学习小组Day3笔记--温化玉

Linux环境下的软件安装

1. 压缩软件bzip2的检查与安装

安装程序yum install -y bzip2

2.软件管理器Miniconda的下载与安装

下载
cd biosoft
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安装
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
source ~/.bashrc
添加国内镜像没有镜像安装软件会报错
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

3.conda的使用

查看软件列表
conda list
搜索目标软件
conda search fastqc
安装软件
conda install fastqc -y
卸载软件
conda remove fastqc -y

4.conda 环境

1.查看当前conda环境
conda info --envs
2.建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

3. 激活新的conda环境
   source activate rna-seq
4. 卸载一个环境中的软件
   卸载某个软件
   conda remove -n rna-seq fastqc -y
   卸载这个环境
   conda remove -n rna-seq --all