R语言实战-1入门简介

今晚开始正式学习R语言实战

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1.R语言简介

1.1为何使用R

问问自己为何学习R？
为了用文章里画图，为了能生动的展示结果。
但是R显然不仅仅是这些。
期待自己系统学习后能有其他的理解。

1.2R安装

本人安装了Rstudio,使用界面交互性好，操作方便。
可查看Rstudio的网上学习资源[https://www.rstudio.com/online-learning/ ]

Rstudio.png

1.3.2获取帮助

help.start()#打开帮助文档首页
help("foo")#查看函数foo的帮助，此处的引号可以省略
help.search("foo")#以foo为关键词搜索本地帮助文档
example("foo")#函数foo的使用实例

1.3.4输入和输出

输入

source("filename")#可执行当前会话中的一个脚本

文本输出

sink("filename")#将输出重定向到filename中，若文件存在，会覆盖。
sink("filename",append = TRUE)#讲输出文本追加到文件后，而不是覆盖。
sindk("filename",split=TRUE)#将输出同时发送屏幕和输出文件中。

图片输出

pdf("filename.pdf")
png("filename.png")

1.4包

安装

install.packages("gclus")#第一次安装“gclus”包，注意：此处需要加引号！！！！
update.packages("gclus")#更新R包，注意：此处需要加引号！！！！
installed.packages()#查看已安装的包的版本号，依赖关系等

载入

包的安装是指从某个景象中下载并将其放入库中的过程。
library("gclus")#每次使用R包时都需要载入。

使用

help(package="ggplot2")#查看这个R包的简短说明记忆包中的函数名和数据集名称

1.5批量处理

以下为批量处理脚本内容的事例

#!/public/software/R-3.3.1/bin/Rscript
Args<-commandArgs()
require(ggplot2)
library("ggplot2")
file<-read.table(Args[6])
pdf(file=name,height=10, width=8);

/public/software/R-3.3.1/bin/Rscript snp_winsize.r $a 这个是批量处理的脚本

help("Rscript")#可查看帮助批量处理的文档