Circos 软件的安装详解

circos 是一款perl 语言开发的画图软件，提供了染色体相关数据的一种可视化方式。其制作的图表精美，被科研工作者广泛使用。

官网如下：

http://circos.ca/

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首先看下安装过程，官网上提供了3种压缩包

1. 软件源代码压缩包
2. 使用手册的压缩包

3. 相关工具的压缩包

   
   
   

   image

软件源代码是我们安装过程中需要用到的，使用手册是官网提供的为了帮助我们学习使用circos而开发的包，相关工具是一些circos的脚手架，也可以称为扩展工具。

在下图中，circos-0.69.6.tgz就是源代码的安装包，circos-tutotials-9.67.tgz就是使用手册的安装包, circos-tools-0.22.tgz就是相关工具的压缩包。

http://circos.ca/software/download/

image.png

安装时,我们只需要使用源代码的安装包就可以了。由于是使用perl 语言开发的，所以不需要编译。只需要下载解压缩即可，具体过程如下：

wget http://circos.ca/distribution/circos-0.69-6.tgz
tar xzf circos-0.69-6.tgz
cd circos-0.69

官网的教程包安装

官网教程链接： http://circos.ca/documentation/tutorials/

wget http://circos.ca/distribution/circos-tools-0.22.tgz
wget http://circos.ca/distribution/circos-tutorials-0.67.tgz
> tar cvfz circos-tutorials-0.61
> cd circos-tutorials-0.61
Data for tutorials is in data/ and the tutorial configuration in
tutorials/. Data and configuration are kept separate - many
tutorials use the same data.
> cd tutorials/
> cd 2/2
Run each tutorial from the tutorial directory.
> circos -conf circos.conf
> cd ../3
> circos -conf circos.conf
Circos will guess the location if circos.conf. If the file is in your
current directory, or in etc/, you don't need to use the -conf flag.
> circos
To create images of all lessons for a tutorial
> cd tutorials
> cd 2
> ../makeimages

No1. HELLO WORLD
cd /home/shenmy/Exercises/17
建立配置文件circos.conf
http://circos.ca/documentation/tutorials/quick_start/hello_world/
运行
circos -conf /home/shenmy/Exercises/17/circos.conf
得到结果图：

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还是例子1，我在windows上安装了circos学习配置文件，绘制图像。上图1和2有一些差别，是因为我把spacing参数调大了一倍（0.005r->0.05r）。图3在特定的位置开了一个口是因为加了pairwise标签参数，使hsY和hs1之间的spacing间隔变大。

spacing = 20r

解压缩之后就可以了。安装好之后，可以用自带的例子测试一下

cd circos-0.69/example/
../bin/circos -conf etc/circos.conf

如果看到呼呼的代码往下跑，恭喜你，说明你的程序安装的很成功，你就可以开启美丽的绘图大门了。

image.png

运行成功之后，会在当前目录生成circos.png和circos.svg两张图片

circos.png

如果上述图片正常生成了，说明circos安装成功，可以使用了。

这很简单，我相信你已经完成了。那么接下来就要进入最难得部分了。因为circos是基于perl脚本的程序，想要正确的使用和绘图，需要安装好per以及对应的模块。很多都需要自己手动安装，整个过程非常复杂，而且感觉晕头转向，因此，这里为大家推荐一个非常好用的Windows下的perl软件——Strawberry Perl，它可以自动安装模块，非常的方便。

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下载地址：http://strawberryperl.com/

perl 我的安装命令：conda install perl

根据不同的操作系统，选择32位或64位。（点击“我的电脑”→右键单击属性，可以查看自己的操作系统的位数）下载安装完成以后，你要先检查一下是否已经安装完成，在Windows下，点击键盘win+r，输入cmd进入doc界面，然后输入

perl –v,检查版本信息。如图所示，这样就没有什么问题，可以开始进行文件的配制了。

image.png

使用Strawberry Perl进行文件配制非常简单，打开perl的命令行以后，只要输入cpan +模块，就可以自动下载安装模块了，是不是很方便呢？

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为了更加方便大家模块的下载，在这里，我将需要用到的模块直接列出来，方便大家直接安装：

Carp Clone Config::General Cwd Data::Dumper Digest::MD5 File::Basename File::Spec::Functions File::Temp FindBin Font::TTF::Font GD GD::Image Getopt::Long IO::File List::MoreUtils List::Util Math::Round Math::Trig Math::VecStat Memoize Params::Validate Pod::Usage POSIX Readonly Regexp::Common Statistics::Basic Storable Sys::Hostname Text::Balanced Text::Format Time::HiRes

安装完这些模块，你的circos基本上就可以开始工作了，如果运行中提示缺少某个模块，可以用这个方法安装。

如果没有正常生成，说明缺少一些模块。下面命令可以查看依赖的perl 模块是否都安装成功了，缺少哪个模块，安装哪个模块就可以了。

circos -modules
ok 1.38 Carp
ok 0.39 Clone
ok 2.63 Config::General
ok 3.3 Cwd

我的安装命令： cpan Bio::

circos的运行可以参照下面的 circos基本使用参数：

-version
查询circos版本
-modules
检测perl模块
-conf
输入主配置文件
-outputdir
设置输出文件的路径
-outputfile
设置输出文件名，该参数的值以.png为后缀
-svg
生成svg结果文件
-nosvg
不生成svg结果文件

circos的命令非常简单，只需要提供一个配置文件circos.conf就行了，程序会根据配置文件，自动读取数据和相关配置，然后生成图片。学习circos的过程，实际上就是理解conf配置文件中，每项配置的含义和作用。

用于测试的这个配置文件是用于炫技的，充分展示了circcos 的强大，但是并不适用于circos的学习。在官网还很贴心的提供了circos-tutotials-9.67.tgz包，这个包中提供了大量的配置文件的示例，由浅入深将circos的所有功能进行展示，在学习的过程中，直接看这个包里的内容就可以了。

官网还提供了一个更加详尽的教程，网址如下

http://circos.ca/tutorials/lessons

如果上面的内容看不懂怎么办呢？那也不用怕；

总之，反正 circos的安装也可以只需要一个命令，那就是通过conda 安装了（linux），命令如下：

image.png

感谢庐州月光的分享，感谢生信人大家庭；
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