自清文宗咸丰元年至清穆宗同治三年，即1851年至1864年，洪秀全领导的太平天国运动席卷长江以南的大半个中国。清朝廷称太平军为“发逆”、“发匪”，民间称之为“长毛反”。太平军白承恩部（1833-1862，平阳腾蛟人，小名“白老三”，在太平军中因功封“通天福”，号称“通天王”）曾侵扰荆溪，烧杀劫掠，各村乡兵纷纷抵御，百姓逃难。
《瓯渠吴氏宗谱·玉生吴公传》载，咸丰八年（1858），吴通焕奉温州城守营千总孔继成之命，招募百余精兵组建民团，驻扎在今石染乡郭坑坳头，以防守西路太平军侵入：
咸丰八年，江右发逆扰踞台、处，而吾瓯绣壤相错，朝发夕至，官民甚恐。公之义兄系城守营千总孔继成，素知公之韬略胆识，遂申禀大宪，谕公带勇防守西路，驻扎郭坑坳头隘要之所。谕至，公慨然任之，就地择选精丁百余名，遵谕立局兵器药弹，向筹防局领给，自夏于春，日夜严防，艰苦不辞，利害不计。间获奸细贼七人，送县斩首，赏给银牌。闻公忠勇，不敢犯境，经年余贼退，境内安然，全师而返。
同治元年（1862）四月，白承恩部进入西溪，从韩埠、桥下街，一路深入山根、下徐、前村、龙头、坦头垟、上湖，直到瓯渠、陈岙，以及外坑、下庄、黄山等山村，所到之处杀烧劫掠，无所不为。光绪五年《荆川上湖潘氏重建大宗祠记》载：“壬戌之春，发匪进境，屋舍尽为灰烬，祠宇俱遭祝融。”
四月初一，白承恩部抵桥下街。瓯渠吴通镛、吴通焕兄弟率万余乡勇到桥下街，与白承恩部哨兵相遇。吴通镛欲夺其马，放过前面数骑，待最后一骑经过，伸手将哨兵揪下马，自己翻身上马，打马往瓯渠方向。前面过去的骑兵发现后，策马来追，并一面吹号。马听号音，欲调头往回跑。吴通镛则打马向前，正在人马相持时，骑兵赶近，射发火枪将吴通镛打伤，跌入三塘潭淹死。吴通焕急起直追，追十余里始回。
四月下旬，太平军驻扎下徐、前村、坦头垟一带，前村李氏宗谱《廷才公传》记载，李廷才奉陈邑尊之命组建民团抵抗，其两座刚刚兴建的新屋被焚为焦土：戊午（1858年），粤匪入处郡，吾瓯戒严。公奉扎督办民团，为防剿计。庚申（1860）岁，构造新居，辛亥（1861）冬落成。壬戌（1862）春，粤匪寇吾温，公复奉陈邑尊命，立民团以防守西溪。然寇势狂甚，所至残破焚掠，两新居遂成焦土。
据龙头村民传说，当太平军临近龙头村时，村中擂起祠堂鼓。村民闻声逃往后山牛头寨岭，未及逃脱的老弱妇幼通通被杀，据说一座老屋门台上挂满血淋淋的头颅。太平军还纵火烧毁民房，全村只剩下一座木屋。如今该屋尚存，只是破败不堪，四周石墙爬满藤蔓，道坦上荒草萋萋。
四月二十三日，太平军进入坦头垟，邹氏族人奋起抵抗，死40余人，伤20余人，全村村民逃难到三听岩、嘴角垴，全村大部分房屋和二座宗祠被烧毁，仅存两座民房、一座小宗。《邹兆鸾先生行略》记录了邑庠生邹兆鸾五岁时太平军进村杀掠、母子逃难的情景：先生名兆鸾，字声锵，盖公之次嗣也。兄名兆植，长先生十六岁。母氏生先生后，年方五龄，值洪杨之乱。时清同治元年壬戌四月廿三日，匪兵至，村人与战，不胜。匪追入村，将居舍烧尽，小宗二亦被毁，仅存两屋、一小宗。村中老幼被伤者二十余人，弊命者四十余人，可谓惨矣！母氏挈先生兄弟逃难他方，过下庄一宿，遇平川又一宿，始至底岙地方，幸遇善人，哀先生母子，收留给养，方免危险。匪退归家，路逢楼坑漈，不能前，胞兄兆植肩荷之下，辄得无恙，亦云苦矣！
