ggplot画标准误条形图加显著性标记（愚蠢）

一、准备工作，计算SEM，仅作为示例

df <- ToothGrowth（R语言数据集）

image.png

计算数据的标准误(aggregate函数)

mean<-aggregate(df$len,by=list(df$supp,df$dose),FUN=mean) #计算均值

sd<-aggregate(df$len,by=list(df$supp,df$dose),FUN=sd) #计算标准差

N<-aggregate(df$len,by=list(df$supp,df$dose),FUN=length) #计算个数

data<-data.frame(mean,sd=sd$x,N=N$x)#合并数据框

colnames(data)=c("supp","dose","len","sd","N")

data$se <- data$sd / sqrt(data$N) #计算标准误

查看统计数据：

image

注：画图前将dose列的类型更改为factor型

data$dose =as.factor(data$dose)

这是因为如果dose是数值型向量将会作为连续型数据进行处理,而因子型变量则会被作为离散型数据进行处理。

二、画图（以下数据与上面来源不同，但形式相同（懒得再来一次））

dd

dd$type=factor(dd$type,levels = rev(unique(dd$type)))
#规定显示顺序
ggplot(dd,aes(x=week,y=con,fill=type))+
geom_bar(position = position_dodge(),color="black",stat = "identity",width = .3)+
geom_errorbar(aes(ymin=con, ymax=con+se),width=.2,position = position_dodge(.3))+
+     scale_fill_manual(values=c("blue","red"))+
#自定义颜色
+     theme(legend.position="right",
+           axis.title.x =element_text(size=14),
+           axis.title.y=element_text(size=14),
#去掉图例的标题
+           panel.grid.major =element_blank(), panel.grid.minor = element_blank(),panel.background = element_blank(),
#以上是去掉网格和背景色
+           axis.line = element_line(colour = "black"),
+           axis.text = element_text(color = "black",size = 14))+
+     xlab("Weeks")+ylab("Plamsa glucose concentration (mmol/L)")+
+     scale_y_continuous(breaks = seq(0,13,1),limits=c(0,13),expand = c(0,0))+
#自定义坐标轴，expand=c(0,0)，使得y轴与x轴无缝衔接
#加数值geom_text(label=dd$con,colour = "black", vjust=-0.5)
+    geom_segment(aes(x=0.93, y=8.75, xend=0.93, yend=9.2))+geom_segment(aes(x=1.07, y=8.75, xend=1.07, yend=9.2))+geom_segment(aes(x=0.93, y=9.2, xend=1.07, yend=9.2))+annotate("text", x=1, y=9.3, label="***", size=5)+geom_segment(aes(x=1.92, y=11.2, xend=1.92, yend=11.65))+geom_segment(aes(x=2.08, y=11.2, xend=2.08, yend=11.65))+geom_segment(aes(x=1.92, y=11.65, xend=2.08, yend=11.65))+annotate("text", x=2.00, y=11.75, label="**", size=5)+geom_segment(aes(x=1.07, y=12, xend=1.07, yend=12.45))+geom_segment(aes(x=2.08, y=12, xend=2.08, yend=12.45))+geom_segment(aes(x=1.07, y=12.45, xend=2.08, yend=12.45))+annotate("text", x=1.55, y=12.52, label="**", size=5)
#显著性标记，这方法太蠢了……

image.png