学习小组Day3笔记--涛哥

linux环境下装程序和脚本

安装

1. 下载程序 wget 链接地址（鼠标右键点击putty粘贴已经复制的东西，左键选中后点击选中的区域复制选中的区域）
2. bzip2的安装 yum -install -y bzip2
3. miniconda 的安装。这其实是个脚本，不需要安装直接运行的软件。
   bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
   这个。sh就是wget下载的文件
   一路yes和enter就OK了
4. 

   Snipaste_2018-08-22_19-05-22.png
   
   记得激活。虽然激活了。但是没有什么提示反应。应该是只要执行了就没反应，如果错了就会报错吧。linux的逻辑也真是让人不明觉厉啊曹丹
5. 查看当前所有软件列表 conda list
6. 搜索软件 conda search fastqc 如果想安装其他什么软件是不是就search相应的东西呢？嘿嘿。我有一个大胆的想法
7. 安装软件 conda install fastqc -y
8. 卸载软件 conda remove fastqc -y

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建立环境

1. conda info --envs 前面带*的就是现在的这个环境

   
   
   

   image.png
2. 建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）这个地方的几个命令是什么意思呢？不明白也没查到。就查到了python、fastqc、trimmomatic分别是三个软件。什么关系呢？

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

3. source activate rna-seq 激活环境，*的位置换到了那个虚拟环境

   
   
   

   image.png
4. 删除环境 conda remove -n rna-seq fastqc -y