这一天，太平军由坦头垟扬威直驱上湖，上湖潘旗玉、瓯渠吴通焕等率领的民团在东里嘉山下一带大战，才使得上湖妇女逃脱。《上湖潘旂玉公行状》记载了潘旂玉率领乡团抵御太平军、被捕逃归的情景：同治元年，粤贼自处青窜扰我邑，公率乡团数百人御之于隘道。贼至，环攻之。公辟易叱咤，斩其前列数人，往前冲突，既而大伙麋来，从公者不继，遂被执，献之贼酋，酋奇其状，欲协降之，公大骂不屈。贼乃墨其面，软困，不责以重役，令常近己，随大肆焚掠，挟之而西。公陷八十余日，常被罗守，不得脱。一夕，队息一村，众贼守公者咸鼻睡，公方含眸坐，瞥见西园翁（潘西园系潘旂玉之父，邑武生，其时已逝，此处指父灵显现。）在前，谓之曰：“母迈儿雏，望汝如岁，曷不归？”公泣言：“贼令严，安敢遽行？”翁曰：“毋恐，吾携汝。”公随起，握刀决帐道而出，登一楼，巡檐数跃，登傍屋，方及地，贼果无觉者。乃乘黑越榛，狂奔数十里，闻鸡唱而天曙矣，四顾乱贼已远，惶恐始定，乃沿途乞贷，走宣平，下括苍，半月方抵菰之林福。福人多公瓜葛，见之喜，舆送归，及家母妹相见，恍如梦寝。既而述故，群相环泣不啼，边大绶之，言虎口余生也。时公居已焚，器用什物百无一存，且岁饥米谷实鲜收，乃暂编茅以居。闻贼已远逸，不日肃清，即色然喜。念己被虏之后几罗不测，则潜然出涕；又思先人构造之艰，一时化为焦土，则又哀不自胜。……自贼窜村闾也，虏掠焚燹，不分玉石，公以孤特之身当凶暴之刃，闻者无不为之危卒之日，近鹬冠而未尝伤身，离虎窟而未尝觉。昔与公同时虏者多遭手毒，独公途越千里竟得生还，岂非天哉！
吴宅吴大同先生说，前些年有村民在东里整理宅基地时，挖出了一堆凌乱的人体尸骨，怀疑就是当年太平军过境时留下的埋人坑。
四月二十四日，太平军行至瓯渠水口，瓯渠乡兵又与之在坐岩垟展开战斗。《玉生吴公传》记录了瓯渠乡兵与太平军在桥下街、上湖嘉山下及瓯渠坐岩垟三次战役的情景：同治元年，逆匪数扰溪山，公（指吴通焕）俱领先倡众，振作民心，无一毫畏惧之态。始于四月初一日，会议民万余到桥下街攻攻匪，匪败，追十余里始回。继于四月廿三日，公率协力多人到东里，匪由坦头垟扬威直上，公扎假山下大战一阵，俾上湖妇女始脱。次日，匪进水口，队扎溪山坳。公仅同乡人数十，由大路出去，恰遇匪之先行七八人，由溪湾而进至坐岩垟。公追贼奔众吓一声，幸左右山头各有人抵住。斯时石块抛天，炮响震地，贼恐受计，即通如蝼蚁一般。意当此烽敌在前，而转危为安。人谓公之力居多，公曰：“非人力也，乃社稷之灵所呵护者也。”厥后温郡荡平秦镇军，酬赏军功六品衔。
当太平军的马队进驻瓯渠村口时，吴和寿、吴通焕率瓯渠民团为吴通镛报仇，吴炳桂、吴承球、吴承微等作为前驱，到溪山坳坐岩垟冲击马队，血战数次，击溃太平军。吴和寿封五品蓝鸽、吴通焕、吴炳桂得赏军功六品顶戴，年仅18岁的吴承球被保举为蓝翎军功。《磬亭吴翁先生行状》记载了吴承球：同治壬戌春，发逆扰境，时君年才十八，即执义旗，为封翁前驱。逐贼后，得保举蓝翎军功，兼精骑射。
