安装准备

  1. cmake2.8.8 or later

  2. C,C++

  3.gromacs包

http://www.gromacs.org/Downloads


安装步骤

  1. tar xfz gromacs.tar.gz

  2. cd gromacs

  3. mkdir build

  4. cmake ../

    -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/software/gromacs 指定安装目录

    -DGMX_BINARY_SUFFIX=_5.0.7_s  指定执行文件后缀 默认为gmx（串行单精度），gmx_mpi（并行单精度），gmx_mpi_d(并行双精度)

    -DGMX_LIBS_SUFFIX=_5.0.7_s       库文件后缀

    -DGMX_MPI=ON                             使用mpich编译器build

    -DGMX_OPENMP=ON                     使用openmpi编译器build

    -DGMX_SIMD=None                        specify the level of SIMD support of the node on
        which mdrun will run

    -DGMX_X11=ON                             

    -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF        关掉默认后缀

    -DCMAKE_CXX_COMPILER=icpc      指定C++编译器

    -DCMAKE_C_COMPILER=icc            指定C编译器

    -DBUILD_SHARED_LIBS=ON             构建共享库    

    -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON         -DGMX_BUILD_OWN_FFTW_MD5=2edab8c06b24feeb3b82bbb3ebf3e7b3 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW_URL=/backup/fftw-3.3.4.tar.gz -DGMX_GPU=OFF -DGMX_DOUBLE=ON     打开双精度默认单精度

    CUDA版需加参数

    -DGMX_GPU=ON -DGMX_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda


    2>&1 | tee cmake.log

  5. make && makeinstall


  gromacs4.6.7及之前版本执行文件有100多个，在gromacs5.0到5.0.7之间应该是想逐步对执行命令进行集成，所有的命令都作为gmx命令的软链接出现，在5.1版本之后就只有gmx一个命令了

  cpu版测试命令

 source /opt/software/gromacs-XXX/bin/GMXRC.bash   ###环境变量

  mpirun -np 4 gmx_XXX_s  mdrun -s md.tpr -ntomp 1

 cuda版测试命令待更新