构资产总额／各分支机构资产总额之和）×0.30
四、分支机构的“独立核算”和“非独立核算”到底是怎么一回事？
分支机构涉税问题是否采用独立核算，真的和税务征管无关！
“独立核算”是指分支机构单独对其业务经营活动过程及其成果进行全面、系统的会计核算。单独设置会计机构并配备会计人员，并有完整的会计工作组织体系。
“非独立核算”是指分支机构没有完整的会计凭证和会计账簿体系，只记录部分经济业务所进行的会计核算，全面核算任务由总机构完成。
分支机构采用“独立核算”或者“非独立核算”，是企业内部管理的要求，不是税务机关的要求。
五、为什么实际工作中有很多普通的不具备法人资格的分支机构自行完成所得税汇算清缴工作而没有进行汇总纳税？
首先切记：独立纳税二级分支机构是不能享受小微所得税优惠。也就是要么汇总纳税，要么按照25%计算企业所得税。
《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）第二十四条规定：以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表，也无法提供本办法第二十三条规定相关证据证明其二级及以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税，不执行本办法的相关规定。
实际业务中，部分纳税人由于没有正确理解“独立核算”和“非独立核算”的概念，没有及时向税务机关提供相关的证明及所得税分配表，因此被视同为“独立纳税人”独立缴纳了企业所得税。由于地域税源之争的原因，分支机构所在地的税务机关往往不会主动予以提醒。这其实是纳税人的损失，毕竟，由总机构汇总缴纳企业所得税，企业可以做很多的筹划工作。