1️⃣序列获取(3):蛋白质序列获取

序列比对和序列特征分析总目录

1 NCBI Protein database

1️⃣序列获取(3):蛋白质序列获取_第1张图片

related information可以查看非常详细的各种相关信息

2 EXProt :database for EXPerimentally verified Protein functions

ps,写到这里,安利一个航母网址https://www.expasy.org/

3 第一推荐:UniProtKB:不能再详细

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Swiss-Prot

数据来源

  • 核酸数据库翻译推导
  • 蛋白质数据库PIR挑选
  • 科学文献摘录
  • 研究人员直接提交的蛋白序列

特点

  • 每一条序列包括核心数据和注释两类,其中
    核心数据包括序列,参考文献,分类信息等
    注释数据包括功能描述,翻译后修饰,结构域和功能位点,四级结构,相关疾病,PPI等
  • 融合多个数据库,降低冗余
  • 与其它数据库交叉引用

UniprotKB主要包括两部分:

  • UniprotKB/Swiss-Prot:包含检查过的,手工注释的条目

-###UniprotKB/TrEMBL:包含未校验的,自动注释的。由计算机分析获得,未人工审核。

4 PIR

The Protein Information Resource (PIR) is an integrated public bioinformatics resource to support genomic, proteomic and systems biology research and scientific studies (Wu et al., 2003).

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PIR

5 MIPS比较全面的一个网站 参考文章

ps:内嵌

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