分享：李波波
在阿里云上租赁了一个服务器，安装了一个Linux版本的ASReml，用于数据的遗传评估工作。在服务上使用ASReml，需要两个软件：WinSCP用于上传下载数据到服务器；PUTTY用于跟服务器通信，输入相关指令。请按照如下方法使用ASReml：
一、所需文档的准备
1.1 系谱遗传评估文件准备。基于A矩阵即系谱开展遗传评估，需要提前准备的文件包括：模型文件（as格式）、表型数据文件（csv格式）、系谱文件（csv式）。
1.2 基因组选择文件准备。基于H矩阵即基因组选择，需要提前准备的文件包括：hinv.giv文件（构建的H矩阵的逆矩阵），表型数据文件（通常为csv格式），以及构建H矩阵得到的包含系谱个体编号的txt文件（ASReml中需要）。
1.3 格式转换为utf-8。csv文件用NotePad++（见刘俊宇关于H矩阵的构建）打开，查看右下角文件格式是否为“UTF-8”，如果是的话不用改，若不是点击上方目录中的“编码”，选择“转为UTF—8编码”，保存即可。
1.4 文件保存。在数据分析过程中会产生大量的文件，为了保证数据分析的可靠性，请务必使用以下文件夹层次保存文件：
PWS2010G01 #育种项目顶层文件夹
—–Data
——–—–Input #保存原始的系谱和数据文件
——–—–Output #保存R脚本清洗后的数据和系谱等文件
—–ASReml #保存as文件和ASReml生成的输出文件
—–R #保存清洗数据的R脚本文件
—–BLUPF90 #生成H矩阵的BLUPF90脚本
文件夹命名时避免使用汉字、括号、横杠等，最好使用字母或者数字。
如果使用ASReml分析数据，as文件中务必使用!OUTFOLDER限定符将不同Path的内容输出到单独文件夹中。关于R文件的编码格式，请参考这里。
具体数据格式和整理步骤，请参考栾生的blog
二、WinSCP
2.1 WinSCP简介
WinSCP是一个Windows环境下使用SSH的开源图形化SFTP客户端。简单来说就是WinSCP可以直接通过SSH链接你的linux服务器；然后进行文件的复制操作；并且可以直接编辑文件。
2.2下载地址：
https://winscp.net/eng/docs/lang:chs?#utm_source=winscp&utm_medium=app&utm_campaign=5.13.8
2.3安装教程
2.3.1启动下载安装WinSCP软件，进入下图界面，输入相应的主机名、用户名和密钥，点击登录。
2.3.2点击右上方的“新建”，“目录”，新建一个自己的文件夹。
2.3.3点击左上方的文件夹，点击“打开目录”，找到需要加载文件的位置，点击“添加”即可添加到先前新建的文件夹。
三、PuTTY
3.1 PuTTY简介
PuTTY是一个Telnet、SSH、rlogin、纯TCP以及串行接口连接软件。PuTTY为一开放源代码软件，主要由Simon Tatham维护，使用MIT licence授权。随着Linux在服务器端应用的普及，Linux系统管理越来越依赖于远程。在各种远程登录工具中，Putty是出色的工具之一。它是一个免费的、Windows x86平台下的Telnet、SSH和rlogin客户端，但是功能丝毫不逊色于商业的Telnet类工具。
3.2 PuTTY下载网址：
https://www.putty.org/
3.3 安装教程
3.3.1 双击打开PuTTY，点击左侧“session”，输入“主机地址”、“会话保存文件名”，点击“保存”。
3.3.2 点击左侧“Connection”，将左上方的“0”改为“10”，点击左侧“session”，点击“save”，之后点击下方“Open”，进入编辑页面。
3.3.3 进入下面这个界面，同时输入密码（不可见），回车即可登录。
3.3.4 输入命令“ls”回车，列出当前所在的目录。（Listing Files/SubFolders,ls）
3.3.5 输入命令“cd+空格+文件夹名”回车，用于更改当前目录，进入下一级目录。（Change Directory，cd）注：加载文件夹时可以输入文件夹第一个字母按“Tab键”进行加载.
3.3.6 直到输入命令“ls”回车，列出当前所在的目录为模型文件为止。
3.3.7 输入命令“asreml+空格+模型文件”回车即可运行对应的模型。
注：Putty基础教程（https://blog.csdn.net/Eastmount/article/details/52753135）
3.4 常用的Linux命令
参考这个链接Linux常用高频命令及putty远程登录 -- Linux。所有linux命令查询，点击这个链接。
四、文件编辑
有三种方式可以编辑服务器上的文件：
- 在本地编辑好文件，通过winscp上传到服务器端对应文件夹下；适合大文件（>1M）上传。
- 直接在WinSCP服务器窗口打开文件，使用内置编辑保存；适合小文件(<1M)修改。注意外部编辑器时，需要设定文本传输模式。这种方式适合编辑小文件，当文件很大时，如果网络不好，很难确定文件在服务器端是否修改成功。
- 使用服务器上使用nano或者vim编辑器直接编辑文件。nano非常简单，跟win下记事本的使用是相同的。nano空格后跟文件名就可以打开。vim使用非常复杂，但是功能强大，感兴趣的同学可以继续往下看。
4.1 vim简介
Vim是从 vi 发展出来的一个文本编辑器。代码补全、编译及错误跳转等方便编程的功能特别丰富，在程序员中被广泛使用，和Emacs并列成为类Unix系统用户最喜欢的文本编辑器。
vim的设计理念是命令的组合。用户学习了各种各样的文本间移动/跳转的命令和其他的普通模式的编辑命令，并且能够灵活组合使用的话，能够比那些没有模式的编辑器更加高效的进行文本编辑。同时VIM与很多快捷键设置和正则表达式类似,可以辅助记忆。并且vim针对程序员做了优化。
4.2 vim配置和使用
VIM配置和使用较为复杂，需要借助各种插件，才能够语法高亮。针对ASReml的关键字，写了一个语法高亮文件，具体配置过程见这里。实际在服务器上，已经配置好了，可以直接使用。vim编辑中用到的命令特别多，可以参考这个链接
vim中文速查表学习。
vim借助于各种插件，实现高效编辑。首先安装一个vim-plug插件（管理其他插件的插件），然后就可以非常方便的安装其他插件。vim-plug插件的安装方法，见这个链接。vim-plug安装后，~路径下建立.vimrc文件，写入如下代码，保存。退出vim后，重新进入，然后运行PlugInstall命令包。
syntax on
" Plugins will be downloaded under the specified directory.
call plug#begin('~/.vim/plugged')
" Declare the list of plugins.
Plug 'tpope/vim-sensible'
Plug 'junegunn/seoul256.vim'
Plug 'jalvesaq/Nvim-R'
Plug 'morhetz/gruvbox'
" List ends here. Plugins become visible to Vim after this call.
call plug#end()
colorscheme seoul256
set number
在阿里云服务器，已经安装了vim-plug、vim-sensible、Nvim-R（操控R）、seoul256（主题颜色）、gruvbox(主题颜色)等几个插件。