sif格式

sif格式:这种简单的格式可以很方便地用于从相互作用列表构建网络。利用这种格式,还能很方便的把小网络组合在一起,或是在现有的数据中添加新的相互作用。但这种格式的缺点也是显而易见的,其中不包含布局信息,这使得cytoscape不得不在每次加载网络时都重新计算网络的布局。sif文件中的每行都由起点、相互作用类型(或边的类型)和一个或若干个重点构成。

文本编辑器编辑如下:第一行两个节点typeA型关系,第二行第一行是两个节点,轮软轤轥輱和轮软轤轥輲,以及两点间的轴轹轰轥轁型的相互关系。第二行加入了三个新节点,还设定了三条起点相同且类型也相同的相互作用。第三行说明了如何引入孤立的节点。节点的自相互作用是允许的:node1 xx node1

node1 typeA node2

node2 typeB node3 node4 node5

node0

导入后网络图就是下面的样子

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