学习小组Day4笔记-刘娜

大神Hadley Wickham2009a.JPG

1.R in Action

知识的诅咒啊，自学R不过才三月不到，今日份任务从Linux到R，就像是猝不及防的从高处俯冲而下，不是说两者高低，而是说R对我而言真是太友好了，当然还是不能放弃同样伟大的Linux，于是又拿出那本编程大全，耐着性子，看了shell命令和环境变量，阅读理解能力实在受限，准备抽时间看视频了，干读实在不下饭。遂开始复习R吧。:smile:

R主要用于数据分析和可视化，刚入门时，因为要改英文用户名，结果不小心改了系统环境变量，自己又瞎折腾导致本本瘫痪，跑去电脑城重装系统，有了第一次经验，第二次就自己傻大胆的重装系统，还好本本坚挺，我想说的就是事情想清楚了，明白什么意义之后再去做，包括安装程序step by step,或是运行学习大神代码。smile

想提2个自己的坑：
1.Rstudio-Tools-Global Options-General下的默认工作路径不要乱改，每次处理不同task可以建立不同的文件夹，具体方式getwd(),setwd()
但是默认最好不改。

R1

2.很多都可以改，镜像可以改，代码风格可以改，比如我选择了养眼的chrome，options里面的前3个可以根据自己的喜好谨慎修改，毕竟很多打勾勾的不行可以重新选。

R2

参考书籍：


其他参考按照Day1提到的搜索方法真的很多，还有大家都会提到的生信，R大佬，书里面也有很多R资源，基本都可以满足需求哟。

2.高级绘图ggplot2

R中有4种图形系统：
1.base-Ross Ihaka;
2.grid-Paul Murrell2011;
3.lattice-Deepayan Sarkar2008;
4.ggplot2-Hadly Wickham2009.
此外，还有ggpur更适合科研作图哟。

R cookbook，chapter 6

ggpur非常好用

3.请豆豆花花收作业啦

DEGs

KEGG pathway

这是最初按照大神jimmy教程画出来的多发硬化MS的差异基因和通路富集分析啦。