1.下载ref：https://github.com/ZhengXia/dapars/releases
2.github主页：https://github.com/ZhengXia/dapars
3.说明书：DaPars: Dynamitic analysis of Alternative PolyAdenylation from RNA-seq — DaPars_Documents 0.9.1 documentation
4.dapars的谷歌论坛：https://groups.google.com/forum/#!forum/DaPars
使用：
py2.7环境下：
refbed=/media/pc/disk1/sun/refdata/ensembl_GRCm38/mm10.gencode-vm18.compre.fine.bed
genesymbol=/media/pc/disk1/sun/refdata/ensembl_GRCm38/Dapars_gene.symbol
python /home/pc/biosoft/dapars/src/DaPars_Extract_Anno.py -b $refbed -s $genesymbol -o Dapars_extracted_3UTR.bed
遇到一个问题，困扰了好久，最后发现是genesymbol的问题，分隔符！
下面寻找APA用的第一个方法：
'/home/pc/biosoft/APAtrap/predictAPA' -i OHT1.sorted.bedgraph OHT2.sorted.b edgraph DMSO1.sorted.bedgraph DMSO2.sorted.bedgraph -g 2 -n 2 2 -u Dapars_extracted_3UTR.bed -o APAtrap-UTR_Daprars_APA.txt
就是衔接APAtrap的第二步进行。
第二个方法：
python /home/pc/biosoft/dapars/src/DaPars_main.py configure_file
# configure_file:
Annotated_3UTR=Dapars_extracted_3UTR.bed
Group1_Tophat_aligned_Wig=OHT1.sorted.bedgraph,OHT2.sorted.bedgraph
Group2_Tophat_aligned_Wig=DMSO1.sorted.bedgraph,DMSO2.sorted.bedgraph
Output_directory=DaPars_APAresult/
Output_result_file=DaPars_APAresult
Num_least_in_group1=1
Num_least_in_group2=1
Coverage_cutoff=30
FDR_cutoff=0.05
PDUI_cutoff=0.5
Fold_change_cutoff=0.50
报错了：
折腾了半天怪我没好好看报错信息：很明显和rpy2有关！
再p2.7下安装：
pip install rpy2 报错显示：rpy2已经不支持低于py3的版本了。
那么py3.6下安装rpy2却又无法运行py脚本。
ref:rpy2的官方文档：rpy2.readthedocs
最后是：pip install rpy2==1.8.4
在py2.7下运行：
python DaPars_main.py configure_file
需要把bedgraph转换为bw文件：
ucsc下载：
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/bedGraphToBigWig
用法：
bedGraphToBigWig in.bedGraph chrom.sizes out.bw
下载size信息：
wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/mm10.chrom.sizes
报错：
chrMT is not found in chromosome sizes file
从MT处，构建ensembl的fa的chrsize：
awk 'BEGIN{OFS="\t"}{print "chr"$1,$2}' Mus_musculus.GRCm38.dna_sm.toplevel.fa.fai > Mus_musculus.GRCm38.dna_sm.toplevel.fa.chr.size
运行bedgrph到bigwig：
bedGraphToBigWig OHT1.sorted.bedgraph Mus_musculus.GRCm38.dna_sm.toplevel.fa.chr.size OHT1.sorted.wig
报错：bedgraph没有sort
sort -k1,1 -k2,2n unsorted.bedGraph > sorted.bedGraph
再次运行bedgrph到bigwig：
bedGraphToBigWig OHT1.sorted.fine.bedgraph Mus_musculus.GRCm38.dna_sm.toplevel.fa.chr.size OHT1.wig
bigwig转为wig：
下载ucsc：
wget ftp://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/bigWigToWig
用法：bigWigToWig in.bigWig out.wig
bigWigToWig OHT1.bigwig OHT1.wig
OK!
用wig作为输入后依然报错：
去除#
去除>chrGL等
sed -i '/^#/d' xxx.wig
sed -i '/^chrGL/d' xxx.wig
sed -i '/^chrJH/d' xxx.wig
sed -i '/^chrMT/d' xxx.wig
换的另一个方法生成的wig文件：还未试！
换用另一个方法生成的bedgraph：直接输入
genomeCoverageBed -bga -ibam m6a/DMSO1.sorted.bam > DMSO1.bga.bedgraph
genomeCoverageBed -bga -ibam m6a/DMSO2.sorted.bam > DMSO2.bga.bedgraph
genomeCoverageBed -bga -ibam m6a/OHT1.sorted.bam > OHT1.bga.bedgraph
genomeCoverageBed -bga -ibam m6a/OHT2.sorted.bam > OHT2.bga.bedgraph
OK！
差别主要在于bedgraph是否是连贯的，中间没有缺失，详见：bamtobed/bedgraph
在py中用float可以读进去
最最终结论：修改main的py脚本：第507行改为：int(float(fields[-1])) 即可。
正常运行：
python raw_DaPars_main.py configure_file.txt
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所以对于新安装dapars的情况：
1.需要在py2.7下使用pip install rpy2==1.8.4安装rpy2的低级版本
2.选择bedtools的bam转为bedgraph功能的-bga（和-split）模式
3.修改脚本507行增加float，匹配bedtools的浮点数输出