小偷三人组（敦也、翔太和幸平）在偷袭了晴美社长家之后，无意中闯进了浪矢杂货店。三人原本打算在这个破败的屋子里等到天亮再出逃的时候，一件件不可思议的事情发生了——
杂货店的卷帘门外有一封信被投递进来，打开一看，居然是一个叫做“月兔”的陌生人写的烦恼咨询信。三人根据店内的旧杂志报道的内容得知：他们藏身的杂货店是一位叫浪矢雄治的老爷爷开的，因为一直坚持认真回答，后来就有人开始问一些正式的问题，于是形成一种规定-在晚上把来信投进卷闸门的投递口，第二天早上后门的牛奶箱就会有回信。
敦也打算无视，翔太和幸平却认为这是难得的机会，于是他俩认真思考后写出了回信。然而就在他们把回信放进牛奶箱的下一刻，“月兔”的回信马上又从卷闸门投递口处进来了。按理来说，一个人从看完一封信再到写好一封回信至少也需要半小时，敦也以为有人在捉弄他们。经过对与“月兔”的往返信件做分析后，得出了一个结论：这件杂货店连接着过去和未来，卷闸门一打开就是现在，门一关上就变成33年前。从收到了“月兔”的感谢信里看出，门内的时间流逝速度远远慢于门外世界，因为在敦也出去便利店买东西的15分钟左右的时间里，现实世界已经过去了大半年。
就在敦也打算打开后门让时间正常流逝时，又一封信被投进来了。这是一个署名为“鱼店音乐人”（实名：松冈克郎）的人寄来的，咨询的是关于该继续坚持音乐梦想还是回家继承鱼店的烦恼。
克郎为了专注音乐创作，在大学时中途退学，奋斗了三年却依然一无所获，在回老家参加奶奶的葬礼时，看到父亲身体大不如从前，亲戚也投来不理解的眼光，他对自己的梦想产生了怀疑，于是写信给杂货店，结果被三人组小偷收到，三人经历过经济大萧条时期，知道谋生的艰难，于是回信大骂克郎，让他看清现实。克郎收到信后深受打击却又不甘心就此放弃，于是再次写信要求与回信人见面，在投递信封的时候，克郎禁不住拿出口琴吹了一首曲子。神奇的事情发生了-门内的三人可以清晰地听到门外身处于现实世界的克郎吹出的音乐，并马上了知道这首曲子是经过天才歌手水原芹演唱而为世人所知。于是他们一改先前的教训口吻，给克朗写去了回信。
水原芹，从小被父母虐待，和弟弟水原辰一起在“丸光园”长大，克郎受邀每年圣诞节都去那里唱歌，陪孩子们过节，水原芹有着极其敏感的音乐细胞，听过一次的歌曲马上就能哼唱出来。1988年的圣诞节，丸光园发生火灾，克郎为了救出水原芹的弟弟不幸身亡，临死的时他的脑海中浮现的是当年杂货店的三人组给他的回信：
你对音乐的执着追求，绝不是白白付出。
我相信，将会有人因为你的歌而得到救赎。你创作的音乐也必将流传下去。
若要问我为何能如此断言，我也很难回答，但这的确实是事实。
请你始终坚信这一点，坚信到生命的最后一刻。
说到老爷爷的烦恼咨询，刚开始只是小孩子们开开玩笑，凑凑热闹，有次一晚上收到来自同一个字迹的三十多封咨询信，很明显是恶意骚扰，儿子贵之觉得如果父亲连这个都要回答未免有点傻，但雄治却说到：
“不管是骚扰还是恶作剧，写这些信给浪矢杂货店的人，和普通的咨询者在本质上是一样的。他们都是内心破了个洞，重要的东西正从那个破洞流失····人的心声是绝对不能无视的。”
浪矢贵之，浪矢雄治的儿子，工作和家庭都在东京，父亲雄治曾经因为母亲因病突然离世一度意志消沉，虽然有心想把父亲带到东京一起生活，但父亲并未答应，又看到父亲因为烦恼咨询好像找到了人生价值，便也不好多说什么。有次回老家看望父亲的时候，雄治正为如何写回信而烦恼，他便知道了来信的内容：
一个署名“边川绿”的女人未婚先孕，对方又是有妇之夫，不可能承担责任，可因为身体原因，这很可能是唯一一次做母亲的机会，尽管已经做好了吃尽苦头的心理准备，但还是写了这封到底该不该生下孩子的咨询信。
