HLAforest:使用RNA-seq数据进行HLA分型

欢迎关注"生信修炼手册"

HLAforest是一款针对RNA_seq数据进行HLA分型的软件,github地址如下

https://github.com/FNaveed786/hlaforest

安装过程如下

git clone https://github.com/FNaveed786/hlaforest

当我们把源代码下载到本地之后,还需要修改以下几个配置文件中的内容

1. 修改config.sh

主要是修改HLAFOREST_HOMENUM_THREADS这两个选项,示例如下

#!/bin/bash
# User modifiable variables
HLAFOREST_HOME=/soft/hlaforest/
NUM_THREADS=10 # the number of threads bowtie should use

HLAFOREST_HOME指定软件的安装目录,NUM_THREADS指定bowtie比对的线程数。

2. 修改 CallSimulation.sh

调整CONFIG_PATH的设置

CONFIG_PATH=/soft/hlaforest/scripts/config.sh

3. 修改 CallHaplotypesPE.sh

调整CONFIG_PATH的设置

CONFIG_PATH=/soft/hlaforest/scripts/config.sh

4. 添加PATH环境变量

在环境变量的配置文件中,将scripts目录添加到PATH变量中,方便程序调用,写法如下

export PATH=/soft/hlaforest/scripts:$PATH

上述参数都调整好之后,软件就可以运行了。需要注意的是该软件依赖bioperl和bowtie,由于我的系统是已经装过了的,所以这里没给出这两个软件的安装过程。

软件自带测试数据集,用法如下

CallHaplotypesPE.sh test2/ test2/gm12878_short_1.fastq test2/gm12878_short_2.fastq

只需要指定双端测序的原始文件就可以了,默认分型结果保存在haplotypes.txt中,该文件内容示意如下

ROOT:A ROOT:A:11 ROOT:A:11:01 ROOT:A:11:01:04
ROOT:A ROOT:A:01 ROOT:A:01:01 ROOT:A:01:01:01 ROOT:A:01:01:01:01
ROOT:B ROOT:B:55 ROOT:B:55:01 ROOT:B:55:01:01
ROOT:B ROOT:B:08 ROOT:B:08:01 ROOT:B:08:01:01

在上述文件中,HLA-A基因的分型结果为A:11:01:04A:01:01:01:01

更多参数和用法请参考软件的帮助文档。

扫描关注微信号,更多精彩内容等着你!

HLAforest:使用RNA-seq数据进行HLA分型_第1张图片

你可能感兴趣的:(HLAforest:使用RNA-seq数据进行HLA分型)