生信从业人员的N个问题(间歇性更新...持续性断更)

ubuntu相关

1. chmod的用途，场景
2. scp的作用
3. 环境变量的用途？怎么添加？
4. ~/.bashrc是什么文件
5. 命令行下的~ . / \ |分别有什么含义，是什么的缩写
6. ubuntu的文件系统的由深到浅，简单讲一下。一般执行程序在哪，用户在哪。
7. 命令行下的文档编辑软件和文档阅读软件有哪些？简单讲一下怎么用？
8. 怎么统计一个文件的行数
9. 怎么后台一个程序，怎么后台一个运行中的程序。能否关闭命令行？
10. 怎么提升用户权限
11. 怎么安装R包
12. 怎么添加用户，useradd和adduser区别？
13. ln是什么
14. 如何在服务器上使用有图形界面的软件
15. 需要编译的软件的安装步骤是什么
16. 如果没有管理员权限，你怎么安装软件
17. R、python如何查看源代码
18. > >> 2>&1这三个分别是什么含义，有什么区别
19. stdout是什么，还有两个同类的是什么
20. 如何在无图形界面的服务器上看图片
21. ./script.py和. ~/.bashrc的第一个句号含义一样吗？
22. ubuntu的文件系统的构造大致是如何的，/、/home/、/usr/bin、/etc/分别都是放什么的
23. ubuntu文件系统中常出现的bin是什么，跟windows的bin一样吗
24. 如何给apt换源，源是什么。
25. apt与dpkg的关系是什么
26. 错误的给环境变量添加了一个目录，如何删除。
27. export PATH=/home/xx/miniconda/bin:$PATH，这句命令有没有错，可能会出什么问题
28. 如何安全地使用sftp与非服务器用户交流传输文件。
29. 安装软件中，make ; ./configure分别是什么意思
30. git和其它vcs（Version control system）的最大不同在哪

人类基因组学

1. sam bam是什么
2. 简单讲一下能够处理sam相关的工具
3. alignment是什么，assembly是什么，什么时候用什么
4. 简单说说二代测序原理
5. vcf bcf是什么
6. fastq和fasta的区别
7. quality是什么，有几种
8. ref 和alt的表现形式有多种吗？什么情况下有
9. 不同格式的文件如vcf和sam，位置信息能通用吗?为什么
10. 如何从一个sam里切出需要的区域，output为fasta
11. 请说出最常用的几个数据库（数据库又分为很多种）

16s微生物组

1. OTU是什么，为什么要分OTU
2. rarefaction curve是什么
3. subsampling 是啥
4. chimera 是啥
5. 对OTU table筛选的意义是啥，例如otu size < 2
6. 如果分析需要做物种分布，你手头上只有个otu table和代表序列，应该怎么做
7. biom跟otu table的区别
8. zotu或者说ESV是什么
9. 该领域研究中的常规分析包含哪些。
10. OTU picking有三种策略，有de novo,close-reference, open-reference，分别是什么含义。

python

1. 如何写一个批量脚本
2. 常用的包
3. 怎么罗列某目录的文件·
4. 如何在python里运行其他软件
5. 如何安装软件，如果pip中没有
6. 画图有什么包
7. 一个terminal中执行函数，出现bug但是查看函数的原代码没有错误，有什么可能性？
8. 如何在ide(ipython、pycharm)中使用或导入已有的python脚本
9. 字典的好处在哪，坏处
10. subsampling(重采样)怎么实现
11. 如何执行一段字符串
12. __name__ == '__main__' 是什么含义。
13. reload pandas 的意义在哪
14. list能否作为dict中的key，为什么
15. 格式化字符串的几种方法
16. 如何制作一个不用经常修改内部代码的可执行脚本，即如何接受外部变量并使用其作为脚本的变量来使用
17. 在python2.7，使用datas = [data for data in iterator]可能会出什么问题。

R

1. 直接从read.csv读入一个文件后，如何以某一列为遍历用的list，来进行循环。（提示：直接写循环是会报错的，需要类型转换，那么如何转换？转换成什么？）

python

1. import一个库，用的多了经常会出现些问题，那么从那里开始解决这些问题。

数学

1. 讲一下MDS、PCA、LDA是什么· ，目的是什么？
2. subsampling是什么
3. 简单说说HMM是什么，

数据分析