一年之后，有报道写到一个叫做“绿河”的女子坠河身亡，一岁的孩子获救。雄治猜测这个绿河就是曾经向他写过咨询信的边川，于是对自己的烦恼咨询一事心生怀疑，不知道自己认真思考后给出的回答对那些人产生了怎样的影响，是帮助了他们？还是让他们陷入不幸的境地？于是雄治关了杂货店，搬去东京与儿子贵之一起生活。三个月后，雄治被诊断为肝癌晚期，在住院期间提出要回老家一趟。贵之把父亲送到杂货店门口之后，雄治要求一个人进去待一晚。并交给他一封遗书，部分内容如下：
当我的三十三周年忌日快要到来时，请你通过某种方式，将以下内容告知世人——某月某日（也就是我的去世日期）凌晨零时零分到黎明这段时间，浪矢杂货店的咨询窗口将会复活。为此，想请教过去曾向杂货店咨询并得到回信的各位：当时的那封信，对您的人生有何影响？可曾帮上您的忙？希望各位直言相告。如同当时那样，来信请投到店铺卷帘门上的投信口。务必拜托了。
贵之在店外等了一夜，天亮之后，他进去找雄治，一眼看到桌上摆着一排漂亮的信封，且信件上的字几乎都是用某种设备打印出来的，内容差不多都是感谢的话。
其中有一个署名“绿河的女儿”写的信，写她从小在一个叫“丸光园”的孤儿院里长大，中学时查看报纸知道了自己的身世后想要自杀，因为觉得自己原本就不该被生下来，唯一的母亲还带着她跳河，让她怀疑自己存在的意义。后来孤儿院安排水原芹来开导她，她才知道了事情的始末：母亲当时是借朋友的车送她去医院，很可能是在开车途中贫血昏迷来不及踩刹车，因为她去世时体重只有三十公斤，而婴儿当时的体重超过十公斤，警察在租住的地方找到的唯一的食物就是奶粉···原来母亲在用生命爱着自己。由此也看到了当年杂货店写给母亲的回信——
最重要的是能不能让即将出世的孩子幸福。即使父母双全，孩子也未见得就能幸福。如果你没有做好心理准备，愿意为了孩子的幸福忍耐任何事情，即使你有丈夫，我也会建议你最好不要生。
院方之所以安排水原芹来安慰她，是因为她的弟弟曾经差点因为火灾丧生，虽然最后得救了，但救她弟弟的那个音乐人却过世了，所以她比任何人都懂得生命的可贵。如今她们已经是很好的朋友以及合作伙伴，水原芹成为知名歌手，而她是水原芹的经纪人。
看到这里，贵之不禁动容，夸赞起父亲，然而雄治却说：
“从我读到的内容来看，我的回答之所以发挥了作用，原因不是别的，是因为他们自己很努力。如果自己不想积极认真地生活，不管得到什么样的回答都没有用。”
最后，当父子二人准备离开的时候，卷闸门处传来一丝轻微的动静。贵之把信拿过来递给父亲，打开一看，信纸上一片空白。贵之觉得可能又是恶作剧，但雄治依然决定写回信。
2012年9月，浪矢俊吾（杂货店主的曾孙）看着手边的纸，打开电脑，写下了爷爷（浪矢雄治之子—浪矢贵之）去世前交代他的事情。
浩介在网上看到浪矢杂货铺复活的消息后，于2012年9月12日晚来到小镇，看时间还早，就找了一家酒吧消磨时间顺便写信。意外的是这居然是一家披头士主题的音乐酒吧，表哥上高中的时候迷恋过他们，还收集了他们的很多唱片。后来表哥意外去世，他把那些唱片都要了过来，也喜欢上了这个乐队，还购置了最好的音响设备，当时他家生活优渥，父亲是公司社长，带金表，开豪车，母亲做着全职太太，看上去比同龄人年轻十多岁。
但从某个时期起，他开始感受到微妙的变化，后来终于演变成父亲公司债台高筑，父母决定带着他半夜出逃，并让他收拾行李，精简装备。身为中学生的浩介知道父母的做法不对，但是却又无能为力的时候，他抱着一丝希望给杂货店写了一封咨询信，署名“保罗·列侬”。收到的建议是先了解和家人的关系再决定。当时正值披头士解散时期，歌迷们对此都大惑不解，这时又出了一部电影，据说看完电影，就会理解他们解散的原因。于是浩介在家人计划出逃的当天去了东京，然而电影和他期待的完全是两回事，他觉得被背叛了，曾经让他无比珍视的某种东西崩塌了。
在回家的路上，他做了一个决定——卖掉所有的唱片和音响设备，有个朋友一直很想要那些东西。晚上父亲回来后，知道他的唱片只买了一万日元的时候，对他发了一顿脾气。
