Aspera的安装与使用 ---配合prefetch下载SRA数据

更新：使用方式：个人直接使用一下命令进行下载    #还有个改进方式是 制定文件下载的位置，否则默认在~/ncbi  文件夹里面

prefetch --ascp-path "/home/HWP/.aspera/connect/bin/ascp|/home/HWP/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh" --option-file SRR_Acc_List2.txt

注意： 另一个ascp的密钥文件(有时putty可能不能使用，这时可选用asperaweb_id_dsa.openssh)

有时候上面的会失败，有大佬说用下面这个没问题，还没使用过：

ascp -v -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T [email protected]:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR590/SRR5907429/SRR5907429.sra ./ 国内家庭电信宽带 没问题

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https://www.jianshu.com/p/9915fce02b10

如果按SRR下载文件的话，可见ftp构成：

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR+登陆号前三位数字（550）+/SRR+完整登陆号（554360）

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https://www.jianshu.com/p/fdbd4c13fa29

这个写的也可以

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通过aspera高速下载 SRA,EBI等数据库的数据

见网页这个作者的博客 http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/171 ， 亲测可用，按照要求安装即可，prefect自动调用 aspera来下载数据，非常方便。