# Species and atoms
SystemName siesta
SystemLabel siesta
NumberOfSpecies 4
NumberOfAtoms 144
%block Chemical_Species_Label
1 6 C.vw
2 1 H.vw
3 7 N.vw
4 8 O.vw
%endblock Chemical_Species_Label
################### RunInfo ###################
MD.TypeOfRun CG # CG for optimize
#Verlet Standard Verlet algorithm MD
MD.VariableCell true #
MD.RelaxCellOnly true
MD.TargetStress 0 GPa
MD.NumCGsteps 2000
MD.MaxCGDispl 0.1 Ang
MD.MaxForceTol 0.03 eV/Ang
MD.UseSaveXV F
PAO.EnergyShift 100 meV
################### FUNCTIONAL ###################
XC.functional VDW # Exchange-correlation functional type
XC.Authors DRSLL # Particular parametrization of xc func
MeshCutoff 200. Ry # Equivalent planewave cutoff for the grid
KgridCutoff 12.42012501 Ang
################### GEOMETRY ###################
LatticeConstant 1.00 Ang
%block LatticeVectors
10.54081969 0.00000000 3.14676252
0.00000000 15.62399983 0.00000000
0.00000000 0.00000000 16.62312513
%endblock LatticeVectors
KgridCutoff 11.00049973 Ang
AtomicCoordinatesFormat Ang
非常有价值的讨论
http://muchong.com/html/201005/2018630.html
Siesta计算对体系的轨道展开基的要求比较高（PAO.Basis），可能还需要自己来调整轨道展开基，而不是用他给出的那个设置选项。
而且如果你的体系稍大%block Kgrid_Monkhorst_Pack 中采用111 0.0的k点计算可能积分的精确度不够高，采用更多的K点如444 0.5之类的也许会好一些。
DM.MixingWeight 0.02 这一项在计算中应选的比较高，这一项是进行计算前后电子密度混合的参数，对收敛的速度具有很大影响，建议调的高一点，最大值是1，我有时调到0.4-0.5，当然体系不同这里数值也不同，我的经验是调的高了，收敛性要好一点。
PAO.EnergyShift 200 meV太大了，导致了轨道比较局域，相当于使得基组小了，或者更加不完备了。我把这个数调节到100的时候算出来的二面角已经和高斯的6-31G算出来的差不多了，高斯的结果是132，siesta算出来的已经是134了。当然还距6-31++G**的120差距比较大，但是起码我应该确信我的赝势是没什么问题了。再说用这样水平的精度算出来的结果还是有一定的参考价值的。
第二个问题:我做优化的时候采用的是孤立体系的优化，不是周期体系，所以不用设置K点，用111的Gamma点足够了。如果设置多余的K点也是多余的，从计算上来讲仅仅是重复计算。但是要是做的是周期体系的计算的话，必须设置K点，当然原则上K点越多，计算结果越好，但是我们追求的是怎么用尽量少的K点算出比较高精度的结果，这时候要做K点收敛测试了。
第三个问题：我当时采用的是别人设置的 DM.MixingWeight 0.02 这个是在输运体系中设置的。我当时不明白这个选项的含义和作用，所以就没有改。后来发现将这个改为默认值0.25后，对孤立分子体系每个几何结构需要的scf数量有明显变化。明显加快了收敛的速度。并且原来需要上百的step才能达到的几何最优点，现在只需要几十步就搞定了。使得几何结构的优化非常快。原来一天才能完成的，现在不到一个小时完成了。但是要是体系里有大量金属原子的话，0.25的值好像不是很有利于收敛，并且出现反复徘徊的情况。但是设置为0.02后虽然SCF的数量加大了。但是每一步都很稳定的走向收敛趋势。看来这个值还要依据体系的不同而设置不同的数值。现在我也是在总结这个经验，还没有得出自己的结论。
但是那天与老师讨论 DM.MixingWeight 如果设置太小，尤其是到了快自洽的位置会出现假收敛，相当于使得SCF收敛精度降低。导致需要跟多了step了，但是不管怎么样。只要达到了受力的收敛，结果都是一样的。因为SCF的收敛是一个相对的标准。而结合结构优化的受力收敛标准是一个绝对的标准。