简单吃过晚饭，三人带着行李上路了，也许是为了稳妥，父亲没有告诉他目的地。中途经过一个服务站时，父子俩去上洗手间，如厕后，父亲告诉他因为已经有买唱片的一万日元，暂时不会再给他零用钱了。浩介心生厌烦，他盯着父亲的背影，心里的某根弦啪地断了，那一刻，他只想离他越远越好，于是拼命往相反的方向跑去，最后上了一辆货车后备箱。
一觉醒来已经到了东京，当时并不知道该往哪里去，看到广告牌上大阪正在举行世博会，于是决定去看看。买票的时候被便衣警察带到审讯室，但他始终不肯说出自己的名字和住所，警察也查不到任何寻人的消息，因为父母既然决定逃走，肯定会更改姓名，更不可能去报警。于是他辗转来到“丸光园”，沉默寡言的他几乎交不到朋友，后来迷上了雕刻，在院长的介绍下，跟随专业的雕刻师潜心学习，成为职业雕刻师。
1988年，他在报纸上看到丸光园失火的消息，于是决定回去看看，在那里他见到了一个人，原本已经记不起对方名字的他，在看到那人拿出一只雕刻的木质小狗玩具的时候才有了印象，对方递给他一张名片-小狗事务所社长武藤晴美。
十八年没有回过这个小镇了，他想去看看那个杂货店。尽管房子老旧许多，外观却保持完好。来到店铺前，怀念和悲伤在心头萦绕。在店铺后门处，他碰到一个五十多岁的男人，两人聊天后才知道这是老爷爷的儿子贵之，还知道有人写过感谢信，其中包括一个署名叫“保罗·列侬”的人，在问到收信时间的时候，贵之没有多说便匆匆离开了。
回到酒吧看着手上写好的信，再回想起之前与老爷爷儿子的对话，不由得感叹世上竟有如此巧合的事，居然有人咨询过跟他一样的烦恼。这时候妈妈桑换了一张唱片，并找他搭话聊天， 听着熟悉的音乐，两人不由得聊起了披头士，聊起了这些唱片的来源，才知道这些正是当年他卖给朋友的那些，妈妈桑竟然是朋友的妹妹，并从她那里得知了当年父母出逃后的结局：父母为了保全他，双双跳海自杀，未免警察怀疑追查，还留下遗书说是一家三口走投无路才做此选择。
一瞬间后悔和自责的情绪涌上心头，视线落到手边的信上，再看看自己写的信，通篇都是自鸣得意的话，没有任何价值，也感受不到对帮助过自己的人的敬意。当初如果不是瞧不起父母为自己的牺牲，天知道他会变成什么样。
于是他撕掉了这封信，虽然公告上说“希望各位直言相告”但并不代表必须写出事实，思索片刻之后，他重新写下一封信。转身去了杂货店，在门口，他碰到一个身穿套装的女人，车里的纸箱放满了某个女歌手的专辑。再次回到酒吧，发现屏幕上正在播放当年的那部电影，好像和记忆中有些不一样了，当初觉得这部电影很糟糕，大概是源于自己的心境。当时的他已经不相信真情了。
敦也、翔太和幸平就这样在杂货店里等到了凌晨四点，觉得鱼店音乐人不会再回信了，于是决定把后门打开，因为不打开的话，时间就不会流逝。这时候翔太通过手机在网上搜索到老爷爷的后人发布的那条杂货店复活的消息，继而发现他们当时所处的时间地点和发布的信息是一致的，距离咨询窗口关闭还有两小时，幸平再次把后门拉了下来。
就在敦也和两人争执的时候，他们下次收到了新的咨询信。署名“迷途的小狗”（真名：武藤晴美）的烦恼是不知道该在小职员和陪酒小姐中选择哪一个作为谋生的手段，三人原以为这是一个为了贪图享乐而出卖青春赚快钱的虚荣女人，通过往来的信件，他们得知晴美也是一个孤儿，小时候在丸光园生活过，后来被亲戚抚养，现在亲戚年事已高，且生活窘迫，她是为了报答亲戚的养育之恩不得已才去做陪酒工作，并打算在将来经济独立以后自己开店。三人在详细了解了晴美的想法和计划之后，为了避免让她上当受骗，决定告诉她另外一条生财之道——因为三人原本生活在33年后的世界，对经济的发展趋势有一定了解，再通过网络查询，想要告诉生活在33年前的晴美合适的生财之道确实不难，最后他们写了了那封（也是最后一封）自信满满的回信，并说明了此后将不再接受咨询的消息。
