【CIBERSORT】超详细，从数据下载到数据分析（初学者笔记）

【CIBERSORT】超详细，从数据下载到数据分析全过程(初学者笔记)

免疫细胞浸润估计分析工具

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cibersort是目前引用次数最多的免疫细胞浸润估计分析工具，2015年首次发表于nature method。

【肿瘤免疫细胞浸润】

肿瘤免疫细胞浸润是指免疫细胞从血液中移向肿瘤组织，开始发挥它的作用，可以从肿瘤组织中分离出的浸润免疫细胞。

肿瘤中免疫细胞的浸润与临床结果密切相关，肿瘤中浸润的免疫细胞最有可能作为药物靶标来提高患者的生存率。

【数据处理】

step1：数据下载

示例数据：GSE11103（与官网示例中数据一致）

在GEO上下载series matrix file和GSE11103_RAW.tar

GEO数据库

查询平台信息，得知GSE11103使用的平台是GPL570

查询GSE11103平台

点进去之后拉到最下面点击download full table，下载平台信息

下载GPL570数据

step2：原始数据处理

查看GSE11103_series_matrix（来自Series Matrix File），手动挑选出Sample_title和Sample_geo_accession, 即样本的名字和对应的id，后续处理数据的列名需要用到。文件命名为GSE11103_series_process.txt。

注：在讲后续数据处理之前，我想先讲一下我文件的放置顺序。data里的数据就是之前下载的和自己手动处理的数据。program里的是会用到的程序和一些由于运行程序必须存在的文件

文件夹及内容文件

step3：提取表达值

#data_processing.R

用mas5方法对数据进行背景矫正,mas5方法处理的数据未经log转换。cibersort需要的数据正是未经log转换的。

生成文件列名为探针名

生成文件列名为基因名

【数据分析】

最近官网不知道什么原因，并不能上传数据，我在上看到一个作者写了一个R的脚本，把cibersort封装成一个R的函数，可以运行，和大家分享一下。作者的源代码就是program里的cibersort_ann.R。

[R]用R执行cibersort，根据组织的基因表达谱获取细胞的百分比 -

链接放在这里，源代码我就不放啦，大家自己去这个网页上copy吧～

program里的LM22也是这个作者提供哒～

接下来我就用这个函数运行一下生成的文件

在program工作路径下运行代码

这个函数只能成功运行行名为基因名的文件，行名为探针名的文件不能运行成功。但是官网上的示例文件的行名是探针名，由于官网目前并不能上传数据，所以我也不清楚到底可不可行。

以上是我对cibersort的初学笔记，仅供参考～