QIIME2-Moving Pictures 和数据导出

qiime2获得帮助的方式

1. qiime --help

2. 官方support网页

3. 官方技术支持网页

4. 质控过程中DADA2需要大量内存，出现error code -9 可能是内存不够；选择Deblur可以减小内存需求。

数据导出

如果没有设qiime2为开机自动启动，需要激活工作环境。

# 激活工作环境
source activate qiime2-...
# 建立工作目录,-p参数是能直接创建一个不存在的目录下的子目录
mkdir -p qiime2-exporting-tutorial
cd qiime2-exporting-tutorial

Exporting a feature table

qiime tools export \
  --input-path feature-table.qza \
  --output-path exported-feature-table

导出的biom文件位于exported-feature-table文件夹中，名为feature-table.biom，可用biom程序对文件进行格式转换和后续分析。

Exporting a phylogenetic tree

qiime tools export \
  --input-path unrooted-tree.qza \
  --output-path exported-tree

导出文件为exported-tree/tree.nwk，是标准树newick文件。

导出与提取

导出结果只包含数据file。但提取结果包括所有的metadata信息文件，如feature表、生成此文件的相关软件版本信息、还有生成此文件所有步骤的文件说明。

mkdir extracted-feature-table
qiime tools extract \
  --input-path feature-table.qza \
  --output-path extracted-feature-table