【生信训练营-5】利用fastqcr做批量QC分析

FastQC是最常用的评估高通量测序数据质量的软件，相信做NGS数据分析的小伙伴们都应该很熟悉它的用法。
FastQC下载地址：
http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

fastqc.png

FastQC界面：

fastqc_software.png

本文的目的并不是介绍QC的方法和意义，也不是教大家怎么使用FastQC软件，因为这些都是NGS新人的必修课，相关的资源很多。我要给大家介绍的是一个很有用的R包：fastqcr （ http://www.sthda.com/english/rpkgs/fastqcr/ ）

fastqcr.png

既然FastQC已经足够简单易用，为什么还要用R来处理QC呢？这里需要强调的是：fastqcr并不是取代FastQC，而是对FastQC产生的report进行处理。

设想一个情景，你手中有100个sample需要做QC分析，当FastQC程序跑完以后，面对这100个html文件，如何用最简单的方法迅速找出质量有问题的sample呢？最笨的办法就是一个一个点开看，估计没一会就晕了。稍微高级点的办法就是写一个脚本，但是需要从QC report中提取的信息很多，这样的脚本写起来也挺麻烦。

fastqcr的作用就是将FastQC的report整合成一个table（qc_aggregate），并提供相关参数的统计数据（summary, qc_stats），而且提供了许多函数来快速查找问题sample（qc_problems），连dplyr都不需要用了，实在是贴心又周到。此外，fastqcr还可以把整合后的数据生成一个完整的report，只要打开一个文件就可以看到所有sample的信息，非常人性化。

fastqcr_report.png

fastqcr的文档写的非常清楚，很快就能上手，赶紧去试试吧！

qrcode.jpg