基因结构注释软件PASA安装踩坑记录

PASA简介

PASA（Program to Assemble Spliced Alignments）是一个真核基因组注释工具，其能够利用转录本序列的剪接比对自动生成基因结构注释，并尽量保持与实验数据的一致性。PASA还能够识别几乎所有的可变剪接。其他详细介绍见PASA GitHub.

安装及参数说明

详细的安装过程和参数说明不再赘述，可参考如下教程：

• PASA的安装，配置与主程序使用参数
• 基因结构注释软件PASA安装全纪录

下面总结下我在安装和运行中的几个报错及解决方案。

报错1：无论如何都连不上MySQL数据库

在我试运行过程中，无论怎样都连不上MySQL数据库，提示被拒绝连接。经一番搜索后，是MySQL数据库存在空用户，而当用用户名和密码去连接时会默认先匹配空用户，所以一直拒绝连接。
解决方案：直接删掉空用户drop user ''@localhost;

报错2：Specified key was too long; max key length is 1000 bytes

解决方案：将./schema/cdna_alignment_mysqlschema中的

174   gene_id varchar(1000) default NULL,

改为

174   gene_id varchar(200) default NULL,

报错3：gmap比对过程中提示没有--intronlength参数

解决方案：一般是gmap版本较老，安装新版本gmap（2016-05版本及以上）。

参考：

• PASApipeline GitHub
• 基因结构注释软件PASA安装全纪录
• PASA的安装，配置与主程序使用参数
• PASA的使用