六龙村的李邦远也因抵御太平军有功，被保举为六品顶戴。《独山前村李氏宗谱·邦远公赞》载：同治壬戌春，发匪扰境，各地皆立民团防守。时公（指李邦远）年华正茂，即简壮丁为精兵，一战成功，可谓英雄有用武之地矣。吾乡及邻地乡绅共为禀报上司，保举军功六品顶戴。
据湖庄李氏宗谱《洪秀全起义退伍过境记》（见第八章遗文）一文载，此次太平军进入西溪流域，东到瓯渠水口、西到陈岙村而退。五月三十日，又从菰溪桥头经黄山岭下山，进入湖庄村，一宿而退。
从荆溪流域有关宗谱可见，太平军过境时境况惨烈。即便是深处六里山头的霞庄村和菰溪宋坑这样的小山村，也未能逃过一劫。
当时荆溪人除了在本地抵御太平军外，据《独山前村李氏宗谱·邦兴公行传》还记载了李邦兴到广东镇平、嘉应等地截剿太平军，收复州城，荣获五品蓝翎顶戴。
同治壬戌春，寇窜吾瓯，声惊越海，民心摇似悬旌，公领命带勇从。公一鼓而贼寒心，再鼓而巨匪遁，四境升平，皆赖君扶翼之功，兼蒙其福耳。明年癸亥春，匪入广东镇平、嘉应等地，君复投入闽军往勇直前截剿，克复城州，君功何如哉！同治五年十月十五日，蒙闽浙部堂左专差奏，奉旨钦加五品，赏戴蓝翎，尽先即补守府，光耀门闾，君之名又何如哉！
太平军所到之处，房屋几被烧光，很多人流离失所。《独山前村李氏宗谱·训和先生小传》记载，太平军进六龙村时，李训和家的房屋也被付之一炬，这时他才12岁。李训和五岁丧父，10岁亡兄，这时生母詹氏、二姊、三姊又相继病故，一家人只剩下嫡母唐氏、大嫂潘氏和幼小的他，只得投靠已经出嫁的大姊家，十七岁才回本村：同治壬戌，粤匪扰境，庐舍焚毁，时詹氏见背，长姊已嫁，次、三两姊又病故，家惟钟龙嫡母及孀嫂潘氏耳。姊为潘文轩翁冢媳，训和遭难，投其家，居五载，文轩公为之延师课读，一切家务均付寡嫂经纪。同治癸亥，文轩翁为之鸠工庀材，重构七楹，半载告成。……先世以农事起家，广有田园，阡陌毗连，虽遭乱，屋舍一空，然收合余灰，重整新规，内赖嫂氏之经营，外籍亲戚属之辅翼，故不数年岁，宏规大启，更胜往昔。
一些能人则迁居到温州郡城，经商创业。如前村《独山前村李氏宗谱·松庭公小传》载：
同治壬戌，粤匪猝投，庐舍尽成焦土。叔祖（指李松庭）携眷至瓯城卜宅于县后之地，以贩布贸丝为业。既歌五緎，又咏五紽。翁性朴实宽和，交道接礼，虽三尺而不欺。故近悦远来，生意兴隆，财源大进。越数年，生齿日繁，复购置宅第于高盈而迁移焉。由是大启尔宇，广置田园，寝昌寝炽，纳粟奏名，职居九品，声蜚上国，誉著郡城。
更有金溪人移居浙江西北一带。当时浙江十一府，九府沦陷，浙西北的严州几乎没有居民，而温、衢二府因蒋益沣、左宗棠、秦如虎、张起肖等官兵的围剿，太平军全军覆没。这样一来，温州地区因土地逼仄，而出现向严州等地移民现象。光绪二十六年（1902）二十八都菰溪吴坑国学生倪鲤庭撰写的《重修季氏宗谱序》记载了当时茶川村民季昌苑、季长林、季长理等携家迁徙严州一带的情况：茶川季氏，望族也，家肥而户饶，地窄而丁蜂，但山高田少，种作殊艰，谋迁异地者数家。正当粤西发逆反，浙省被陷者九府，惟温、衢得以保全。衢则藩宪蒋益沣、抚宪左宗棠大兵由江西而来，顺流而东，直到省垣，贼皆剪灭；温则有军门秦如虎、观察平阳人名张起肖者会兵于永、瑞之郊，温、处之贼全军而覆没。然严州等府，黎民靡有孑遗矣！旋有昌苑、长林、长理等携家迁严州之西，遂治田庐焉。