晴美对回信的内容是大感诧异的，刚开始也怀着将信将疑的态度，但在老家碰到了儿时的玩伴静子（署名：月兔），静子告诉了晴美向杂货店咨询烦恼的事情，并得到了很好的建议，这时候晴美又得知了杂货店老爷爷去世的时间，她认定店主拥有惊人的预知能力，于是她决定按照杂货店的预言去实行。
八年后，晴美已经是一家咨询公司的社长，且在房地产、高尔夫会员证方面收益颇丰。一天，她从报纸上偶然看到丸光园失火的消息，还有人员伤亡，于是赶紧采购大批物资送过去，在和院长接触的过程中，才知道这所孤儿院是他的姐姐皆月创建，为了给那些因为战争失去家人的孩子们一个家，她本人终生未婚。
院长还告诉晴美一个关于姐姐年轻时候的事：曾经和一个机械工恋爱，因双方家境悬殊，遭到女方父母的强烈反对，两人觉得私奔但最终消息败露以失败告终，三年后，她收到一个叫做浪矢雄治的来信，内容主要是表达自己的歉意和感谢。晴美还在见到了同在丸光园生活过的浩介，虽然直到她拿出曾经他送给她的木雕小狗，对方才记起她来。
又是三年过去了，虽然日本陷入经济泡沫之中，但晴美因为那封预言信，事业并未受到影响。这时候她听到丸光园经营危机的传闻，经过调查后得知孤儿院的主导权转移到一个作风有问题的人手上，她觉得不能放任不管。此时又在智能手机上无意看到了那条公告，正好当时需要去孤儿院商谈转让事宜，结束后打算顺道去杂货店看看。在写好感谢后时间已是九月十二日九点多，她打算先回亲戚家放东西（亲戚已经去世，房子由她收购做了别居），当晚要住在那里。
一进门她就感觉不太对劲，空气中有一丝陌生的味道，等惊觉过来时，她已经被三个小偷控制住了，三人并无杀人的打算，只是将她绑在房间，抢走了她身上的现金和一些值钱的东西，也包括装有那封信的包，随后跑去了那个杂货店。
终于等到黎明时分了，准备出发之际，对于这一晚发生的事情，敦也仍旧觉得不可思议，临走之前，他打算做个试验——走到前门的卷闸门前，他将一张空白的信纸从投递口了进去，再从后门进到店内，却并没有看到那张本应该掉进来的信纸。
最后他们担心起了那个“迷途的小狗”，不知道她有没有听从他们的建议呢，毕竟还是同在一个孤儿院生活过的同伴。想到这一点时，他们突然发现好像所有事情都跟丸光园扯上了关系，当时三人都因为各种原因被迫辞职或失去住处，走投无路之时，他们听说了丸光园正面临危机，即将被一个叫做武藤晴美的女社长收购并把要它改造成酒店的消息，虽然他们都不喜欢那个新来的院长，但丸光园毕竟是他们三人从小生活的地方，最后他们决定去这个叫做武藤晴美的社长的家捞一笔，没想到在那个久未住人的公寓，他们遇上了回家放东西的晴美。而现在他们之所以躲在这间杂货店里，也是因为幸平只是跟踪那个女社长发现的。突然，他们看到了那个抢走的提包，敦也打开提包，发现了一个信封。
怎么会这样？他们拼命说服的那个迷途少女，告诉她未来的种种，也就是刚刚发生的事情，看来她已经顺利成功了。可是32年后，他们却袭击了她的家……
三人呆住了，然而却似乎又在情理之中。沉思半刻，他们收拾好东西，走出后门。敦也朝那个牛奶箱望去，顿时百感交集。他决定最后一次打开那个箱子——一封信赫然出现在他的面前：
致无名氏朋友：
我开动快要糊涂的脑筋想了又想，最后的理解为，这代表没有地图。如果把来找我咨询的人比喻成迷途的羔羊，通常他们手上都有地图，却没有去看，或是不知道自己目前的位置。但我相信你不属于这两种情况。你的地图是一张白纸，所以即使想决定目的地，也不知道路在哪里。地图是一张白纸，这当然很伤脑筋。任何人都会不知所措。可是换个角度来看，正因为是一张白纸，才可以随心所欲地描绘地图。一切全在你自己。对你来说，一切都是自由的，在你面前是无限的可能。这可是很棒的事啊。我衷心祈祷你可以相信自己，无悔地燃烧自己的人生。
我以后应该不会再回答烦恼咨询了。感谢你在最后问了一个很有价值的难题。
浪矢杂货店
敦也从信纸上抬起头，正对上其他两人的视线。他们的眼镜里都闪着光芒。自己眼里也一定是这样，他想。